PDB-4rh3: AMPPCP-bound structure of human platelet phosphofructokinase in a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rh3

タイトル

AMPPCP-bound structure of human platelet phosphofructokinase in an R-state, crystal form II

要素

ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type

キーワード

TRANSFERASE / Phosphohexokinase

機能・相同性

機能・相同性情報

6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / monosaccharide binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Glycolysis / AMP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 4WLO /

分子置換 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Kloos, M.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of human platelet phosphofructokinase-1 locked in an activated conformation.
著者: Kloos, M. / Bruser, A. / Kirchberger, J. / Schoneberg, T. / Strater, N.

履歴

登録	2014年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rh3.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rh3.ent.gz	925.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rh3_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rh3_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4rh3_validation.xml.gz	97.6 KB	表示
CIF形式データ	4rh3_validation.cif.gz	131.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/4rh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/4rh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u1rC 4wl0C 4xz2C 3opy 4omt 4wlo C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u1r-d 4xz2-d 3o8o-1 4xyk-d 3e3j-d 4wl0-d 3o8o-2 1ryw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (8)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type

B: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type

C: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type

D: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type

ヘテロ分子

327 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type

B: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
164 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type

D: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
164 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.911, 132.911, 397.168
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 25 - 762 / Label seq-ID: 6 - 743

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type / ATP-PFK / PFK-P / 6-phosphofructokinase type C / Phosphofructo-1-kinase isozyme C / PFK-C / Phosphohexokinase 分子量: 81111.844 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 26-762 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PFKF, PFKP / プラスミド: pET51b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q01813, 6-phosphofructokinase
#2: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0,1 M MES pH 6.0 23% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月31日

放射

モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.511
1	1	-h,-k,l	2	0.489

反射

解像度: 3.02→50 Å / Num. obs: 80705 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 12.32

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3.02-3.2	0.011	2.02	1	99.6
3.2-3.42	0.011	3.41	1	100
3.42-3.7	0.011	5.56	1	100
3.7-4.05	0.011	9.05	1	100
4.05-4.52	0.011	14.38	1	100
4.52-5.21	0.011	18.82	1	100
5.21-6.36	0.011	19.55	1	100
6.36-8.92	0.011	30.36	1	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	46.9 Å
Translation	4 Å	46.9 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.1	位相決定
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MxCuBE		データ収集

精密化

構造決定の手法: 4WLO / 解像度: 3.02→46.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 17.558 / SU ML: 0.154 / SU R Cruickshank DPI: 0.0545 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1873	4149	5.1 %	RANDOM
R_work	0.14626	-	-	-
obs	0.14834	76555	99.92 %	-
all	-	80704	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.049 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	15.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	15.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-30.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.02→46.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22328	0	159	0	22487

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	22844
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	22072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.494	1.958	30894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.113	3	50624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.739	5	2916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.894	23.968	988
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.429	15	3972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.557	15	176
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	26256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	5176
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.628	6.692	11688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.628	6.692	11687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.039	10.03	14596
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.526	7.089	11156
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	45903	0.06
1	2	B	45903	0.06
2	1	A	46494	0.04
2	2	C	46494	0.04
3	1	A	45987	0.06
3	2	D	45987	0.06
4	1	B	46015	0.06
4	2	C	46015	0.06
5	1	B	46617	0.04
5	2	D	46617	0.04
6	1	C	46004	0.06
6	2	D	46004	0.06

LS精密化シェル

解像度: 3.021→3.099 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	286	-
R_work	0.209	5502	-
obs	-	-	98.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0461	-0.1062	-0.0203	0.3397	-0.024	0.1656	-0.0415	-0.0143	0.0053	0.024	0.0334	-0.0257	0.0463	-0.0289	0.0082	0.0978	0.0008	0.0395	0.0405	-0.0505	0.1015	48.3057	213.9626	427.0056
2	0.1238	0.0205	-0.133	0.1265	0.0267	0.3155	-0.0513	-0.0437	0.0462	-0.036	0.0459	-0.0302	0.0196	0.0845	0.0054	0.0703	0.0042	0.0235	0.0711	-0.0359	0.1164	69.3597	237.0114	409.5375
3	0.1188	-0.1333	-0.1157	0.3363	0.0189	0.2192	0.0007	-0.0307	0.0089	-0.0608	0.0016	0.0387	-0.0163	-0	-0.0024	0.0885	0.0624	-0.041	0.0744	-0.0657	0.0867	11.4913	276.9311	436.0555
4	0.0824	0.0123	-0.0006	0.0362	0.1334	0.5629	-0.0565	-0.0464	-0.0224	-0.0432	0.0168	-0.006	-0.1645	0.0464	0.0397	0.1787	0.0455	-0.0319	0.0771	-0.0341	0.0623	40.8418	282.642	456.2848

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 762
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	800 - 801
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	801
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	25 - 762
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	802
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	802 - 803
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	25 - 762
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	800 - 801
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	25 - 762
10	X-RAY DIFFRACTION	4	C	802
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	800 - 801

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