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- PDB-4rgk: Crystal Structure of Putative Phytanoyl-CoA Dioxygenase Family Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rgk
タイトルCrystal Structure of Putative Phytanoyl-CoA Dioxygenase Family Protein YbiU from Yersinia pestis
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Chicago Center for Functional Annotation / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta fold / beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


Gig2-like / Gig2-like / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF1479 domain-containing protein / DUF1479 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Phytanoyl-CoA Dioxygenase Family Protein YbiU from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9867
ポリマ－47,5161
非ポリマー4706
水2,936163
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,97314
ポリマ－95,0322
非ポリマー94112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area5400 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area33340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.750, 54.659, 93.152
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-747-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 47516.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: y1506, YPO2976, YP_2601 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 gold / 参照: UniProt: Q7CJE8, UniProt: A0A2U2H2N4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.88 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS pH 10.5, 1.2M monosodium dihydrogen phosphate/0.8 M dipotasium monohydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochormator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 25801 / Num. obs: 25801 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 25.07 Å2 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 9.06
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique all: 1135 / Rsym value: 0.471 / % possible all: 88.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1745)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→47.711 Å / SU ML: 0.25 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1252 5.14 %random
Rwork0.191 ---
all0.194 24360 --
obs0.194 24360 92.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.711 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3310 0 28 163 3501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1494754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3441304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048495
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006643
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.15-2.23390.2828950.2251831192667
2.2339-2.33550.29331140.21512183229779
2.3355-2.45870.28841420.21592467260989
2.4587-2.61270.22831650.21072643280897
2.6127-2.81440.25541560.207427712927100
2.8144-3.09760.29831530.210527542908100
3.0976-3.54570.23211360.18528242959100
3.5457-4.46670.20821380.16432787292599
4.4667-47.72290.21721530.17932848300199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96460.4073-0.32291.9489-0.93532.028-0.0544-0.0083-0.0997-0.15490.01720.05850.213-0.16950.03310.09910.0618-0.01260.1279-0.03190.1654-8.5812-3.441258.5792
22.33180.6973-0.06872.866-1.56675.50520.4043-1.2005-0.94830.4336-0.3715-0.66220.66090.9296-0.0480.5226-0.0014-0.15290.65310.19760.853218.460215.404758.0469
30.35860.3535-0.47452.0366-0.9452.12890.0181-0.05810.07720.0941-0.0461-0.0078-0.08030.03560.02250.13660.0014-0.020.1758-0.02680.1848-6.10743.513960.1704
43.69822.5139-1.04742.8361-0.18393.82260.0910.00620.548-0.0352-0.11430.3337-0.413-0.03320.00660.29770.0294-0.01920.1503-0.00620.2524-1.979523.588451.8191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 108 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 109 through 129 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 130 through 379 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 380 through 415 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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