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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rjy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli L-Threonine Aldolase in complex with a non-covalently uncleaved bound L-serine substrate | ||||||
要素 | Low specificity L-threonine aldolase | ||||||
キーワード | LYASE / Pyridoxal-5-phosphate / threonine aldolase / aldimine / catalytic mechanism / retro-aldol cleavage / PLP-dependent enzymes | ||||||
機能・相同性 | Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / SERINE / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Safo, M.K. / Chowdhury, N. / Gandhi, A.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015 タイトル: Molecular basis of E. colil-threonine aldolase catalytic inactivation at low pH. 著者: Remesh, S.G. / Ghatge, M.S. / Ahmed, M.H. / Musayev, F.N. / Gandhi, A. / Chowdhury, N. / di Salvo, M.L. / Kellogg, G.E. / Contestabile, R. / Schirch, V. / Safo, M.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rjy.cif.gz | 277.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rjy.ent.gz | 232.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rjy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/4rjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/4rjy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36756.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: KTE79 / 遺伝子: A1UU_02790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L4EJM2 #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-SER / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Freshly dialyzed eTA (22 mg/mL in 20 mM potassium phosphate, pH 7.0) was incubated with L-serine (6.25 mM), precipitant solution contains 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 20% ...詳細: Freshly dialyzed eTA (22 mg/mL in 20 mM potassium phosphate, pH 7.0) was incubated with L-serine (6.25 mM), precipitant solution contains 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 20% v/v 2-propoanol, 20% v/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5417 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5417 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→32.8 Å / Num. obs: 77165 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.91 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I): 8.4 / Scaling rejects: 24943 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 78.7595 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 113.59 Å2 / Biso mean: 27.2876 Å2 / Biso min: 1.07 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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