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- PDB-4rdt: Structure of the bacterial Zn-transporter ZnuD from Neisseria men... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rdt
タイトルStructure of the bacterial Zn-transporter ZnuD from Neisseria meningitidis (flexible conformation bound to a zinc ion)
要素ZnuD
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Outer membrane protein / Zinc transporter / Zinc acquisition / TonB dependent receptor / vaccine candidate
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, plug domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain ...TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, plug domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable TonB-dependent receptor NMB0964
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Calmettes, C. / El Bakkouri, M. / Moraes, T.F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: The molecular mechanism of Zinc acquisition by the neisserial outer-membrane transporter ZnuD.
著者: Calmettes, C. / Ing, C. / Buckwalter, C.M. / El Bakkouri, M. / Chieh-Lin Lai, C. / Pogoutse, A. / Gray-Owen, S.D. / Pomes, R. / Moraes, T.F.
履歴
登録2014年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZnuD
B: ZnuD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,88111
ポリマ－168,6692
非ポリマー1,2129
水19811
1
A: ZnuD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3858
ポリマ－84,3351
非ポリマー1,0517
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ZnuD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4963
ポリマ－84,3351
非ポリマー1612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.340, 156.227, 158.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ZnuD


分子量: 84334.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: NMB0964 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9JZN9

-
非ポリマー , 5種, 20分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.84 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.1M Hepes pH 7.2, 1M Magnesium Sulfate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC Q315 detector / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 50916 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 77.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.19-3.2380.661199.8
3.23-3.288.10.541199.9
3.28-3.3380.561199.8
3.33-3.388.10.461100
3.38-3.438.10.4461100
3.43-3.498.20.3431100
3.49-3.568.10.336199.9
3.56-3.638.20.251100
3.63-3.78.20.2991100
3.7-3.788.30.2621100
3.78-3.878.30.2061100
3.87-3.968.30.193199.9
3.96-4.078.40.1741100
4.07-4.198.40.1641100
4.19-4.338.40.1321100
4.33-4.488.30.1141100
4.48-4.668.20.1021100
4.66-4.878.30.1061100
4.87-5.138.20.1151100
5.13-5.458.20.1191100
5.45-5.878.10.1111100
5.87-6.4680.0971100
6.46-7.397.70.0811100
7.39-9.37.70.0621100
9.3-506.80.048198.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→49.928 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3047 1646 3.94 %
Rwork0.2704 --
obs0.2718 41783 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 123.3669 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10068 0 72 11 10151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.55213981
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0053840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0961441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061845
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.29420.36841420.31193300X-RAY DIFFRACTION99
3.2942-3.40050.33521360.30553281X-RAY DIFFRACTION99
3.4005-3.5220.34831410.28243301X-RAY DIFFRACTION99
3.522-3.66290.31131340.29383301X-RAY DIFFRACTION99
3.6629-3.82960.30961360.26723322X-RAY DIFFRACTION100
3.8296-4.03140.28881340.273330X-RAY DIFFRACTION99
4.0314-4.28390.27391350.26073354X-RAY DIFFRACTION100
4.2839-4.61440.3031370.23573350X-RAY DIFFRACTION100
4.6144-5.07840.2591370.23383365X-RAY DIFFRACTION100
5.0784-5.81230.31171360.26613392X-RAY DIFFRACTION100
5.8123-7.31920.32461380.28323413X-RAY DIFFRACTION100
7.3192-49.93440.30811400.28673428X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1895-0.00730.54291.32541.01481.72240.1336-0.3775-1.1260.24830.0222-0.36740.49440.0329-0.040.30530.03520.10830.52650.22431.531514.72844.99773.289
20.61410.0118-0.1117.407-1.66251.4686-0.3572-0.0894-0.6798-0.06230.26211.15140.3299-0.66-0.28050.23230.00810.01420.50890.11360.7814-0.58848.69173.927
30.7886-0.6715-1.82019.26046.54567.0863-0.33311.7408-0.266-1.9070.28510.5145-0.4438-1.43850.16521.4185-0.27370.14452.0112-0.31140.922811.81664.3538.465
42.62-0.58710.01822.2152-0.48120.7636-0.0420.198-0.8293-0.1811-0.4673-1.04490.11260.29960.14150.31650.0139-0.03690.4427-0.00220.662718.83248.569.238
50.23790.06860.09370.27690.34280.4351-0.28420.09040.1296-1.1260.03260.2368-0.024-0.2349-0.3571.3214-0.0749-0.13332.223-0.73420.6304-14.71944.9825.72
60.7822-0.23440.65026.71081.81431.1086-0.0150.64610.0951-2.205-0.0725-0.9171-0.46480.1105-0.08131.54060.21180.2072.3122-0.63591.23920.6748.5194.759
71.9106-0.6347-1.65453.9591-1.71153.6733-0.13360.46190.48490.4147-0.1667-0.8104-0.4721-1.03640.27231.23640.3525-0.60511.2008-0.42411.2178-11.81764.30740.574
82.99940.3023-0.16452.8814-0.72970.18170.00060.81-0.3606-0.9025-0.12970.0373-0.08410.10760.10121.38020.0466-0.08641.9825-0.88361.4176-18.84648.5169.784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 20:145 )A20 - 145
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 146:241 )A146 - 241
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 248:287 )A248 - 287
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 300:734 )A300 - 734
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 20:145 )B20 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 146:240 )B146 - 240
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 248:287 )B248 - 287
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND ( RESID 299:734 OR RESID 801:802 OR RESID 901:902 ) )B299 - 734
9X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND ( RESID 299:734 OR RESID 801:802 OR RESID 901:902 ) )B801 - 802
10X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND ( RESID 299:734 OR RESID 801:802 OR RESID 901:902 ) )B901 - 902

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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