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- PDB-4rcm: Crystal structure of the Pho92 YTH domain in complex with m6A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rcm
タイトルCrystal structure of the Pho92 YTH domain in complex with m6A
要素
  • Methylated RNA-binding protein 1
  • RNA (5'-R(*UP*G)-D(*(6MZ)P*CP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phosphate metabolic process / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / mRNA destabilization / regulation of mRNA stability / mRNA 3'-UTR binding / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ph1033 like fold / ph1033 like domains / YTH domain containing protein / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Methylated RNA-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tempel, W. / Xu, C. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Discriminative Recognition of N6-Methyladenosine RNA by the Human YT521-B Homology Domain Family of Proteins.
著者: Xu, C. / Liu, K. / Ahmed, H. / Loppnau, P. / Schapira, M. / Min, J.
履歴
登録2014年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22015年10月21日Group: Database references
改定 2.02023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylated RNA-binding protein 1
B: Methylated RNA-binding protein 1
D: RNA (5'-R(*UP*G)-D(*(6MZ)P*CP*U)-3')
E: RNA (5'-R(*UP*G)-D(*(6MZ)P*CP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,74823
ポリマ－41,7484
非ポリマー019
水1,76598
1
A: Methylated RNA-binding protein 1
D: RNA (5'-R(*UP*G)-D(*(6MZ)P*CP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,87411
ポリマ－20,8742
非ポリマー09
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Methylated RNA-binding protein 1
E: RNA (5'-R(*UP*G)-D(*(6MZ)P*CP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,87412
ポリマ－20,8742
非ポリマー010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.430, 57.171, 66.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Methylated RNA-binding protein 1 / PHOsphate metabolism protein 92 / YTH domain-containing protein PHO92


分子量: 19313.057 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 141-306 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PHO92, MRB1, YDR374C / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q06390
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*G)-D(*(6MZ)P*CP*U)-3')


分子量: 1560.995 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 19 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG-3350, 0.2 M potassium isocyanate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→38.4 Å / Num. obs: 27985 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.3 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.8-1.840.3914.14918151192.9
9.01-38.40.02935.379124397.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.2.17データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4R3H AND 4RCI

4r3h

4rci


解像度: 1.8→32.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / WRfactor Rfree: 0.2485 / WRfactor Rwork: 0.1999 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.747 / SU B: 4.912 / SU ML: 0.143 / SU R Cruickshank DPI: 0.1674 / SU Rfree: 0.1578 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: AN ENSEMBLE OF CRYSTALLOGRAPHIC MODELS OF HUMAN YTHDC1 AND YTHDF1 WAS USED AS SEARCH MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT. PARROT WAS USED FOR DENSITY MODIFICATION. ARP/WARP WAS USED FOR PHASE ...詳細: AN ENSEMBLE OF CRYSTALLOGRAPHIC MODELS OF HUMAN YTHDC1 AND YTHDF1 WAS USED AS SEARCH MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT. PARROT WAS USED FOR DENSITY MODIFICATION. ARP/WARP WAS USED FOR PHASE IMPROVEMENT AND AUTOMATED MODEL BUILDING. COOT WAS USED FOR INTERACTIVE MODEL BUILDING. MODEL GEOMETRY WAS EVALUATED WITH MOLPROBITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2681 1149 4.1 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.218 ---
obs0.22 27964 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.6 Å2 / Biso mean: 19.2124 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.94 Å2-0 Å20.13 Å2
2---1.59 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 40 19 98 2701
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192732
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5951.9493723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83835828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5055345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.5623.305118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.29615453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.851515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1361.8421314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1351.841313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.232.7431645
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.423 1921 -
obs--94.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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