PDB-4rhr: Crystal structure of PltB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rhr

タイトル

Crystal structure of PltB

要素

Putative pertussis-like toxin subunit

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / sugar binding motif / sugar binding / sugar

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.079 Å

データ登録者

Gao, X. / Wang, J. / Galan, J.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Host adaptation of a bacterial toxin from the human pathogen salmonella typhi.
著者: Deng, L. / Song, J. / Gao, X. / Wang, J. / Yu, H. / Chen, X. / Varki, N. / Naito-Matsui, Y. / Galan, J.E. / Varki, A.

履歴

登録	2014年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rhr.cif.gz	232.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rhr.ent.gz	196.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rhr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/4rhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/4rhr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rhsC 4k6l C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p4p-d 6p4s-d 4rhs-d 6p4t-d 6p4n-d 5wht-d 6tyq-d 6tyo-d 6tyn-d 1i4k-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative pertussis-like toxin subunit

B: Putative pertussis-like toxin subunit

C: Putative pertussis-like toxin subunit

D: Putative pertussis-like toxin subunit

E: Putative pertussis-like toxin subunit

ヘテロ分子

68.4 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.091, 97.190, 104.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative pertussis-like toxin subunit 分子量: 13634.195 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) 遺伝子: STY1891, t1107 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8Z6A3
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.36 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 26% (w/v) PEG1500 and 0.1 M sodium acetate, pH5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月23日
放射	モノクロメーター: si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.079→50 Å / Num. obs: 42026 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1.35
反射シェル	解像度: 2.079→2.15 Å / % possible all: 96.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1701)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.079→30.936 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.192	2099	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1558	-	-	-
obs	0.1576	41691	98.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.079→30.936 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4430	0	16	377	4823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4572
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.157	6219
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.379	1561
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	691
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	790

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.079-2.1274	0.2311	142	0.1798	2517	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1274-2.1805	0.2075	156	0.1681	2588	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1805-2.2395	0.2431	142	0.165	2610	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2395-2.3054	0.2284	133	0.1666	2595	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3054-2.3798	0.1944	139	0.168	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3798-2.4648	0.236	145	0.1694	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4648-2.5634	0.204	129	0.1734	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5634-2.68	0.2519	123	0.1701	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
2.68-2.8212	0.2443	126	0.1882	2606	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8212-2.9978	0.2172	150	0.1898	2545	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9978-3.2291	0.1956	142	0.1696	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2291-3.5536	0.1866	144	0.1497	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5536-4.0669	0.1669	140	0.1412	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0669-5.12	0.1424	154	0.1208	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
5.12-30.9391	0.1683	134	0.1442	2841	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1974	0.1696	0.1661	1.7962	-0.1962	1.227	0.0003	-0.0227	-0.1425	0.0055	-0.0163	0.1738	0.0927	-0.0661	0.0207	0.1602	-0.009	-0.0033	0.1581	-0.0057	0.18	63.644	17.3935	9.9402
2	1.3451	0.2999	0.1346	1.2183	0.6323	1.1834	0.0062	0.019	0.1252	-0.0652	0.0186	0.1667	-0.1027	-0.0448	-0.0178	0.1988	0.0235	-0.008	0.1565	-0.0107	0.1765	67.1721	40.6419	10.8968
3	1.8995	0.5515	-0.1509	2.0403	-0.4007	1.9165	-0.0882	-0.0813	-0.3296	0.012	-0.0351	-0.3196	0.1783	0.2755	0.0942	0.2115	0.0242	0.0401	0.2053	0.0644	0.2849	83.1557	6.5275	17.6884
4	1.7174	0.545	0.2392	2.0057	-0.2026	1.6896	0.0262	-0.3801	-0.124	0.2008	-0.0876	-0.3494	0.0071	0.218	0.0637	0.2137	0.0121	-0.0137	0.3475	0.0595	0.3003	98.928	23.0182	23.4866
5	2.4716	-0.4119	-0.4552	1.8208	0.2203	1.232	0.0266	-0.1775	0.2242	0.09	0.0519	-0.1394	-0.143	0.1903	-0.0599	0.2245	-0.0196	0.0214	0.2281	-0.0568	0.2251	89.177	44.2808	19.2471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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