PDB-4rj0: The crystal structure of Y333N mutant pyridoxal-dependent decarbo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rj0

タイトル

The crystal structure of Y333N mutant pyridoxal-dependent decarboxylase from Sphaerobacter thermophilus dsm 20745

要素

Pyridoxal-dependent decarboxylase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / A/B/A FOLD / CYTOSOLIC

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxy-lyase activity / carboxylic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of Y333N mutant pyridoxal-dependent decarboxylase from Sphaerobacter thermophilus dsm 20745
著者: Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2014年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4rj0.ent.gz	598.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4rj0_full_validation.pdf.gz	534.1 KB	表示
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CIF形式データ	4rj0_validation.cif.gz	103.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/4rj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/4rj0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ritS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rit-d 4rlg-2 4rlg-1 4pab-1 6bop-1 6bom-3 6q4r-d 5lg6-2 4pab-2 5mft-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC100677

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Pyridoxal-dependent decarboxylase

A: Pyridoxal-dependent decarboxylase

C: Pyridoxal-dependent decarboxylase

D: Pyridoxal-dependent decarboxylase

ヘテロ分子

213 kDa, 4 ポリマー
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1

B: Pyridoxal-dependent decarboxylase

A: Pyridoxal-dependent decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Pyridoxal-dependent decarboxylase

D: Pyridoxal-dependent decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.984, 124.198, 129.942
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pyridoxal-dependent decarboxylase 分子量: 53066.422 Da / 分子数: 4 / 変異: Y333N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 (バクテリア) 遺伝子: Sthe_2364 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: D1C7D8, glutamate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸分子量: 248.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃N₂O₅P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.04M KPO4, 16% PEG8k, 20% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Si 111, channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 150109 / Num. obs: 144197 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.15 Å² / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.593 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MLPHARE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RIT

4rit

解像度: 1.95→32.558 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1927	7159	5.01 %
R_work	0.1677	-	-
obs	0.1689	142776	91.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→32.558 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14318	0	39	741	15098

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	14671
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.425	19960
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.07	5352
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.123	2250
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2619

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9722	0.2437	218	0.214	4040	X-RAY DIFFRACTION	81
1.9722-1.9954	0.2412	221	0.2018	4186	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9954-2.0197	0.2305	203	0.1995	4283	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0197-2.0452	0.2275	232	0.1985	4398	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0452-2.0722	0.2431	217	0.1987	4372	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0722-2.1005	0.2308	245	0.1869	4387	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1005-2.1305	0.2152	241	0.1814	4475	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1305-2.1623	0.2045	228	0.1768	4435	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1623-2.1961	0.2257	260	0.177	4433	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1961-2.2321	0.2143	255	0.1816	4404	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2321-2.2706	0.2197	223	0.184	4535	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2706-2.3119	0.236	235	0.1764	4542	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3119-2.3563	0.2267	237	0.176	4531	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3563-2.4044	0.2263	238	0.1725	4596	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4044-2.4567	0.2213	249	0.1778	4556	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4567-2.5138	0.2003	242	0.1736	4566	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5138-2.5766	0.2082	254	0.1677	4609	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5766-2.6463	0.2033	257	0.1739	4539	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6463-2.7241	0.1992	260	0.1705	4554	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7241-2.812	0.2053	250	0.1805	4568	X-RAY DIFFRACTION	92
2.812-2.9124	0.2026	239	0.1786	4592	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9124-3.029	0.1799	240	0.178	4612	X-RAY DIFFRACTION	92
3.029-3.1667	0.2043	235	0.1689	4588	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1667-3.3335	0.1912	231	0.1692	4686	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3335-3.5421	0.1721	242	0.1663	4653	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5421-3.8152	0.1595	234	0.1494	4708	X-RAY DIFFRACTION	94
3.8152-4.1984	0.1591	240	0.1395	4699	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1984-4.8043	0.1423	268	0.1368	4695	X-RAY DIFFRACTION	95
4.8043-6.0466	0.1864	239	0.1596	4729	X-RAY DIFFRACTION	94
6.0466-32.5626	0.1588	226	0.1525	4646	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8149	-1.0388	0.1397	2.6724	0.295	1.6355	0.1437	0.2894	0.0412	-0.4607	-0.199	0.0576	-0.2145	-0.0957	0.0355	0.1528	0.0134	0.0138	0.1665	0.0287	0.0851	-13.938	24.572	29.4545
2	1.3371	-1.6816	0.4708	3.7221	-0.0857	0.6932	0.1277	0.0521	0.3307	-0.3252	-0.0739	-0.6755	-0.0868	0.1122	-0.0626	0.1346	-0.0323	0.0962	0.2067	0.0745	0.2265	3.64	21.8945	37.7121
3	0.6482	-0.1912	0.2125	1.4227	-0.2935	0.5235	0.0122	0.0445	-0.0278	-0.1687	-0.0345	-0.0186	0.0473	0.0597	0.017	0.0688	-0.0055	0.0124	0.1164	-0.0046	0.0781	-9.7311	9.2368	42.4744
4	1.2985	-0.7078	0.0718	1.8455	0.1278	1.8603	-0.0533	-0.1123	-0.0301	0.1819	0.0598	-0.0025	-0.0412	0.0006	-0.015	0.0646	-0.0187	0.0125	0.095	0.0382	0.1209	-11.7944	2.6841	68.1097
5	0.9886	-0.3687	-0.2737	1.6799	0.507	0.7467	-0.0143	-0.1015	-0.0811	0.2582	-0.0205	-0.2415	0.0543	0.151	0.0362	0.087	-0.0054	-0.0316	0.134	0.04	0.1381	-1.1866	-4.4225	70.2652
6	0.86	-0.0209	-0.7388	1.2123	-1.5181	3.1564	-0.0172	0.0447	-0.0827	-0.0699	-0.007	-0.0068	0.1447	0.044	0.0234	0.0488	-0.0026	0.0118	0.083	0.0046	0.1262	-6.9554	-6.4462	54.9798
7	0.4588	0.2281	0.5761	1.0092	-0.3494	1.2031	-0.028	-0.0699	-0.0239	0.1629	0.0864	0.3331	-0.0689	-0.36	-0.0216	0.0717	0.0159	0.0424	0.1868	0.0339	0.2178	-23.6717	5.6742	59.3318
8	2.5058	-0.0036	0.1841	1.417	-0.8418	1.3691	0.1549	0.0492	-0.1937	-0.2697	-0.3424	-0.4521	0.2582	0.422	0.1348	-0.0148	0.0543	0.1103	0.236	0.0897	0.276	10.6769	-4.9213	48.3917
9	1.9331	-0.242	0.8045	1.153	-0.322	1.7311	0.0463	0.1266	-0.0438	-0.1597	-0.2628	-0.3888	0.1395	0.528	0.1685	0.1119	0.0327	0.0804	0.2841	0.0905	0.3146	15.7122	-1.3175	45.9128
10	4.4072	-2.8157	0.0311	3.4631	-0.0171	1.964	0.1671	0.367	-0.3177	-0.4877	-0.1558	0.0752	0.1757	0.0671	-0.0195	0.1814	-0.006	0.0039	0.1574	-0.0342	0.1182	-8.4701	4.1495	28.5389
11	1.104	-1.0994	-0.0865	4.0763	0.9235	0.6242	0.0601	0.1533	-0.2421	-0.3092	-0.0868	0.42	0.0953	-0.1048	0.0175	0.1104	-0.0241	-0.0357	0.173	-0.0178	0.1479	-24.818	10.3106	38.2328
12	0.1406	-0.2181	-0.3526	0.5222	-0.0273	1.2566	0.0073	-0.0084	0.1009	0.002	-0.0102	-0.1409	-0.0204	0.1139	0.0039	0.0444	-0.0253	0.0094	0.1156	0.001	0.1367	-3.5152	21.4916	53.3245
13	5.4295	-4.0533	2.2864	3.8433	-1.6987	2.9399	-0.2144	-0.5295	-0.2527	0.4124	0.3571	0.1644	0.0418	-0.1973	-0.1595	0.1615	-0.0264	0.0208	0.1361	0.0056	0.1213	-13.4639	19.7879	75.1258
14	1.0634	-0.4065	0.1357	1.8796	-0.4051	0.3657	-0.0441	-0.1635	0.0528	0.3095	0.0473	0.1602	-0.0022	-0.0778	-0	0.0952	-0.0087	0.0404	0.1353	-0.0138	0.1013	-20.3064	29.1636	71.3826
15	0.8365	-0.3254	0.6441	0.9973	1.0963	2.6366	0.0069	0.0045	0.0668	0.0015	-0.0279	-0.0632	-0.0572	-0.0428	0.0259	0.042	-0.0236	0.0078	0.081	0.0028	0.1106	-14.5941	31.8888	56.1668
16	0.6684	0.3919	-0.623	0.8956	0.1066	1.2476	-0.074	-0.0951	-0.0229	0.0056	0.0481	-0.4228	0.0569	0.3281	0.0205	0.0723	0.0022	-0.0127	0.1879	0.0143	0.204	2.1128	19.623	59.6957
17	2.8311	-0.1785	-0.5512	1.1268	0.2712	1.0781	0.049	-0.0644	0.1627	-0.0371	-0.0514	0.2662	-0.0995	-0.2225	-0.0224	0.0487	0.0106	-0.0143	0.1411	0.0008	0.1304	-32.4446	30.5855	49.4561
18	1.6397	0.0091	-1.2889	1.0016	-0.0691	1.9186	0.087	-0.0571	-0.0085	-0.0999	-0.0807	0.3016	-0.1087	-0.2301	-0.0134	0.0513	-0.0118	-0.0213	0.164	-0.0091	0.1975	-37.082	27.4826	47.3742
19	1.8518	1.276	-0.7397	2.1297	-1.2315	1.7717	0.196	-0.3324	0.0096	0.5757	-0.2744	-0.2797	-0.3089	0.3779	0.0722	0.4252	-0.0293	-0.1198	0.2743	-0.0115	0.1994	-10.3653	76.2905	26.6002
20	0.8474	1.6738	-0.2304	4.2705	-0.0997	0.346	0.1874	-0.1544	0.2629	0.6942	-0.1261	0.3594	-0.1596	0.0437	-0.0584	0.4449	0.0083	0.015	0.2177	-0.0268	0.1493	-29.5446	70.707	29.047
21	1.4004	0.2764	0.8231	1.0233	-0.171	0.9411	-0.0353	0.1534	-0.0596	-0.1322	0.024	-0.036	0.047	0.1483	0.0166	0.248	0.0298	-0.0005	0.1106	-0.0037	0.0988	-21.8303	59.502	3.8151
22	2.0545	1.7126	-1.5747	3.0759	-2.9899	5.026	-0.0679	0.3558	0.0793	-0.5019	0.3312	0.4129	0.145	-0.3085	-0.2602	0.43	-0.0237	-0.1371	0.1831	0.0059	0.2339	-43.4587	60.8932	-6.8218
23	0.6511	-0.1466	-0.4742	1.6232	-0.5133	1.0437	-0.0598	0.1	0.0039	-0.2365	0.0836	0.3609	0.1351	-0.2193	-0.0179	0.2655	-0.0263	-0.0859	0.127	0.0031	0.1927	-43.9999	50.8411	1.0242
24	0.9839	0.5382	0.3149	2.317	-0.0863	1.6051	-0.0136	0.1331	-0.0914	-0.1934	0.0104	-0.105	0.1726	0.1386	0.0158	0.2358	0.0331	-0.0129	0.1137	-0.0067	0.1151	-27.0595	55.0733	3.4111
25	2.2424	0.5835	-0.2453	1.0061	-0.1259	1.2943	0.0615	-0.2587	-0.0292	0.2672	-0.029	0.2352	-0.0499	-0.2462	-0.0246	0.3323	0.042	0.0152	0.1776	0.0144	0.1592	-42.3012	50.4942	26.7615
26	0.6659	0.5368	-0.0675	2.1753	-0.5931	1.3212	0.2428	-0.3014	-0.2285	0.7145	-0.278	-0.3361	-0.0151	0.1512	0.0489	0.4076	0.0198	-0.1079	0.2246	0.0104	0.1892	-14.7498	56.2471	28.7883
27	0.5817	0.6754	-0.3254	5.682	-2.2112	1.0636	-0.0465	0.0281	-0.2075	-0.256	-0.1038	-0.5549	0.1778	0.1722	0.1056	0.2238	0.0397	-0.0116	0.2267	0.0022	0.1971	-6.9792	64.5772	10.5845
28	0.7074	-0.1249	0.6452	1.2495	-0.4273	1.6115	0.0575	-0.1048	0.0481	0.1176	0.0462	0.1672	-0.0544	-0.0695	-0.1098	0.2643	0.0207	0.0148	0.129	-0.0098	0.1157	-33.1504	76.5715	13.4368
29	5.3658	3.1257	-1.3278	3.1905	-1.4706	1.5838	-0.1226	0.5059	-0.2759	-0.4973	0.2348	0.1764	0.1095	-0.2927	-0.1342	0.4483	0.0197	-0.0943	0.1968	0.0136	0.1913	-39.2551	76.0186	-9.6742
30	0.9901	0.3058	-0.1065	0.9931	0.2921	0.4929	0.0775	0.1748	0.082	-0.3608	-0.028	0.1215	0.0134	-0.0405	-0.047	0.3706	0.0299	-0.0465	0.1402	0.0297	0.1314	-31.1464	85.8301	-8.3323
31	1.7927	0.3133	0.347	1.6447	-0.2578	0.8294	-0.024	-0.1172	0.1304	0.0376	0.0341	0.1492	-0.1152	-0.0501	-0.0174	0.2458	0.0285	0.0039	0.1095	-0.0173	0.0876	-31.9376	81.4899	8.2776
32	1.732	-0.0375	-0.7944	1.1904	-0.8958	1.871	0.1976	0.1938	0.1095	-0.167	-0.1819	-0.2327	-0.0401	0.2189	-0.0204	0.2467	0.0228	0.0169	0.1812	-0.0066	0.153	-6.491	85.0021	-1.35

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid -1 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 39 through 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 65 through 136 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 137 through 191 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 192 through 264 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 265 through 312 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 313 through 354 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 355 through 433 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 434 through 476 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 4 through 38 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 39 through 96 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 97 through 167 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 168 through 191 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 192 through 264 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 265 through 312 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 313 through 354 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 355 through 435 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 436 through 476 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 5 through 38 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 39 through 96 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 97 through 167 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 168 through 191 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 192 through 281 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 282 through 354 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 355 through 476 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid -1 through 38 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 39 through 96 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 97 through 167 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 168 through 191 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 192 through 281 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 282 through 354 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 355 through 476 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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