PDB-4rgu: Crystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rgu

タイトル

Crystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulator HcaR from Acinetobacter sp. ADP complexed with ferulic acid

要素

Repressor protein

キーワード

TRANSCRIPTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / winged helix-turn-helix

機能・相同性

機能・相同性情報

response to stress / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter sp. ADP1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.891 Å

データ登録者

Kim, Y. / Joachimiak, G. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulator HcaR from Acinetobacter sp. ADP complexed with ferulic acid
著者: Kim, Y. / Joachimiak, G. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2014年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	3k0l 4rgr 4rgs 4rgx
類似構造データ	4rgx-1 4rgs-1 6oru-1 3v7r-1 3rky-1 6xgp-d 3v8k-1 4rgr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC105592

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Repressor protein

B: Repressor protein

ヘテロ分子

37.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Repressor protein

B: Repressor protein

ヘテロ分子

A: Repressor protein

B: Repressor protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.668, 82.812, 63.165
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

to generate tetramer apply x,y,z and -x,-y,z to the asymmetric unit of dimer

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Repressor protein / Repressor protein of the Hydroxycinnamate (Hca) catabolic genes 分子量: 18366.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter sp. ADP1 (バクテリア) 遺伝子: ACIAD1728, hcaR / プラスミド: pMCSG19C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: Q7X0D9

#1: タンパク質

Repressor protein / Repressor protein of the Hydroxycinnamate (Hca) catabolic genes

分子量: 18366.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acinetobacter sp. ADP1 (バクテリア)
遺伝子: ACIAD1728, hcaR / プラスミド: pMCSG19C / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: Q7X0D9

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非ポリマー , 5種, 175分子

#2: 化合物	ChemComp-FER / 3-(4-HYDROXY-3-METHOXYPHENYL)-2-PROPENOIC ACID / FERULIC ACID / フェルラ酸分子量: 194.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀O₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.4 M Sodium Malonate pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.0, 5mM ferulic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月17日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.891→50 Å / Num. all: 26574 / Num. obs: 26574 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 32.72 Å² / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 1121 / R_sym value: 0.337 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXCD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1161)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.891→29.509 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.19 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.206	1325	5.05 %	random
R_work	0.175	-	-	-
all	0.176	26262	-	-
obs	0.176	26262	96.05 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.891→29.509 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2243	0	55	166	2464

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2461
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.947	3343
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.625	966
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	386
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	437

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.8914-1.9672	0.374	114	0.3217	2386	2500	84
1.9672-2.0567	0.2315	140	0.2264	2676	2816	94
2.0567-2.1651	0.2214	142	0.1861	2750	2892	97
2.1651-2.3007	0.288	134	0.2323	2646	2780	92
2.3007-2.4782	0.214	172	0.1844	2791	2963	99
2.4782-2.7274	0.2476	155	0.1838	2855	3010	99
2.7274-3.1217	0.2076	152	0.182	2868	3020	100
3.1217-3.9316	0.182	152	0.1552	2929	3081	100
3.9316-29.5129	0.1769	164	0.1523	3036	3200	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.9448	5.4167	0.1083	4.9984	3.0338	4.4396	1.001	-2.8854	-1.7415	1.9153	0.2947	0.4057	0.3178	-0.4892	-0.481	0.4463	-0.0894	0.015	0.6548	0.1955	0.4051	8.386	6.7037	28.3604
2	0.8831	0.2216	-1.4803	1.4774	-1.5962	5.9495	0.0078	-0.0117	0.026	-0.1624	-0.1713	-0.3194	-0.2911	0.4991	0.1932	0.3187	-0.0658	0.0468	0.2668	-0.0178	0.2937	18.6292	15.5519	5.7025
3	7.6562	1.0431	-3.329	9.9216	0.3764	2.186	0.3601	0.0601	0.7136	-0.0791	-0.5217	0.9459	-1.3438	-0.9067	0.0061	0.7686	0.0478	0.0476	0.436	-0.0019	0.4652	8.0281	27.2819	2.4482
4	9.0119	-0.3154	-5.8682	2.127	0.444	3.8436	0.8122	0.0732	1.108	0.0502	-0.3771	-0.3239	-1.6321	-0.009	-0.6309	0.9488	-0.0648	0.0465	0.4217	0.106	0.5742	17.7374	31.6327	-1.9256
5	5.795	5.8525	0.7922	9.9946	-0.0978	6.4361	-0.0395	2.3638	2.2067	-1.5587	-0.3738	0.2296	-1.0529	-1.105	0.7032	0.9455	0.2545	-0.0462	0.7634	0.169	0.5222	14.5943	28.3295	-12.5564
6	2.825	4.2085	2.9566	8.0541	3.0556	4.1604	0.7273	1.6917	-1.2314	0.5881	0.1754	-0.9387	-0.2593	0.9706	-0.5941	1.1355	-0.3181	0.0637	1.9227	-0.1089	1.7543	-1.161	34.8529	-14.362
7	2.7533	-1.2742	0.9787	6.8132	-6.4044	9.1015	0.2272	0.4684	-0.065	-0.4501	-0.4766	0.0933	0.0126	0.1665	0.3947	0.4445	-0.0485	0.0512	0.3527	-0.0919	0.249	15.1145	13.5373	-5.0726
8	2.3992	-1.5374	-0.9809	7.6444	2.8184	3.2128	0.0448	0.0671	-0.0767	-0.4209	-0.1308	-0.0196	0.1484	-0.2849	0.0925	0.2813	-0.0723	0.0301	0.238	0.0005	0.1994	3.7713	6.7353	9.4033
9	9.5845	7.8922	7.6897	9.5583	9.3828	9.2247	-1.0208	2.0212	2.6298	-2.206	-0.6947	1.0918	-3.269	1.378	0.9044	0.7006	-0.1522	-0.1105	0.6504	0.1222	0.6718	1.9076	25.5328	15.383
10	3.3254	-0.4152	2.7254	5.1899	1.2816	3.479	-0.2297	1.1301	-1.0209	-2.9825	0.6622	1.3513	-0.0409	-0.1607	-0.3787	0.8294	-0.1171	-0.1553	0.5165	-0.017	0.5251	4.3248	8.6799	-0.8403
11	2.5027	1.9237	2.7128	5.182	5.3936	8.8157	-0.2403	-0.0328	0.3163	-0.6163	0.2634	-0.0315	-0.9185	0.0688	0.0314	0.2604	-0.055	0.0149	0.203	-0.0165	0.2436	9.3509	21.2058	17.2077
12	6.271	1.1332	1.2645	5.59	-1.0448	6.5106	-0.2077	-0.0204	0.0888	0.1179	0.045	0.1103	-0.2449	0.4445	0.1757	0.1297	-0.0332	0.0352	0.1972	-0.0406	0.1615	18.0144	18.8436	29.8808
13	1.5444	-0.6227	-1.5736	10.0049	7.5641	6.5174	-0.2031	0.8313	-1.6563	0.5402	-0.1434	-0.8296	1.7533	0.5706	0.4835	0.3502	0.2318	0.0127	0.7568	0.0778	0.6141	26.3341	8.2983	30.7225
14	2.3974	-0.2818	3.6428	9.5557	0.2955	8.8984	-0.5343	0.8113	-0.271	-0.6101	0.3321	-0.7356	0.1354	1.5596	0.1798	0.2193	-0.0088	0.0461	0.6131	-0.0933	0.3229	25.3094	14.3894	22.385
15	6.0449	0.1406	-1.2953	5.7711	2.3258	9.2095	-0.4122	0.7015	-0.0771	-0.6648	0.3122	-0.3524	-0.4189	0.7436	-0.0183	0.2719	-0.1192	-0.0026	0.5024	-0.0375	0.2829	28.4646	22.6674	29.6231
16	6.7293	-3.5358	4.3677	2.5351	-2.74	3.0588	-0.0576	-0.4763	-0.365	0.6833	-0.1547	-0.3393	-0.2684	-0.1388	0.4982	0.2474	-0.0647	-0.0383	0.4258	0.0036	0.3608	25.7685	18.3856	39.7371
17	4.194	4.2982	-0.3248	5.6956	1.7272	4.555	-0.4857	0.769	-1.8969	2.0232	-0.1274	2.8674	2.0708	0.0453	0.7571	1.4136	0.0885	0.0692	0.7327	-0.1201	1.8479	35.4504	4.3449	38.6812
18	8.7421	-3.7759	1.1168	2.2349	0.8297	7.0591	-0.0652	-0.0724	-0.7221	0.263	0.3234	-0.6458	0.1571	-0.3322	-0.3098	0.2137	-0.0658	0.0464	0.3839	-0.0067	0.456	26.3711	12.9718	38.9488
19	3.8318	0.856	4.3603	0.2742	0.4742	4.5845	-0.2077	-0.7277	0.0486	0.1735	-0.0748	0.1767	-0.0633	-0.4441	0.2337	0.2315	-0.019	0.0616	0.342	-0.0528	0.2335	7.6305	17.8635	31.3915
20	5.2472	-1.296	-2.3021	3.0691	1.3513	3.9678	-0.1333	-0.568	-0.3068	-0.1911	0.0533	0.0717	0.1656	0.1187	0.059	0.2439	-0.0852	-0.0264	0.1575	-0.0106	0.1672	6.7959	4.9225	17.776
21	4.7	1.1384	0.5849	0.9434	-0.4743	0.6512	-0.7505	-0.3106	-0.4194	-0.1951	-0.649	0.0123	0.9573	-0.0331	0.693	0.954	-0.0762	0.2926	3.2392	0.2064	0.9971	26.0638	-4.3668	7.6204

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 70 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 71 through 83 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 84 through 91 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 92 through 98 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 99 through 125 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 126 through 147 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 148 through 153 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 11 through 16 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 17 through 39 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 40 through 54 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 55 through 59 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 60 through 70 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 71 through 83 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 84 through 91 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 92 through 98 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 99 through 104 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 105 through 125 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 126 through 149 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 150 through 154 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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