PDB-4rhm: Crystal structure of T. brucei arginase-like protein quadruple mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rhm

タイトル

Crystal structure of T. brucei arginase-like protein quadruple mutant S149D/R151H/S153D/S226D

要素

Arginase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / arginase-deacetylase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

putrescine biosynthetic process from arginine, using agmatinase / agmatinase activity / arginine metabolic process / arginase / arginase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / PHASER / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Hai, Y. / Barrett, M.P. / Christianson, D.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of an Arginase-like Protein from Trypanosoma brucei That Evolved without a Binuclear Manganese Cluster.
著者: Hai, Y. / Kerkhoven, E.J. / Barrett, M.P. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2014年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rhm.cif.gz	363.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rhm.ent.gz	297.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rhm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/4rhm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/4rhm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rhiC 4rhjC 4rhkSC 4rhlC 4rhqC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rhq-d 4rhj-2 3er8-1 1jcm-2 1lrn-1 4rhj-4 5tnv-1 1pbn-1 2ef9-1 4h41-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arginase

B: Arginase

C: Arginase

ヘテロ分子

117 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.123, 137.350, 87.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.28, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-526- HOH

#1: タンパク質	Arginase 分子量: 38797.230 Da / 分子数: 3 / 変異: S149D, R151H, S153D, S226D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.8.2020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q581Y0, arginase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.81 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M KNO3, 20% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月18日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 68553 / Num. obs: 64646 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 29.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 17.1

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
1.95-2.01	1	73.4
2.01-2.08	1	80.9
2.08-2.17	1	88.4
2.17-2.27	1	96.1
2.27-2.39	1	99.4
2.39-2.54	1	99.6
2.54-2.73	1	99.7
2.73-3.01	1	99.9
3.01-3.44	1	100
3.44-4.34	1	100
4.34-50	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.3_1479)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: PHASER
開始モデル: PDB ENTRY 4RHK

4rhk

解像度: 1.95→42.88 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	3247	5.03 %
R_work	0.201	-	-
obs	0.203	64546	94 %
all	-	64646	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7076	0	51	129	7256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7289
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.778	9874
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.56	2707
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	1096
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1275

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9826	0.3466	107	0.3161	1920	X-RAY DIFFRACTION	69
1.9826-2.0136	0.3324	121	0.3098	2086	X-RAY DIFFRACTION	74
2.0136-2.0466	0.3753	117	0.3	2273	X-RAY DIFFRACTION	79
2.0466-2.0819	0.3498	119	0.2892	2300	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0819-2.1197	0.3254	122	0.2848	2408	X-RAY DIFFRACTION	85
2.1197-2.1605	0.3278	134	0.2816	2514	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1605-2.2046	0.2978	155	0.2857	2598	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2046-2.2525	0.3188	130	0.271	2735	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2525-2.3049	0.3391	147	0.2499	2793	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3049-2.3626	0.2731	140	0.2398	2834	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3626-2.4264	0.2493	157	0.2271	2815	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4264-2.4978	0.2374	129	0.2285	2835	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4978-2.5785	0.3005	133	0.2305	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5785-2.6706	0.2862	153	0.223	2830	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6706-2.7775	0.2624	158	0.2136	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7775-2.9039	0.2654	162	0.22	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9039-3.0569	0.2888	157	0.21	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0569-3.2484	0.2556	146	0.2046	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2484-3.4991	0.2244	156	0.1984	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4991-3.851	0.2028	156	0.185	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
3.851-4.4078	0.2231	128	0.1629	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4078-5.5515	0.176	154	0.1536	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5515-42.8958	0.1748	166	0.164	2878	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2521	-0.0828	0.2037	0.5534	-0.2427	-0.1252	-0.0366	-0.1579	0.117	0.0685	0.0386	-0.0482	-0.0439	-0.0252	0	0.333	0.0518	0.0535	0.2894	0.005	0.3773	21.986	27.511	24.2212
2	0.011	-0.1497	-0.0519	0.7428	-0.0569	-0.0063	0.0687	-0.0248	0.0595	-0.1769	0.0349	0.0805	0.0002	-0.0059	0	0.2482	0.0149	-0.0313	0.2114	0.0432	0.1162	20.3358	12.3294	13.5118
3	0.0193	-0.0503	0.0005	0.1588	-0.0127	0.0039	0.0858	-0.0614	-0.0095	0.0019	0.0464	-0.0118	0.0485	-0.0212	0.0002	0.9624	-0.097	-0.0969	0.9122	0.1801	0.611	32.8456	20.5346	-1.9366
4	0.1783	0.0212	-0.0803	0.0849	0.0248	0.0143	-0.0966	-0.0191	-0.2086	0.2921	-0.1933	0.3437	-0.0556	-0.0332	-0	0.4658	-0.0832	0.0737	0.3772	0.0746	0.459	10.5896	-31.7919	26.0579
5	0.1924	0.0785	0.0524	0.2974	0.1333	0.0594	-0.0742	-0.0048	0.0503	0.0276	-0.0109	0.1301	-0.0319	-0.0152	0	0.327	-0.0353	-0.0286	0.3152	-0.0121	0.3512	12.5608	-17.7394	17.2673
6	-0.0016	0.0324	-0.0077	0.0427	-0.0007	0.0233	0.0205	-0.1128	-0.4037	0.0275	-0.0396	0.0886	0.0222	-0.1148	0	0.4479	-0.08	0.003	0.3802	0.053	0.6084	18.3164	-31.0694	29.2405
7	0.0003	0.0129	-0.0449	-0.0105	0.0213	-0.0043	-0.1446	-0.1012	-0.1954	0.1046	-0.0641	-0.009	-0.1375	-0.0004	-0	0.3234	-0.0386	-0.0355	0.2573	0.0044	0.4377	23.1355	-30.0524	18.8565
8	0.0111	-0.0131	-0.0413	-0.0175	0.031	-0.0893	-0.0879	-0.0644	-0.1726	0.0102	0.0241	-0.0826	-0.0131	-0.0195	-0	0.2585	0.02	0.0063	0.2328	-0.0385	0.3585	38.368	-27.5151	16.9525
9	0.0238	0.0112	0.0337	0.0164	-0.0091	0.006	-0.0192	0.0761	-0.0258	-0.06	0.3481	-0.1467	-0.0952	0.0489	0	0.4731	0.0109	0.0876	0.3653	-0.0471	0.3238	41.4995	-14.5813	9.9485
10	0.0149	-0.053	-0.0002	0.0259	-0.0111	0.0004	0.0762	-0.0671	-0.5152	-0.0522	0.168	-0.437	-0.0316	-0.0381	0	0.2925	-0.0332	0.0311	0.234	-0.1198	0.2468	31.002	-19.9298	9.7815
11	0.1114	0.1596	-0.1005	0.0732	0.0553	0.0216	-0.0075	-0.0368	-0.1166	-0.0365	0.035	-0.078	0.0112	-0.0327	-0	0.2746	0.0081	-0.0134	0.2608	0.0118	0.1706	28.7133	-11.7846	22.0143
12	0.0736	0.077	0.0028	-0.0118	-0.0174	0.024	-0.2448	0.0362	-0.1462	-0.1523	0.2606	0.0687	-0.3501	0.0984	-0	0.2284	-0.0698	-0.0487	0.2692	-0.0061	0.239	21.7763	-14.2571	12.8585
13	0.1995	0.0959	0.2638	0.1892	-0.1919	0.1588	0.1848	-0.2852	-0.0602	0.0714	0.0156	-0.1335	0.072	0.0853	-0	0.2578	0.0547	-0.067	0.4494	-0.1111	0.406	60.4383	-4.2106	37.3406
14	0.3292	0.0839	-0.264	0.3842	-0.1239	0.0121	0.0338	-0.2641	-0.1421	-0.0511	-0.0103	-0.2001	0.0698	0.0138	0	0.2494	0.0178	-0.056	0.4736	-0.0858	0.5293	60.3884	-6.4301	33.8155
15	0.1526	-0.3134	-0.1256	0.2328	0.1322	-0.0514	0.0179	-0.0943	0.0758	-0.1775	0.0795	-0.3032	-0.0952	-0.0609	0	0.2259	-0.046	0.0861	0.2412	-0.0584	0.4585	56.046	12.1461	22.0783
16	0.2629	-0.096	0.0768	0.1857	0.0949	0.0214	0.0132	-0.0457	0.0753	-0.0262	0.0659	-0.2822	-0.0016	-0.028	0	0.1864	0.0098	0.0296	0.2081	-0.0345	0.2165	48.7314	0.1987	24.2227

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID -1:112 )	A	-1 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 113:304 )	A	113 - 304
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 305:306 )	A	305 - 306
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID -1:16 )	B	-1 - 16
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 17:80 )	B	17 - 80
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 81:113 )	B	81 - 113
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 114:137 )	B	114 - 137
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 138:191 )	B	138 - 191
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 192:209 )	B	192 - 209
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 210:227 )	B	210 - 227
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 228:282 )	B	228 - 282
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 283:306 )	B	283 - 306
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID -1:47 )	C	-1 - 47
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 48:113 )	C	48 - 113
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 114:209 )	C	114 - 209
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 210:304 )	C	210 - 304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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