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- PDB-4rd4: Structure of aIF2 gamma from sulfolobus solfataricus bound to gdpnp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rd4
タイトルStructure of aIF2 gamma from sulfolobus solfataricus bound to gdpnp
要素Translation initiation factor 2 subunit gamma
キーワードTRANSLATION / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of translation preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / tRNA binding / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 2, gamma subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 ...Translation initiation factor 2, gamma subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Translation initiation factor 2 subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Dubiez, E. / Aleksandrov, A. / Lazennec-Schurdevin, C. / Mechulam, Y. / Schmitt, E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Identification of a second GTP-bound magnesium ion in archaeal initiation factor 2.
著者: Dubiez, E. / Aleksandrov, A. / Lazennec-Schurdevin, C. / Mechulam, Y. / Schmitt, E.
履歴
登録2014年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor 2 subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0365
ポリマ－45,8491
非ポリマー1,1874
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.390, 60.950, 143.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Translation initiation factor 2 subunit gamma / aIF2-gamma / eIF-2-gamma


分子量: 45849.230 Da / 分子数: 1 / 断片: aIF2-gamma subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: eif2g, SSO0412, sulfolobus solfataricus / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 rosetta / 参照: UniProt: Q980A5
#2: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 60%MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月4日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→46.44 Å / Num. all: 120182 / Num. obs: 120182 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.45 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 10.32
反射 シェル解像度: 1.21→1.29 Å / 冗長度: 3.28 % / Rmerge(I) obs: 0.933 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique all: 17761 / Rsym value: 0.933 / % possible all: 89.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AHO

2aho


解像度: 1.3→46.441 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1972 5023 5.05 %random
Rwork0.1669 ---
obs0.1684 99422 98.62 %-
all-105347 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→46.441 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3213 0 73 419 3705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.134719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4871328
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072547
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005591
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.31480.3661800.33773073X-RAY DIFFRACTION99
1.3148-1.33020.35211800.32043074X-RAY DIFFRACTION97
1.3302-1.34650.32771640.30133111X-RAY DIFFRACTION99
1.3465-1.36350.33081600.29813129X-RAY DIFFRACTION99
1.3635-1.38150.30411700.27673068X-RAY DIFFRACTION99
1.3815-1.40040.28181730.24233138X-RAY DIFFRACTION99
1.4004-1.42040.24521670.23033134X-RAY DIFFRACTION99
1.4204-1.44160.25341680.22733096X-RAY DIFFRACTION99
1.4416-1.46410.26721920.22983115X-RAY DIFFRACTION99
1.4641-1.48810.28831500.22173129X-RAY DIFFRACTION99
1.4881-1.51380.32531500.21573103X-RAY DIFFRACTION98
1.5138-1.54130.25571520.21393108X-RAY DIFFRACTION97
1.5413-1.5710.23361570.20013101X-RAY DIFFRACTION98
1.571-1.6030.23231640.18653148X-RAY DIFFRACTION98
1.603-1.63790.22631770.17443082X-RAY DIFFRACTION99
1.6379-1.6760.21621650.17093143X-RAY DIFFRACTION99
1.676-1.71790.20191690.16173136X-RAY DIFFRACTION99
1.7179-1.76440.17371460.15313128X-RAY DIFFRACTION98
1.7644-1.81630.20481650.15513139X-RAY DIFFRACTION98
1.8163-1.87490.19361760.14883123X-RAY DIFFRACTION98
1.8749-1.94190.17351480.14923162X-RAY DIFFRACTION99
1.9419-2.01970.20181770.1473188X-RAY DIFFRACTION99
2.0197-2.11160.17911420.14813199X-RAY DIFFRACTION99
2.1116-2.22290.17491800.14583145X-RAY DIFFRACTION99
2.2229-2.36220.18291760.15193191X-RAY DIFFRACTION99
2.3622-2.54460.18781650.15553187X-RAY DIFFRACTION99
2.5446-2.80060.18851800.16733165X-RAY DIFFRACTION98
2.8006-3.20580.17421670.1583243X-RAY DIFFRACTION99
3.2058-4.03860.16591710.14833279X-RAY DIFFRACTION99
4.0386-46.4710.19341920.16833362X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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