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万見
- PDB-4rg1: Methyltransferase domain of C9orf114 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rg1
タイトルMethyltransferase domain of C9orf114
要素C9orf114
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / C9orf114 / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / SAH / structural genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


kinetochore => GO:0000776 / maintenance of centrosome location / miRNA processing / spindle pole centrosome / miRNA binding / post-transcriptional regulation of gene expression / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / 紡錘体 / 動原体 ...kinetochore => GO:0000776 / maintenance of centrosome location / miRNA processing / spindle pole centrosome / miRNA binding / post-transcriptional regulation of gene expression / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / 紡錘体 / 動原体 / メチル化 / 細胞周期 / 細胞分裂 / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Putative RNA methyltransferase / Putative RNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル ...Putative RNA methyltransferase / Putative RNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-1,2-PROPANEDIOL / S-アデノシル-L-ホモシステイン / Putative methyltransferase C9orf114
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Dong, A. / Zeng, H. / Walker, J.R. / Li, Y. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Human C9orf114 in complex with S-adenosyl-homocysteine
著者: Zeng, H. / Dong, A. / Walker, J.R. / Li, Y. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Wu, H.
履歴
登録2014年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C9orf114
B: C9orf114
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,52911
ポリマ－68,5652
非ポリマー6,9649
水10,593588
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area24150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.509, 67.816, 85.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-596-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 C9orf114


分子量: 34282.582 Da / 分子数: 2 / 断片: methyltransferase domain (UNP residues 64-376) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C9orf114 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon Plus RIL / 参照: UniProt: Q5T280

-
非ポリマー , 5種, 597分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500 / ポリエチレングリコール


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル / プロパンジオール


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 28% PEG3350, 0.2 M diammonium tartrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月21日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 64378 / Num. obs: 64378 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 1.077 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.86-1.898.20.96231230.715199.7
1.89-1.938.30.82731620.756199.8
1.93-1.968.40.69932100.7981100
1.96-28.60.59831770.7661100
2-2.058.60.48731610.7921100
2.05-2.098.60.39731770.8571100
2.09-2.158.60.31432140.8261100
2.15-2.218.60.2731770.8631100
2.21-2.278.60.25331900.9371100
2.27-2.348.60.20932020.9241100
2.34-2.438.60.16431940.8961100
2.43-2.528.60.14632170.941100
2.52-2.648.50.12831930.9551100
2.64-2.788.50.09832081.0621100
2.78-2.958.50.08532321.1921100
2.95-3.188.40.07432411.6121100
3.18-3.58.30.06632422.0441100
3.5-4.018.20.05232791.9921100
4.01-5.0580.03533161.3781100
5.05-5080.03234631.236199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.65 Å49.12 Å
Translation3.65 Å49.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
Coot0.7.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K3R

1k3r


解像度: 1.86→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.197 / WRfactor Rwork: 0.1577 / FOM work R set: 0.8236 / SU B: 2.747 / SU ML: 0.081 / SU R Cruickshank DPI: 0.1153 / SU Rfree: 0.1137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2085 888 1.4 %RANDOM
Rwork0.1716 ---
obs0.1722 61911 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.46 Å2 / Biso mean: 24.781 Å2 / Biso min: 12.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.85 Å2-0 Å20 Å2
2--2.3 Å2-0 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4235 0 112 588 4935
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194786
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3971.9946531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7973.00110392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3765631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.79423.623207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.66415724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8871537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7752.4422420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.772.4422419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8433.6353028
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 67 -
Rwork0.253 4503 -
all-4570 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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