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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rd7 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a Cupin 2 conserved barrel domain protein from Salinispora arenicola CNS-205 | ||||||
![]() | Cupin 2 conserved barrel domain protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro | ||||||
機能・相同性 | Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Cupin 2 conserved barrel domain protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Gu, M. / Clancy, S. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of a Cupin 2 conserved barrel domain protein from Salinispora arenicola CNS-205 著者: Tan, K. / Gu, M. / Clancy, S. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14571.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: CNS-205 / 遺伝子: Sare_2150 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.43 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.6M Ammonium Sulfate, 0.1M MES:NaOH, 10% (v/v) Dioxane, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月25日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→36.5 Å / Num. all: 18841 / Num. obs: 18841 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 13.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 47.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 891 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.571→36.497 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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