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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rbr
タイトルCrystal structure of Repressor of Toxin (Rot), a central regulator of Staphylococcus aureus virulence
要素HTH-type transcriptional regulator rot
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Winged-Helix-Turn-Helix / Virulence Regulator / DNA Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


: / membrane => GO:0016020 / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional regulator Rot / Transcriptional regulator SarA/Rot / MarR family / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator rot
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus CN1 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Killikelly, A. / Jakoncic, J. / Sampson, J.M. / Kong, X.-P.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: Structure-Based Functional Characterization of Repressor of Toxin (Rot), a Central Regulator of Staphylococcus aureus Virulence.
著者: Killikelly, A. / Benson, M.A. / Ohneck, E.A. / Sampson, J.M. / Jakoncic, J. / Spurrier, B. / Torres, V.J. / Kong, X.P.
履歴
登録2014年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator rot
B: HTH-type transcriptional regulator rot
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9654
ポリマ－32,8942
非ポリマー712
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area14270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.560, 37.530, 63.910
Angle α, β, γ (deg.)85.45, 82.26, 81.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator rot / Repressor of toxins


分子量: 16446.869 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-166 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus CN1 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAKOR_01705 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T1YAC1
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 10% PEG 6000, 0.7 M lithium chloride, 0.2 M citric acid pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月1日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→37.03 Å / Num. obs: 29564 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 4221 / Rsym value: 0.424 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→31.607 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 2.1 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2126 1502 5.08 %Random
Rwork0.1874 ---
obs0.1887 29561 93.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.607 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2168 0 2 419 2589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8792976
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.474834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003376
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.75490.31841250.26862488X-RAY DIFFRACTION91
1.7549-1.81760.28241530.24982488X-RAY DIFFRACTION93
1.8176-1.89040.26851240.2312570X-RAY DIFFRACTION93
1.8904-1.97640.24491350.20212585X-RAY DIFFRACTION94
1.9764-2.08060.2021410.18182533X-RAY DIFFRACTION94
2.0806-2.21090.20071560.17722529X-RAY DIFFRACTION94
2.2109-2.38160.23211240.18062591X-RAY DIFFRACTION94
2.3816-2.62110.23031350.19032572X-RAY DIFFRACTION95
2.6211-3.00020.19391350.18452566X-RAY DIFFRACTION95
3.0002-3.77890.18081360.1682607X-RAY DIFFRACTION95
3.7789-31.61210.20611380.1832530X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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