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- PDB-2qpx: Crystal structure of putative metal-dependent hydrolase (YP_80573... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qpx
タイトルCrystal structure of putative metal-dependent hydrolase (YP_805737.1) from Lactobacillus casei ATCC 334 at 1.40 A resolution
要素Predicted metal-dependent hydrolase of the TIM-barrel fold
キーワードHYDROLASE / YP_805737.1 / putative metal-dependent hydrolase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Predicted metal-dependent hydrolase of the TIM-barrel fold
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus casei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative metal-dependent hydrolase (YP_805737.1) from Lactobacillus casei ATCC 334 at 1.40 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION ... BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A TRIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted metal-dependent hydrolase of the TIM-barrel fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,92914
ポリマ－43,1161
非ポリマー81413
水8,863492
1
A: Predicted metal-dependent hydrolase of the TIM-barrel fold
ヘテロ分子

A: Predicted metal-dependent hydrolase of the TIM-barrel fold
ヘテロ分子

A: Predicted metal-dependent hydrolase of the TIM-barrel fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,78842
ポリマ－129,3473
非ポリマー2,44139
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area15050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.170, 142.170, 142.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-543-

HOH

21A-570-

HOH

31A-611-

HOH

詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Predicted metal-dependent hydrolase of the TIM-barrel fold


分子量: 43115.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア)
株: ATCC 334 / 遺伝子: YP_805737.1, LSEI_0440 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q03BX7
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: NANODROP, 1.0M LiCl, 20.0% PEG 6000, 0.1M HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97917, 0.97891
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月1日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979171
30.978911
反射解像度: 1.4→29.025 Å / Num. obs: 93379 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 16.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 16.16
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.4-1.450.0111.713367118055198.5
1.45-1.510.0112.2141679188911100
1.51-1.580.0112.9139693185471100
1.58-1.660.0113.9132288174841100
1.66-1.760.0115.5134893177511100
1.76-1.90.0118.4143534188061100
1.9-2.090.01115.1139632182111100
2.09-2.390.01124.5139974181731100
2.39-3.010.01137.1141694183671100
3.01-29.0250.01159.914063418383199.7

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→29.025 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.837 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.047
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. LYSINE 166 (KCX) IS CABOXYLATED BASED ON INTEPRETATION OF ELECTRON DENSITY, INTERACTIONS AND STRUCTURAL HOMOLOGS. EDO MOLECULES ARE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. LYSINE 166 (KCX) IS CABOXYLATED BASED ON INTEPRETATION OF ELECTRON DENSITY, INTERACTIONS AND STRUCTURAL HOMOLOGS. EDO MOLECULES ARE FROM CRYO CONDITIONS. 3. THERE ARE TWO METAL IONS (ZINC) IN THE ACTIVE SITE. THE PRESENCE OF THE ZINC AT BOTH SITES IS SUPPORTED BY X-RAY FLUORESCENCE MEASUREMENTS, ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS AND GEOMETRY. THE OCCUPANCIES OF BOTH METAL IONS ARE ADJUSTED TO REFLECT PEAK HEIGHTS IN ANOMALOUS DIFFERENCE MAPS AND 2FO-FC MAP. 4. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.80 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.162 4683 5 %RANDOM
Rwork0.134 ---
obs0.135 93378 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.025 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3012 0 46 492 3550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5431.9544547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01435547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8835430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.02924.142169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.69215544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9941517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02711
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.22323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.21584
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21575
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0140.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0910.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3270.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2630.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7932146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9543784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.39753198
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.59481505
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.901111323
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.03336485
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.8033496
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.86835499
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 362 -
Rwork0.28 6495 -
obs-6857 99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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