PDB-4ri8: FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dG)/3'(dT-dT-dT-dT) do...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ri8

タイトル

FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dG)/3'(dT-dT-dT-dT) double flap DNA

要素

DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*A)-3')
DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*T)-3')
DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
Fanconi-associated nuclease 1

キーワード

hydrolase/dna / nuclease / hydrolase-dna complex

機能・相同性

機能・相同性情報

flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / 5'-flap endonuclease activity / phosphodiesterase I activity / 5'-3' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / ubiquitin-modified protein reader activity / intercellular bridge / interstrand cross-link repair / nucleotide-excision repair ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Pavletich, N.P. / Wang, R.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: DNA repair. Mechanism of DNA interstrand cross-link processing by repair nuclease FAN1.
著者: Wang, R. / Persky, N.S. / Yoo, B. / Ouerfelli, O. / Smogorzewska, A. / Elledge, S.J. / Pavletich, N.P.

履歴

登録	2014年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月10日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ri8.cif.gz	602 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ri8.ent.gz	497.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ri8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ri8_validation.pdf.gz	475.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ri8_full_validation.pdf.gz	510.6 KB	表示
XML形式データ	4ri8_validation.xml.gz	47 KB	表示
CIF形式データ	4ri8_validation.cif.gz	64.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/4ri8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/4ri8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ri9C 4riaC 4ribC 4ricC 4ridC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ri9-2 7khs-1 7k71-d 3hxm-d 7k6o-d 5un8-1 5un8-2 4nz8-d 4rsn-d 3f73-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Fanconi-associated nuclease 1

B: Fanconi-associated nuclease 1

E: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*T)-3')

F: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*G)-3')

G: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*A)-3')

H: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*T)-3')

I: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*G)-3')

J: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*A)-3')

ヘテロ分子

173 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fanconi-associated nuclease 1

E: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*T)-3')

F: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*G)-3')

G: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fanconi-associated nuclease 1

H: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*T)-3')

I: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*G)-3')

J: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.260, 210.880, 83.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	370 - 426
2	1	1	1	B	370 - 426
1	1	2	1	A	538 - 552
2	1	2	1	B	538 - 552
1	1	3	1	A	427 - 459
2	1	3	1	B	427 - 459
1	1	4	1	A	533 - 537
2	1	4	1	B	533 - 537
1	1	5	1	A	460 - 532
2	1	5	1	B	460 - 532
1	1	6	1	A	593 - 773
2	1	6	1	B	593 - 773
1	1	7	1	A	774 - 787
2	1	7	1	B	774 - 787
1	1	8	1	A	791 - 799
2	1	8	1	B	791 - 799
1	1	9	1	A	810 - 834
2	1	9	1	B	810 - 834
1	1	10	1	A	956 - 1009
2	1	10	1	B	956 - 1009
1	1	11	1	A	572 - 592
2	1	11	1	B	572 - 592
1	1	12	1	A	835 - 955
2	1	12	1	B	835 - 955
1	1	13	1	E	1 - 14
2	1	13	1	H	1 - 14
1	1	14	1	G	10 - 19
2	1	14	1	J	10 - 19
1	1	15	1	F	0 - 7
2	1	15	1	I	0 - 7
1	1	16	1	G	1 - 9
2	1	16	1	J	1 - 9

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Fanconi-associated nuclease 1 / FANCD2/FANCI-associated nuclease 1 / Myotubularin-related protein 15 分子量: 73926.023 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 370-1017 / 変異: V487A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAN1, KIAA1018, MTMR15 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9Y2M0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ, phosphodiesterase I
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(TPTPTPGPAPGPGPAPGPTPCPTPTPT)-3') 分子量: 4316.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPAPGPGPCPGPTPG)-3') 分子量: 2507.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖	DNA (5'-D(APAPCPAPCPGPCPCPTPAPGPAPCPTPCPCPTPCPA)-3') 分子量: 5718.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 3350, NaCl, pH 7.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97925 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月2日

放射

モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97925 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→80 Å / Num. obs: 42278 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 6.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.9-3	7.2	0.833	1	94.7
3-3.12	6.9	0.594	1	92.2
3.12-3.27	7.6	0.332	1	96.1
3.27-3.44	7.5	0.239	1	96
3.44-3.65	7.4	0.188	1	93.9
3.65-3.94	7.2	0.14	1	92
3.94-4.33	7.6	0.098	1	95.4
4.33-4.96	7.4	0.082	1	92.7
4.96-6.25	7.6	0.08	1	94.3
6.25-80	7.5	0.046	1	90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

解像度: 2.9→70 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 44.259 / SU ML: 0.361 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.423 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25476	1647	4.1 %	RANDOM
R_work	0.22053	-	-	-
obs	0.22193	38976	90.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1.1 Å / 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 97.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	0 Å²	-2.19 Å²
2-	-	-4.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→70 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9884	1672	2	0	11558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.018	11970
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.315	1.822	16529
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.786	5	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.769	23.151	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.793	15	1820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.913	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.288	1.538	4916
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.252	3.457	6132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.359	1.498	7054
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	426	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	A	170	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	A	957	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
1	A	286	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
1	A	201	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	A	171	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	A	178	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	A	479	TIGHT THERMAL	2.3	99
2	A	120	TIGHT THERMAL	1.52	99
3	A	268	TIGHT THERMAL	2.57	99
4	A	41	TIGHT THERMAL	2.52	99
5	A	489	TIGHT THERMAL	3.34	99
6	A	1512	TIGHT THERMAL	3.12	99
7	A	108	TIGHT THERMAL	3.05	99
8	A	48	TIGHT THERMAL	4.51	99
9	A	195	TIGHT THERMAL	5.36	99
10	A	426	TIGHT THERMAL	2.81	99
11	A	170	TIGHT THERMAL	1.47	99
12	A	957	TIGHT THERMAL	3.21	99
13	E	286	TIGHT THERMAL	4.83	99
14	G	201	TIGHT THERMAL	2.29	99
15	F	171	TIGHT THERMAL	11.27	99
16	G	178	TIGHT THERMAL	6.81	99

LS精密化シェル

解像度: 2.902→2.977 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.413	119	-
R_work	0.361	2709	-
obs	-	-	84.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3662	1.9689	-4.3695	4.3662	-4.0704	5.5006	0.1928	-0.3045	-0.0136	-0.3761	-0.6667	-0.7498	-0.0901	1.018	0.4738	1.1105	-0.0452	-0.1343	0.7447	-0.0817	1.1797	62.245	-3.951	91.477
2	7.1365	1.0743	-1.0471	5.3372	-2.151	3.1245	0.346	0.4789	0.504	-0.2842	-0.401	-0.6133	0.1974	0.7164	0.055	1.2815	0.0346	-0.1295	0.6951	-0.1323	0.8524	45.019	-86.442	33.65
3	3.4606	-2.7184	0.2739	16.2168	-3.3869	4.1681	-0.0553	0.1558	0.2168	-0.1602	0.146	-0.2817	-0.3462	0.3025	-0.0908	1.0999	-0.0468	-0.1472	0.6056	0.1885	0.7645	63.964	-9.545	61.78
4	3.6008	-3.4783	0.6685	14.6807	-3.4601	3.095	0.1067	0.2708	-0.2391	-0.7338	-0.2349	0.24	0.2138	0.0282	0.1281	0.8847	0.2697	-0.0871	0.5892	0.1305	0.7773	67.384	-79.69	52.403
5	11.3376	4.0103	0.2982	5.1202	-0.0198	7.0455	0.0467	-0.816	0.6194	0.0491	-0.5637	0.6616	-0.3353	-0.0571	0.517	0.4924	0.0748	-0.012	0.4289	-0.0422	0.4963	54.131	-35.45	71.745
6	0.9093	-0.9807	1.0511	1.2374	-1.3716	1.5703	0.3227	0.237	-0.0021	-0.0624	0.0067	0.3792	-0.2156	-0.0466	-0.3294	1.7532	0.2561	-0.3278	1.3813	0.2102	1.8261	41.533	-8.734	50.165
7	3.7505	-1.9959	2.2241	8.3221	0.9865	7.6095	-0.3289	0.8912	0.7543	-1.4058	-0.085	0.2749	-0.4733	0.272	0.4139	0.9482	-0.0804	-0.2571	0.5944	0.0375	0.6378	54.633	-28.707	55.223
8	2.8774	0.8232	0.8672	6.2807	2.4419	4.9685	-0.1949	-0.4829	0.3958	0.4113	-0.4255	0.693	-0.3087	-0.8047	0.6204	0.1498	0.0876	0.1623	0.6036	-0.2632	0.7651	46.038	-16.548	96.477
9	6.2682	0.3047	-0.9832	8.0683	0.2699	3.8641	0.0621	-0.0987	0.8803	0.4576	0.0182	-1.0174	-0.6155	0.409	-0.0804	0.2939	-0.0133	-0.089	0.6707	-0.1982	0.7925	79.601	-12.011	98.283
10	4.2123	-0.7761	1.1238	3.5373	0.5769	4.1633	-0.2074	-0.298	0.0708	0.6411	0.0731	-0.2669	0.369	0.263	0.1344	0.2907	0.0844	0.1152	0.331	-0.0207	0.2922	70.787	-35.215	95.705
11	10.6946	-1.283	-2.7522	4.0522	-1.2318	8.1163	-0.206	0.4772	-0.1318	-0.1606	-0.0694	0.4336	0.4977	-0.4961	0.2755	0.6481	0.0624	-0.1151	0.3804	-0.0379	0.4836	49.172	-56.707	56.871
12	3.2648	0.0285	1.349	6.387	-0.8575	1.142	0.0116	-0.5418	-1.1407	0.8258	0.0321	-0.0957	0.395	0.0004	-0.0437	1.375	0.1953	0.0311	1.0257	0.2629	1.0244	62.684	-84.152	76.699
13	5.918	-0.3384	2.0571	10.3764	-2.1904	4.6378	-0.3911	-0.8901	0.1823	0.4507	0.1983	-0.8537	0.335	0.6103	0.1927	0.7624	0.1521	-0.0793	0.6713	-0.0655	0.4045	63.534	-62.219	65.882
14	4.2751	0.228	1.1095	4.4722	1.6402	2.746	0.1114	-0.2253	-0.3559	0.0427	0.0364	0.458	0.7312	-0.5731	-0.1477	0.7878	-0.2094	0.0153	0.5442	0.1693	0.4651	28.916	-78.701	44.787
15	7.2564	0.6955	-2.1455	5.4932	-1.597	4.0304	0.0674	0.6014	-0.8112	-0.5784	-0.1515	-0.49	1.022	0.5288	0.0841	1.1384	0.0455	0.0451	0.947	-0.108	0.4883	47.92	-74.724	17.348
16	2.3084	-0.6816	0.2922	3.3196	-0.8558	4.6526	-0.0881	0.2951	0.4808	-0.0331	-0.0545	-0.2514	0.2306	0.0468	0.1427	0.422	-0.0393	-0.0484	0.3835	0.1066	0.4582	40.055	-54.323	29.531

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	F	0 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	1	G	1 - 9
3	X-RAY DIFFRACTION	2	I	0 - 7
4	X-RAY DIFFRACTION	2	J	1 - 9
5	X-RAY DIFFRACTION	3	E	1 - 14
6	X-RAY DIFFRACTION	3	G	10 - 19
7	X-RAY DIFFRACTION	4	H	1 - 14
8	X-RAY DIFFRACTION	4	J	10 - 19
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	370 - 410
10	X-RAY DIFFRACTION	5	A	540 - 582
11	X-RAY DIFFRACTION	6	A	457 - 532
12	X-RAY DIFFRACTION	7	A	411 - 456
13	X-RAY DIFFRACTION	7	A	533 - 539
14	X-RAY DIFFRACTION	8	A	592 - 773
15	X-RAY DIFFRACTION	9	A	774 - 835
16	X-RAY DIFFRACTION	9	A	957 - 1009
17	X-RAY DIFFRACTION	10	A	836 - 956
18	X-RAY DIFFRACTION	10	A	583 - 591
19	X-RAY DIFFRACTION	11	B	370 - 410
20	X-RAY DIFFRACTION	11	B	540 - 582
21	X-RAY DIFFRACTION	12	B	457 - 532
22	X-RAY DIFFRACTION	13	B	411 - 456
23	X-RAY DIFFRACTION	13	B	533 - 539
24	X-RAY DIFFRACTION	14	B	592 - 773
25	X-RAY DIFFRACTION	15	B	774 - 835
26	X-RAY DIFFRACTION	15	B	957 - 1009
27	X-RAY DIFFRACTION	16	B	836 - 956
28	X-RAY DIFFRACTION	16	B	583 - 591

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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