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- PDB-4rhs: Crystal structure of GD2 bound PltB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rhs
タイトルCrystal structure of GD2 bound PltB
要素Putative pertussis-like toxin subunit
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / sugar binding motif / sugar binding / sugar
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Pertussis-like toxin subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9211 Å
データ登録者Gao, X. / Wang, J. / Galan, J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Host adaptation of a bacterial toxin from the human pathogen salmonella typhi.
著者: Deng, L. / Song, J. / Gao, X. / Wang, J. / Yu, H. / Chen, X. / Varki, N. / Naito-Matsui, Y. / Galan, J.E. / Varki, A.
履歴
登録2014年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative pertussis-like toxin subunit
B: Putative pertussis-like toxin subunit
C: Putative pertussis-like toxin subunit
D: Putative pertussis-like toxin subunit
E: Putative pertussis-like toxin subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8149
ポリマ－68,1715
非ポリマー1,6434
水7,566420
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12360 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area22290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.257, 96.751, 104.002
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative pertussis-like toxin subunit


分子量: 13634.195 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP Residue 24-137 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
遺伝子: STY1891, t1107 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8Z6A3
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 762.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-2/a3-b2_b8-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 26% (w/v) PEG1500 and 0.1 M sodium acetate, pH5.0 soaked with GD2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月23日
放射モノクロメーター: si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→26.05 Å / Num. obs: 51223 / % possible obs: 95.61 % / Observed criterion σ(F): 1.35
反射 シェル解像度: 1.92→1.99 Å / % possible all: 93.04

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1701)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9211→26.046 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2054 2571 5.06 %RANDOM
Rwork0.1747 ---
obs0.1763 50854 95.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9211→26.046 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4430 0 112 420 4962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1626367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3861583
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043721
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006796
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9211-1.9580.35241500.28162505X-RAY DIFFRACTION92
1.958-1.9980.29061450.24552631X-RAY DIFFRACTION94
1.998-2.04140.22621250.20782610X-RAY DIFFRACTION94
2.0414-2.08890.23721350.20052624X-RAY DIFFRACTION95
2.0889-2.14110.22931430.18642611X-RAY DIFFRACTION94
2.1411-2.19890.2131370.19672640X-RAY DIFFRACTION95
2.1989-2.26360.3191360.24722672X-RAY DIFFRACTION96
2.2636-2.33660.28911500.21122581X-RAY DIFFRACTION94
2.3366-2.42010.20961370.1882709X-RAY DIFFRACTION96
2.4201-2.51690.21521510.19092642X-RAY DIFFRACTION96
2.5169-2.63140.2621260.18832707X-RAY DIFFRACTION96
2.6314-2.76990.23931410.19952667X-RAY DIFFRACTION96
2.7699-2.94330.22341580.21372579X-RAY DIFFRACTION93
2.9433-3.17020.2421330.18192713X-RAY DIFFRACTION97
3.1702-3.48850.20131360.15752802X-RAY DIFFRACTION98
3.4885-3.99170.15851530.14872793X-RAY DIFFRACTION98
3.9917-5.02330.14311470.12232827X-RAY DIFFRACTION99
5.0233-26.04880.16321680.15482970X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0079-0.08730.15472.08050.31021.47890.00170.009-0.15380.01920.0002-0.22920.08980.11430.00240.1620.0156-0.00320.17420.00350.18684.408517.2856-9.9449
21.6023-0.64160.33061.8641-0.53381.1552-0.01450.04630.14570.11750.0464-0.2134-0.11280.0407-0.04320.202-0.0238-0.0080.17770.01870.18790.954540.5381-10.8067
31.7621-0.334-0.55951.88770.49651.6718-0.08750.1037-0.3235-0.0454-0.02290.26320.176-0.19420.080.2211-0.02810.03980.1972-0.07810.2716-15.10326.564-17.7686
41.8899-0.21150.51062.45850.14581.7823-0.01120.4089-0.1147-0.176-0.08660.4851-0.0155-0.2320.07170.1986-0.0116-0.0060.3763-0.0760.3296-30.838723.1024-23.4636
52.40360.6914-0.09552.3203-0.1421.2814-0.02310.21810.293-0.12010.09170.3164-0.1557-0.1987-0.0490.21540.02660.00980.22880.07120.2553-21.046244.3087-19.0937
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:150
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 1:150
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and resid 1:150
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and resid 1:150
5X-RAY DIFFRACTION5chain E and resid 1:150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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