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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rby | ||||||||||||||||||||
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タイトル | First X-ray structure of RNA containing guanosine phosphorodithioate | ||||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA / phosphorodithioate RNA / guanosine phosphorodithioate / phosphorothioate / guanosine analogue / hydrophobic / backbone | 機能・相同性 | STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Pallan, P.S. / Egli, M. | ![]() ![]() タイトル: Crystal Structure, Stability and siRNA Activity of Phosphorodithioate-Modified RNAs 著者: Pallan, P.S. / Yang, X. / Sierant, M. / Abeydeera, N.D. / Hassell, T. / Martinez, C. / Janicka, M. / Nawrot, B. / Egli, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 11.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 397.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 397.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3885.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Guanosine phosphorodithioate RNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20 mM sodium cacodylate, 40 mM sodium chloride, 10 mM barium chloride, 6 mM spermine tetrahydrochloride, 5% v/v MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月11日 |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.19→50 Å / Num. all: 11477 / Num. obs: 11213 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 16.49 |
反射 シェル | 解像度: 1.19→1.23 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Mean I/σ(I) obs: 20.71 / Num. unique all: 1012 / % possible all: 88.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2Q1R 解像度: 1.19→50 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.19→50 Å
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拘束条件 |
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