PDB-4rd8: The crystal structure of a functionally-unknown protein from Legi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rd8

タイトル

The crystal structure of a functionally-unknown protein from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1

要素

Uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

Domain of of unknown function DUF5636 / Family of unknown function (DUF5636) / DUF5636 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Tan, K. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a functionally-unknown protein from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
著者: Tan, K. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2014年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rd8.cif.gz	190.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rd8.ent.gz	153.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rd8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/4rd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/4rd8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2way-1 4gpf-3 3rrd-d 3t1t-1 7cc9-1 3t1v-1 1log-2 3t1t-4 4gph-3 4pid-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC108134

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

55.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.102, 65.824, 103.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

It is predicted that the chains A and B are monomers.

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 27916.000 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1-237 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) 株: str. Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg1960 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q5ZU48
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.95 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, 0.014mg/ml chymotrypsin, 30% Jeffmine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月27日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→33 Å / Num. all: 48470 / Num. obs: 48470 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 22.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 31.6
反射シェル	解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique all: 2396 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD	Builder/HKL3000	位相決定
MLPHARE	Builder/HKL3000	位相決定
直接法	Builder/HKL3000	モデル構築
DENZO	Builder/HKL3000	データ削減
SCALEPACK	Builder/HKL3000	データスケーリング
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法	Builder/HKL3000	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.72→32.912 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2003	2417	4.99 %	random
R_work	0.1737	-	-	-
obs	0.175	48422	99.24 %	-
all	-	48422	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→32.912 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3393	0	0	339	3732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3486
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.993	4715
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.119	1335
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	531
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	614

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.7533	0.2848	130	0.2415	2572	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7533-1.7915	0.2677	151	0.2178	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7915-1.8331	0.2224	120	0.2065	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8331-1.879	0.262	155	0.2053	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.879-1.9298	0.2353	141	0.1986	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9298-1.9866	0.2429	170	0.1967	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9866-2.0507	0.2346	135	0.185	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0507-2.1239	0.2291	165	0.1762	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1239-2.209	0.1954	174	0.1716	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.209-2.3095	0.1987	133	0.1685	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3095-2.4312	0.215	157	0.1798	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4312-2.5835	0.2462	115	0.1799	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5835-2.7828	0.1857	133	0.1855	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7828-3.0627	0.2344	126	0.1854	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0627-3.5055	0.2031	138	0.1795	2757	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5055-4.4148	0.1506	126	0.1425	2771	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4148-32.918	0.1746	148	0.1616	2764	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2562	-2.6759	-3.1609	7.652	2.2215	3.0966	0.2094	-0.3114	0.0346	0.3704	-0.2123	0.8523	0.1325	-0.5523	0.0489	0.3336	-0.0661	0.0871	0.4161	0.0242	0.3927	26.4046	-2.3891	77.9599
2	1.4797	0.1064	0.3082	3.5486	-1.3046	4.7794	-0.0285	0.3263	0.3443	-0.3969	-0.1536	-0.0869	-0.4509	0.1559	0.12	0.2804	0.0294	-0.0201	0.1579	0.0481	0.3128	39.5912	14.8451	61.226
3	2.9684	-1.5845	-0.2195	3.6641	0.2976	1.837	0.0555	0.1264	0.1616	-0.2053	-0.0332	0.0707	-0.1194	-0.0696	-0.0196	0.1006	-0.011	-0.0161	0.1281	0.0067	0.1576	41.5976	4.5235	66.4869
4	2.3575	0.3839	0.2441	4.2528	-1.8906	4.6084	-0.0217	0.3348	0.1471	-0.7853	-0.0886	0.2672	0.3184	-0.1823	0.0704	0.2585	0.0556	-0.0336	0.229	-0.0006	0.2296	33.0703	3.9121	59.7979
5	6.2956	-2.7659	-0.4864	2.8685	1.8223	9.1504	-0.4646	-0.2415	-0.0822	0.5949	0.4485	-1.1303	0.6106	1.3385	-0.0754	0.4701	0.0501	-0.0465	0.4116	-0.0239	0.4939	74.7733	-10.1576	84.3621
6	2.0859	0.0472	0.4201	1.7961	0.6305	5.1179	-0.006	0.2691	-0.0931	-0.1203	-0.0014	-0.0676	0.1105	0.2276	0.0005	0.1289	0.0225	0.0219	0.099	-0.0097	0.1535	66.8182	-18.2544	60.9264
7	2.465	-2.4138	0.2508	4.8619	0.24	1.244	0.04	0.142	0.1327	-0.0988	-0.0621	-0.1954	-0.0267	0.1535	0.037	0.1002	-0.0181	-0.0112	0.157	0.002	0.1106	61.8587	-10.5422	68.3712
8	1.787	0.0666	-0.0283	2.2134	1.6556	3.6837	-0.0488	0.1225	0.2094	-0.1957	0.1377	-0.2955	-0.3467	0.5527	-0.0824	0.1913	-0.0132	-0.007	0.2074	0.0443	0.2062	72.017	-7.7027	66.4094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 158 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 159 through 218 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 22 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 23 through 84 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 85 through 158 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 159 through 217 )

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