PDB-4ree: Crystal Structure of TR3 LBD in complex with Molecule 6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ree

タイトル

Crystal Structure of TR3 LBD in complex with Molecule 6

要素

Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1

キーワード

TRANSCRIPTION / LBD

機能・相同性

機能・相同性情報

neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Li, F.W. / Cai, Q.X. / Li, A.Z. / Tian, X.Y. / Wang, W.J. / Yuan, W. / Hou, P.P. / Wu, Q. / Lin, T.W.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Induction of Autophagic Death in Cancer Cells by Agonizing TR3 and Attenuating Akt2 Activity
著者: Wang, W.J. / Wang, Y. / Hou, P.P. / Li, F.W. / Zhou, B. / Chen, H.Z. / Bian, X.L. / Cai, Q.X. / Xing, Y.Z. / He, J.P. / Zhang, H. / Huang, P.Q. / Lin, T. / Wu, Q.

履歴

登録	2014年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ree.cif.gz	104.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ree.ent.gz	84 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ree.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ree_validation.pdf.gz	661.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ree_full_validation.pdf.gz	673.2 KB	表示
XML形式データ	4ree_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	4ree_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/4ree ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/4ree	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4re8C 4refC 4whfC 4whgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ref-1 5yp6-d 5yp5-d 5x8q-3 2qw4-1 1nuo-d 4whg-1 5x8x-4 5y41-1 6o3z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1

A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1

ヘテロ分子

57.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.829, 76.615, 128.531
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	B	31 - 267
2	0	1	0	A	31 - 267

#1: タンパク質	Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1 / Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR ...Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR / Orphan nuclear receptor TR3 / ST-59 / Testicular receptor 3 分子量: 28614.113 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 351-598 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFRP1, HMR, NAK1, NR4A1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22736
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-3MZ / 1-(2,3,4-trihydroxyphenyl)nonan-1-one 分子量: 266.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.79 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.2 詳細: PEG4000, Sodium citrate, Glycerol, pH 4.2, vapor diffusion, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月22日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.37→50 Å / Num. all: 30674 / Num. obs: 30429 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.37-2.41	4.2	0.505	1	99.9
2.41-2.45	4.2	0.446	1	100
2.45-2.5	4.2	0.391	1	100
2.5-2.55	4.2	0.327	1	99.9
2.55-2.61	4.2	0.31	1	99.9
2.61-2.67	4.2	0.255	1	100
2.67-2.74	4.2	0.225	1	99.9
2.74-2.81	4.2	0.202	1	99.9
2.81-2.89	4.2	0.17	1	99.8
2.89-2.99	4.2	0.15	1	99.5
2.99-3.09	4.3	0.144	1	99.3
3.09-3.22	4.2	0.118	1	99.7
3.22-3.36	4.2	0.104	1	99.7
3.36-3.54	4.2	0.093	1	99.7
3.54-3.76	4.2	0.085	1	99.2
3.76-4.05	4.2	0.071	1	99.3
4.05-4.46	4.2	0.057	1	99.5
4.46-5.1	4.2	0.055	1	98.9
5.1-6.43	4.6	0.06	1	100
6.43-50	4	0.064	1	91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.37→37.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 6.257 / SU ML: 0.149 / SU R Cruickshank DPI: 0.2574 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24114	1548	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1995	-	-	-
obs	0.20163	28811	98.97 %	-
all	-	30674	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.426 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.22 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.31 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→37.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3654	0	37	152	3843

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	3754
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	3720
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.806	2.004	5081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.316	3	8565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.082	5	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.886	23.226	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.194	15	651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.443	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	587
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	4122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	822
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.775	5.094	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.77	5.092	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.754	7.594	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.945	5.574	1891
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 13325 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.17 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	B
2	A

LS精密化シェル

解像度: 2.371→2.433 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	106	-
R_work	0.239	2059	-
obs	-	-	97.26 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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