PDB-4rav: Crystal structure of scFvC4 in complex with the first 17 AA of hu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rav

タイトル

Crystal structure of scFvC4 in complex with the first 17 AA of huntingtin

要素

Huntingtin
Single-chain Fv, VL
single-chain Fv, VH

キーワード

IMMUNE SYSTEM/Apoptosis / immunoglobulin fold / immunity / 1-17 residues of huntingtin / IMMUNE SYSTEM-Apoptosis complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / microtubule-based transport / vocal learning / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / positive regulation of mitophagy / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / profilin binding / vesicle transport along microtubule / positive regulation of cilium assembly / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

De Genst, E. / Chirgadze, D.Y. / Dobson, C.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of a single-chain fv bound to the 17 N-terminal residues of huntingtin provides insights into pathogenic amyloid formation and suppression.
著者: De Genst, E. / Chirgadze, D.Y. / Klein, F.A. / Butler, D.C. / Matak-Vinkovic, D. / Trottier, Y. / Huston, J.S. / Messer, A. / Dobson, C.M.

履歴

登録	2014年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rav.cif.gz	195.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rav.ent.gz	159.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rav_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rav_full_validation.pdf.gz	459.3 KB	表示
XML形式データ	4rav_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	4rav_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/4rav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/4rav	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6e8v-1 2p5x-d 5x3h-d 7cso-4 4fq1-d 5ihj-d 2hsi-d 3u4l-d 6qq1-d 6mn0-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
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#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Single-chain Fv, VL

A: single-chain Fv, VH

D: Single-chain Fv, VL

C: single-chain Fv, VH

E: Huntingtin

F: Huntingtin

ヘテロ分子

55.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.313, 35.933, 110.946
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.72, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: 抗体	Single-chain Fv, VL 分子量: 12267.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	single-chain Fv, VH 分子量: 13401.765 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド	Huntingtin / Huntington disease protein / HD protein 分子量: 1977.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42858
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M ammonium sulphate, 25% PEG 4000 and 0.1 M sodium acetate buffer at pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.07169 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月19日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.07169 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→47.69 Å / Num. all: 18107 / Num. obs: 18107 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14.5

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.64	1	97.8
7.91-47.69	1	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→44.236 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 26.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2263	907	5.01 %
R_work	0.1796	-	-
obs	0.182	18092	98.95 %
all	-	18092	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.236 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3554	0	20	32	3606

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.718	4948
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.822	1236
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	636

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.6566	0.3078	150	0.267	2780	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6566-2.8617	0.3086	148	0.2356	2829	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8617-3.1496	0.2767	148	0.2198	2833	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1496-3.6052	0.247	151	0.2012	2860	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6052-4.5415	0.206	153	0.1519	2896	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5415-44.2426	0.1742	157	0.1458	2987	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0452	0.0148	-0.041	0.0043	-0.0121	0.0392	0.0095	0.0598	-0.1424	-0.0045	-0.0054	0.1027	0.1158	-0.0392	0.0204	0.4863	0.0124	-0.0005	0.1636	-0.0042	0.3507	33.555	-13.9973	81.4928
2	0.1084	0.2902	0.1508	1.2877	0.7705	0.7319	-0.0021	0.1903	0.0166	0.3348	-0.4928	0.3284	0.7041	0.5691	-0.5588	0.3744	0.1661	-0.0727	0.5029	0.0611	0.2436	41.6065	-9.8335	84.3901
3	0.0212	0.0218	-0.029	0.043	-0.0317	0.033	-0.0962	0.1393	-0.0238	-0.0557	-0.0443	0.1521	-0.361	-0.033	0.0001	0.2664	0.0267	-0.0713	0.2766	0.0438	0.4054	34.8888	1.3687	80.1819
4	0.2832	-0.2675	-0.4898	3.0817	0.908	0.989	-0.0963	0.124	0.1517	0.5854	-0.3463	0.0567	0.0406	1.0841	-0.2625	0.2435	-0.0882	-0.1117	0.4898	0.0644	0.2586	45.97	-2.3851	83.619
5	0.0097	-0.0068	0.0009	0.0141	-0.0075	0.0034	0.0289	0.0333	0.114	-0.1286	-0.0399	0.032	-0.2388	-0.0157	0	0.6065	-0.0831	-0.0792	0.4011	-0.086	0.4621	35.7722	4.0325	93.13
6	0.0335	0.0072	0.0232	0.0292	0.0586	0.0956	-0.2224	-0.0631	0.3179	-0.0793	-0.0443	0.2566	0.0008	0.016	0.0002	0.3759	0.0421	-0.036	0.1356	0.0224	0.3495	34.2039	-4.3234	82.118
7	0.2911	0.1668	-0.0129	0.0975	-0.0058	-0	0.447	0.0756	0.0455	0.2643	-0.4104	0.197	0.3509	0.4111	0.008	0.4205	0.0807	-0.0602	0.3912	0.0557	0.3138	38.5416	-11.4949	71.5173
8	0.0068	0.0018	-0.0047	0.0358	0.0101	0.0033	-0.01	-0.14	-0.0503	-0.1728	-0.0732	-0.0116	0.0356	-0.0591	-0.0297	0.4572	-0.0292	0.0136	0.3194	-0.1609	0.3759	30.4176	-2.3905	93.609
9	0.0829	0.1261	-0.0385	0.2771	-0.17	0.1578	-0.1755	0.0268	-0.0363	0.1064	-0.1538	0.0117	-0.0795	-0.0009	-0.1537	0.5442	-0.0697	-0.1558	0.208	-0.0846	0.5789	30.211	10.6916	67.5967
10	0.1496	-0.0689	0.0516	0.0574	-0.0324	0.0306	-0.4864	0.0417	0.0542	-0.1898	0.0118	-0.0794	0.1141	-0.093	-0.1538	0.366	-0.1143	0.0212	0.3378	0.0383	0.6817	14.0646	-4.1385	61.4478
11	0.0114	0.0208	-0.0147	0.0069	-0.0071	0.0231	-0.1292	-0.0725	0.1527	0.1386	0.032	-0.1359	0.0321	0.0952	0.0081	0.2822	0.018	-0.0711	0.1398	-0.0547	0.4581	26.4698	5.5654	60.7901
12	0.1427	0.0045	-0.0276	0.0006	-0.0032	0.0044	-0.0939	0.0649	0.0116	0.0347	-0.0719	-0.0865	-0.0637	0.1685	-0.1578	0.3756	-0.5381	-0.0019	0.7887	0.4435	0.2554	40.7974	8.6237	61.8383
13	0.1993	-0.0453	0.1052	0.049	-0.1031	0.2027	-0.0473	-0.282	-0.1112	-0.0022	0.0602	-0.0636	0.0009	-0.1347	-0.0168	0.3723	-0.2503	0.0318	0.365	0.132	0.3201	27.9407	-4.1305	70.3764
14	0.0067	0.0051	0.0095	-0.0053	0.0057	0.0121	0.1809	0.2323	-0.3568	0.0666	-0.1175	0.0352	0.3146	0.133	-0.0003	0.2968	0.0165	-0.0303	0.2407	0.016	0.363	33.196	-6.2663	65.7572
15	0.5243	-0.7049	-0.7932	0.9481	1.0661	1.1943	-0.1229	0.2525	0.0492	0.177	-0.1063	0.2508	0.3912	0.401	-0.1311	0.3087	0.0602	-0.0223	0.6814	0.0175	0.3794	39.2337	-3.6847	55.891
16	0.1711	0.0591	0.1962	0.0284	0.1026	0.3032	0.1174	0.138	0.0278	-0.0521	0.156	0.0514	0.0645	0.3141	0.2137	0.3065	-0.0139	-0.0457	0.0955	0.0308	0.3662	29.4499	-6.1097	57.9248
17	0.1405	0.0481	-0.06	0.0395	0.0589	0.375	-0.023	0.0168	-0.0207	-0.0818	-0.0017	0.2183	-0.0527	0.1112	-0.0146	0.2944	-0.3297	-0.0143	0.0381	0.0548	0.4022	29.8657	4.5271	56.9208
18	0.0085	0.002	-0.001	0.0047	0.0169	0.0605	-0.0553	-0.1173	-0.1462	-0.0513	-0.0933	-0.167	0.0894	-0.0682	-0.0323	0.4681	-0.1787	0.0478	0.3265	0.0548	0.4378	19.2919	-10.1228	62.9117
19	0.0115	0.0838	-0.0261	0.4722	-0.1417	0.0452	-0.047	0.01	-0.0893	0.0001	-0.0238	0.2003	-0.2328	0.0647	-0.1096	0.2166	-0.2341	-0.017	-0.0777	0.0283	0.4204	29.5479	0.7392	68.8531
20	0.0312	0.0068	0.0142	0.0726	0.0234	0.0135	-0.125	0.0074	0.2035	-0.0004	-0.1857	0.1257	-0.1013	0.4108	-0.0007	0.3393	-0.13	-0.0509	0.5197	0.0392	0.4746	37.9245	2.1467	70.5896
21	0.0731	-0.0884	0.0757	0.104	-0.0918	0.0834	-0.2529	-0.0401	0.1129	0.073	-0.1177	-0.0635	0.0027	-0.0904	-0.012	0.2153	-0.0566	0.0612	0.4624	-0.0716	0.3088	14.2232	-4.155	67.6541
22	0.0025	0.0037	-0.0013	0.0941	0.0658	0.0531	-0.0005	0.0774	0.2659	-0.0859	0.1518	-0.1864	-0.0805	-0.063	0.0245	0.5513	0.0619	-0.039	0.2401	0.0691	0.4359	73.0925	21.0509	73.1313
23	0.0424	0.0157	0.0696	0.0868	-0.0147	0.1178	-0.1283	-0.1203	0.1658	0.3512	-0.1856	0.0308	-0.1805	0.0783	-0.0036	0.5069	0.1089	-0.0058	0.2727	-0.0437	0.3271	73.5344	12.8369	86.3847
24	0.0535	-0.0178	-0.0548	0.0112	0.002	0.0873	-0.4171	0.0052	0.1463	0.042	-0.2733	0.0295	-0.1515	-0.2215	-0.5323	0.5457	0.3141	-0.0351	0.982	-0.0354	0.4185	58.1467	20.5412	72.1451
25	0.0286	0.081	-0.0401	0.2425	-0.1127	0.2072	0.0049	-0.0814	0.2787	-0.0466	-0.1639	-0.0549	0.5174	-0.0345	-0.0412	0.208	0.0473	-0.0137	0.3559	0.035	0.2678	70.9461	5.1922	73.433
26	0.1947	0.1046	0.0933	0.701	-0.0548	0.0664	-0.0385	-0.2657	-0.1095	0.4756	-0.247	-0.0845	-0.0692	-1.0061	-0.0167	0.4155	0.0074	0.0419	0.5948	-0.0345	0.3321	62.1321	8.8813	80.8043
27	0.0051	-0.0063	-0.0052	0.0061	0.0041	0.0049	0.0872	-0.0143	-0.0135	-0.1375	-0.0329	0.0385	0.1664	-0.0325	0.0001	0.6188	0.0161	-0.0235	0.2524	0.0363	0.3846	75.2971	2.7228	85.6131
28	0.0094	-0.0061	0.0036	-0.0001	0.0001	0.0103	0.0961	0.0842	-0.1675	0.1954	-0.1181	0.0142	0.0816	0.0368	0.0002	0.3896	0.0316	-0.0475	0.384	-0.0047	0.3436	72.2366	10.9978	74.8774
29	0.157	0.0204	0.0321	1.1529	-0.1642	0.1016	-0.1212	-0.0938	0.2832	0.2368	-0.2793	-0.0855	-0.1043	-0.2264	-0.1805	0.2803	0.1723	0.0112	0.5939	-0.0801	0.3148	69.3612	15.1762	72.5705
30	0.0379	0.0368	-0.058	0.0212	-0.0467	0.1328	0.1332	0.1569	0.1006	-0.2344	-0.1287	-0.1386	0.157	-0.0367	0.0587	0.4079	-0.1995	0.117	0.5889	0.0619	0.5089	77.6275	4.903	53.8469
31	0.002	-0.0019	-0.001	0.0066	0.0095	0.0098	0.2899	0.0973	-0.2765	0.0294	-0.0323	0.0661	0.291	0.0224	-0	0.4736	-0.1662	0.0977	0.5594	-0.043	0.4427	71.8514	1.2899	52.4718
32	0.002	-0.0023	0.0045	0.0023	0.0007	-0.0056	-0.0628	0.0717	0.0216	0.0062	0.0007	-0.0224	0.073	-0.064	-0.2094	0.2433	-0.532	-0.0156	1.0192	0.0511	0.2916	59.152	-2.4194	58.6098
33	0.1193	0.0867	-0.0251	0.0466	0.0164	0.1439	-0.0472	-0.083	0.1123	0.0225	0.0808	0.0463	0.085	-0.036	0.0546	0.2916	-0.1361	0.003	0.3271	-0.016	0.3184	73.232	11.3466	61.6492
34	0.0114	0.0032	-0.0093	0.0066	-0.0155	0.0202	0.0481	0.0858	0.2202	-0.0772	0.0806	-0.2095	-0.1302	-0.1779	-0.0003	0.3518	-0.0402	0.0161	0.5748	0.0316	0.3655	66.8033	12.9992	59.295
35	0.3649	-0.2635	0.1439	0.4259	-0.4441	0.5445	-0.1189	0.0533	0.0527	0.1109	-0.1553	0.011	-0.1553	-0.0486	-0.1123	0.3779	-0.099	0.0111	1.0546	0.0633	0.3621	57.803	9.9127	52.4138
36	0.133	0.0128	0.0546	0.0198	0.035	0.0812	-0.0154	-0.0715	0.0593	0.0887	0.0431	-0.0798	-0.1142	-0.0619	0.0012	0.6672	0.0376	0.0396	0.2564	0.0868	0.617	69.3037	19.8859	52.1003
37	0.1132	-0.015	0.0542	0.0027	-0.0059	0.0744	-0.0196	0.1257	-0.0622	-0.1557	-0.0306	-0.0323	0.1086	-0.1528	-0.0376	0.3413	-0.2089	0.023	0.7107	-0.0263	0.3924	65.563	6.9891	49.6145
38	0.1158	-0.0681	0.0246	0.0455	-0.0088	0.0024	-0.1316	0.0458	0.0247	-0.047	-0.1594	-0.19	0.3394	-0.0805	-0.1034	0.4755	-0.2138	0.0597	0.4599	-0.0065	0.2909	67.3283	2.067	50.072
39	0.0032	0.0082	-0.0049	0.0092	-0.0152	0.0077	-0.1581	0.0491	0.2594	-0.0044	0.1013	-0.2272	-0.0062	-0.0176	-0.0002	0.4715	-0.1962	-0.0225	0.6514	0.0884	0.3866	78.4681	17.7461	51.7256
40	0.0451	-0.0046	0.0224	-0.0065	-0.0093	0.0458	0.0611	-0.0652	0.1672	-0.0299	-0.0783	-0.1961	0.1802	-0.1414	0.0757	-0.4049	-0.6378	0.2327	0.241	0.174	0.2317	71.692	6.3456	61.0118
41	0.0452	-0.0457	0.0141	0.1146	0.0145	0.0081	0.1009	-0.0804	-0.026	0.0915	-0.086	-0.1139	0.1788	-0.2998	0.0376	0.3012	-0.1683	0.0202	0.5571	0.0065	0.3994	65.3117	4.0266	65.7965
42	0.1766	-0.0222	-0.1282	0.006	0.0122	0.0936	-0.2601	0.0974	-0.0003	0.0253	-0.1429	0.0561	-0.0375	0.076	-0.0716	0.2635	-0.137	-0.0068	0.4568	-0.0958	0.4405	84.0091	11.3317	54.8121
43	0.0965	-0.0092	-0.0219	0.0001	0.0016	0.0049	-0.064	-0.0328	0.048	0.0092	-0.0893	0.0073	0.0552	0.1079	-0.1504	0.2613	0.4406	0.0548	1.3181	0.1448	0.4612	44.3399	-10.6009	59.3027
44	0.0213	-0.0514	-0.0059	0.2676	-0.0741	0.0892	0.0305	0.024	-0.0081	0.0245	0.2877	-0.1038	0.1194	0.2441	-0.0581	0.291	-0.033	-0.0864	1.3356	0.103	0.4601	48.5041	3.8518	62.2739
45	0.32	-0.06	-0.0068	0.0248	0.1369	1.2051	-0.2876	-0.0084	0.0593	-0.006	-0.1841	0.0536	-0.0186	-0.1507	-0.0339	0.4105	0.2131	-0.0179	1.6254	0.013	0.541	54.1677	16.5061	57.394
46	0.0293	0.0292	-0.0214	0.0142	-0.0051	0.0063	-0.1572	-0.077	-0.0579	-0.0489	0.0946	0.1148	-0.064	-0.0266	0	0.4408	-0.0302	0.002	1.3068	0.1079	0.4579	51.5841	2.1468	61.5213

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 128 through 135 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 136 through 162 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 163 through 177 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 178 through 204 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 205 through 212 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 213 through 218 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 219 through 230 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 231 through 237 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 1 through 7 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 8 through 17 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 18 through 25 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 26 through 33 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 34 through 44 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 45 through 51 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 52 through 60 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 61 through 73 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 74 through 83 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 84 through 91 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 92 through 98 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 99 through 108 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 109 through 117 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 127 through 135 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 136 through 150 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 151 through 162 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 163 through 177 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 178 through 204 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 205 through 212 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 213 through 218 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 219 through 236 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'C' and (resid 2 through 17 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'C' and (resid 18 through 25 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'C' and (resid 26 through 33 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'C' and (resid 34 through 44 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'C' and (resid 45 through 51 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'C' and (resid 52 through 60 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'C' and (resid 61 through 67 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'C' and (resid 68 through 73 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'C' and (resid 74 through 83 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'C' and (resid 84 through 91 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'C' and (resid 92 through 98 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'C' and (resid 99 through 108 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'C' and (resid 109 through 115 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 4 through 11 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 12 through 18 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 4 through 11 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 12 through 18 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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