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- PDB-4rex: Crystal structure of the first WW domain of human YAP2 isoform -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rex
タイトルCrystal structure of the first WW domain of human YAP2 isoform
要素Yorkie homolog
キーワードPROTEIN BINDING / WW domain / Hippo signaling pathway / antiparallel beta-sheet / proline rich motifs
機能・相同性
機能・相同性情報


enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / bud elongation involved in lung branching / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / glandular epithelial cell differentiation / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / polarized epithelial cell differentiation ...enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / bud elongation involved in lung branching / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / glandular epithelial cell differentiation / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / polarized epithelial cell differentiation / notochord development / negative regulation of cilium assembly / lung epithelial cell differentiation / heart process / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / trophectodermal cell differentiation / paraxial mesoderm development / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / regulation of stem cell proliferation / tissue homeostasis / intestinal epithelial cell development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / Formation of axial mesoderm / negative regulation of stem cell differentiation / female germ cell nucleus / embryonic heart tube morphogenesis / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / proline-rich region binding / Signaling by Hippo / organ growth / negative regulation of epithelial cell differentiation / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Zygotic genome activation (ZGA) / somatic stem cell population maintenance / regulation of neurogenesis / vasculogenesis / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Nuclear signaling by ERBB4 / cellular response to retinoic acid / keratinocyte differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / response to progesterone / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / transcription coregulator activity / wound healing / cell morphogenesis / cellular response to gamma radiation / positive regulation of protein localization to nucleus / transcription corepressor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell-cell junction / cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #10 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues ...: / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #10 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional coactivator YAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Camara-Artigas, A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the first WW domain of human YAP2 isoform.
著者: Martinez-Rodriguez, S. / Bacarizo, J. / Luque, I. / Camara-Artigas, A.
履歴
登録2014年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22015年9月16日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Yorkie homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6252
ポリマ－5,5291
非ポリマー961
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.673, 43.101, 21.302
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-420-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Yorkie homolog / 65 kDa Yes-associated protein / YAP65


分子量: 5529.180 Da / 分子数: 1 / 断片: WW domain (UNP residues 165-209) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YAP1, YAP65 / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46937
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.57 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5
詳細: 1.5 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate, 100 mM proline, 5 mM NDSB-201 and 5mM MBCD, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月24日
詳細: SI(111) CHANNEL-CUT CRYSTAL MONOCHROMATOR AND A PAIR OF KB MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.9 % / 数: 38300 / Rmerge(I) obs: 0.104 / D res high: 1.6 Å / D res low: 42.67 Å / Num. obs: 5514 / % possible obs: 99.2 / Rejects: 10
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRedundancy
1.61.6310.5826.8
8.3142.6710.0574.9
反射解像度: 1.6→42.67 Å / Num. obs: 5514 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 12.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 96.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.2.13データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HO2

2ho2


解像度: 1.6→21.551 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.47 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1942 452 4.57 %
Rwork0.1776 --
obs0.1785 9891 98.83 %
all-10001 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→21.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数378 0 5 42 425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.356547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.606145
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00971
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6004-1.83190.24081480.19993151X-RAY DIFFRACTION99
1.8319-2.30760.18981390.19113114X-RAY DIFFRACTION98
2.3076-21.55240.18461650.16513174X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2256-0.06260.07820.0384-0.05340.08290.0401-0.00470.14430.09290.01850.0463-0.0430.0772-0.01210.1527-0.01640.00380.1284-0.01530.107714.750951.955150.5746
20.05210.04060.03930.09850.05170.03470.13760.0665-0.0393-0.0387-0.0089-0.0714-0.05710.0320.03020.10260.0110.01220.1192-0.01120.102512.93439.648549.5999
30.07580.07920.00040.46250.14160.0905-0.03720.0258-0.0209-0.08230.05230.11670.0408-0.0419-0.00640.075-0.00690.00020.08830.00170.08845.552139.977752.2023
40.0851-0.07090.17570.0996-0.0990.41140.12520.12320.1760.02960.11330.1164-0.02360.1420.0510.1525-0.0304-0.00120.1156-0.01340.19745.793553.99152.7601
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 161 through 175 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 176 through 186 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 187 through 201 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 202 through 208 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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