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万見
- PDB-4rh8: Crystal structure of the outer membrane lipopolysaccharide transp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rh8
タイトルCrystal structure of the outer membrane lipopolysaccharide transport protein LptE (RlpB) from Escherichia coli in the tetragonal crystal form
要素LPS-assembly lipoprotein LptE
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / 2-Layer Sandwich / Lipopolysaccharide assembly / LptD (Imp) / Gram-negative outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Lipoprotein like domain / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Double Stranded RNA Binding Domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / LPS-assembly lipoprotein LptE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Malojcic, G. / Kahne, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis of lipopolysaccharide insertion into the bacterial outer membrane
著者: Malojcic, G. / Kahne, D.
履歴
登録2014年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPS-assembly lipoprotein LptE
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
C: LPS-assembly lipoprotein LptE
D: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6828
ポリマ－75,4984
非ポリマー1844
水3,045169
1
A: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9212
ポリマ－18,8751
非ポリマー461
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9212
ポリマ－18,8751
非ポリマー461
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9212
ポリマ－18,8751
非ポリマー461
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9212
ポリマ－18,8751
非ポリマー461
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.460, 102.460, 166.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-328-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 28 - 170 / Label seq-ID: 10 - 152

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
LPS-assembly lipoprotein LptE / Rare lipoprotein B


分子量: 18874.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lptE, rlpB, b0641, JW0636 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADC1
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.8 M sodium formate, 0.1 M Tris/HOAc pH 8.50, 15% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→200 Å / Num. all: 45813 / Num. obs: 45803 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 1.57 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0071精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NHR

4nhr


解像度: 2.2→87.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.832 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26176 2260 4.9 %RANDOM
Rwork0.22536 ---
obs0.22717 43543 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.837 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å20 Å20 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---1.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→87.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4195 0 12 169 4376
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194252
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.024269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9981.995719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.639803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1515526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.64123.439189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.41615813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0421548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02911
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1685.3942128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.1685.3952129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.4798.0462646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.7278.0682647
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8556.2962124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.8446.3122114
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.0759.1383074
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.84543.1254603
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.86843.024544
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A77170.11
12B77170.11
21A75310.12
22C75310.12
31A76030.13
32D76030.13
41B74640.13
42C74640.13
51B75380.14
52D75380.14
61C76060.12
62D76060.12
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 192 -
Rwork0.344 3114 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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