PDB-4rjw: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OprO

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rjw

タイトル

Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa OprO

要素

Porin O

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / beta-barrel / phosphate channel

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2015
タイトル: Structure, Dynamics, and Substrate Specificity of the OprO Porin from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Modi, N. / Ganguly, S. / Barcena-Uribarri, I. / Benz, R. / van den Berg, B. / Kleinekathofer, U.

履歴

登録	2014年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rjw.cif.gz	189.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rjw.ent.gz	148.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rjw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rjw_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rjw_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4rjw_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	4rjw_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/4rjw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/4rjw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rjxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rjx-1 4d64-d 6eus-1 2zoo-1 2qpx-1 5sv7-d 2o4v-d 4av7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Porin O

ヘテロ分子

48.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Porin O

ヘテロ分子

A: Porin O

ヘテロ分子

A: Porin O

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.971, 86.971, 158.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-804- HOH
2	1	A-892- HOH

#1: タンパク質	Porin O 分子量: 47289.629 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-438 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: oprO, PA3280 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32977
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 50 mM sodium acetate, 0.2 M ammonium sulphate, 10-15% PEG4000, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月1日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→50 Å / Num. all: 68770 / Num. obs: 68154 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.52→1.55 Å / % possible all: 81.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.52→19.405 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 16.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1677	3449	5.06 %	random taking into account symmetry
R_work	0.1501	-	-	-
obs	0.1511	68120	99.84 %	-
all	-	68120	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→19.405 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3286	0	47	492	3825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3513
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.156	4778
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.11	1267
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	635

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.5452	0.2189	137	0.2078	2526	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5452-1.5673	0.2261	125	0.1976	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5673-1.5907	0.2301	138	0.1927	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5907-1.6155	0.2215	153	0.1854	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6155-1.642	0.2096	148	0.179	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.642-1.6703	0.2096	133	0.1727	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6703-1.7007	0.1878	119	0.1667	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7007-1.7334	0.1905	118	0.1635	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7334-1.7687	0.1911	139	0.1611	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7687-1.8072	0.1997	137	0.1546	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8072-1.8492	0.1706	160	0.1433	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8492-1.8954	0.1671	134	0.1554	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8954-1.9466	0.1498	149	0.153	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9466-2.0038	0.1686	127	0.1397	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0038-2.0684	0.1712	135	0.137	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0684-2.1422	0.1595	143	0.1382	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1422-2.2279	0.1473	134	0.1399	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2279-2.3291	0.1718	152	0.149	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3291-2.4517	0.1462	116	0.1427	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4517-2.605	0.1694	132	0.1486	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.605-2.8055	0.1814	131	0.1483	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8055-3.0869	0.1598	147	0.1437	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0869-3.5312	0.1393	143	0.1395	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5312-4.4401	0.1593	144	0.1363	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4401-19.4069	0.1629	155	0.1624	2577	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3244	0.0144	-0.1741	0.2425	-0.1303	0.1714	-0.0072	0.0705	-0.0657	-0.0633	-0.0042	0.0226	0.0616	-0.0585	0.0178	0.0968	-0.0032	-0.0105	0.1001	-0.0167	0.0948	33.2857	13.082	15.4111
2	0.729	-0.3497	0.3345	0.7724	-0.638	2.027	0.0542	-0.0464	-0.1458	-0.0392	0.0232	0.0838	0.2575	-0.0878	-0.0495	0.1306	-0.0268	0.009	0.1193	-0.0024	0.1429	21.1489	2.6197	27.8783
3	0.452	-0.1944	0.1663	0.4423	-0.3645	1.6263	-0.0015	0.0573	-0.041	-0.0048	0.0142	0.0326	0.0229	-0.1769	-0.0287	0.1209	-0.0224	-0.014	0.1416	-0.0112	0.1473	15.4724	13.6298	19.3576
4	0.896	0.5613	-2.1762	0.4645	-1.7307	6.4598	-0.0373	0.1277	-0.016	0.0024	0.0606	0.0128	0.0055	-0.4213	-0.0281	0.1315	-0.0008	-0.0057	0.1369	-0.0179	0.1315	15.9772	22.8608	23.3286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID -11:245 )	A	-11 - 245
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 246:307 )	A	246 - 307
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 308:375 )	A	308 - 375
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 376:414 )	A	376 - 414

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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