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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rkn | ||||||
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タイトル | Wolinella succinogenes octaheme sulfite reductase MccA, form II | ||||||
要素 | MccA | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / multiheme cytochrome c / sulfite reductase / periplasmic | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors / sulfite reductase activity / hydrogen sulfide biosynthetic process / anaerobic respiration / cuprous ion binding / protein homotrimerization / periplasmic space / heme binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Wolinella succinogenes DSM 1740 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Hermann, B. / Kern, M. / La Pietra, L. / Simon, J. / Einsle, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: The octahaem MccA is a haem c-copper sulfite reductase. 著者: Hermann, B. / Kern, M. / La Pietra, L. / Simon, J. / Einsle, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rkn.cif.gz | 594.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rkn.ent.gz | 509.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rkn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/4rkn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/4rkn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 82087.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal double-StrepTag(II) 由来: (組換発現) Wolinella succinogenes DSM 1740 (バクテリア) 株: ATCC 29543 / DSM 1740 / LMG 7466 / NCTC 11488 / FDC 602W 遺伝子: mcca, WS0379 / 発現宿主: Wolinella succinogenes (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7MSJ8 |
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-非ポリマー , 5種, 1465分子
#2: 化合物 | ChemComp-DTN / #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | ChemComp-CU / #5: 化合物 | ChemComp-SO3 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 15% PEG 3350, 0.1 M CHES/NaOH, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.7389 Å |
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検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月24日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.7389 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→47.26 Å / Num. all: 176117 / Num. obs: 175765 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 17.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→47.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.372 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.761 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.26 Å
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拘束条件 |
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