PDB-4rau: crystal structure of RTOFab in complex with human PF4

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 4rau
• タイトル: crystal structure of RTOFab in complex with human PF4

要素

• Platelet factor 4
• RTOFab heavy chain
• RTOFab light chain

• キーワード: IMMUNE SYSTEM / RTO / PF4 / HIT / immunoglobulin / CXC chemokine / antibody / antigen / blood

機能・相同性

分子機能:

CXCR3 chemokine receptor binding / CXCR chemokine receptor binding / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / killing by host of symbiont cells / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / leukocyte chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / defense response to protozoan / monocyte chemotaxis / negative regulation of blood coagulation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of megakaryocyte differentiation / neutrophil chemotaxis / negative regulation of angiogenesis / platelet alpha granule lumen / Cell surface interactions at the vascular wall / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / platelet activation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of tumor necrosis factor production / Platelet degranulation / heparin binding / regulation of cell population proliferation / : / cellular response to lipopolysaccharide / G alpha (i) signalling events / inflammatory response / receptor ligand activity / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytoplasm

ドメイン・相同性:

CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

構成要素:

Platelet factor 4

• 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ); Homo sapiens (ヒト)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.74 Å
• データ登録者: Cai, Z. / Zhu, Z. / Liu, Q. / Greene, M.I.
• 引用: ジャーナル: To be Published; タイトル: crystal structure of RTOFab in complex with platelet factor 4; 著者: Cai, Z. / Zhu, Z. / Liu, Q. / Greene, M.I.

履歴

登録	2014年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands

集合体

登録構造単位

A: RTOFab light chain

B: RTOFab heavy chain

C: Platelet factor 4

D: RTOFab light chain

E: RTOFab heavy chain

F: Platelet factor 4

G: RTOFab light chain

H: RTOFab heavy chain

I: Platelet factor 4

J: RTOFab light chain

K: RTOFab heavy chain

L: Platelet factor 4

M: RTOFab light chain

N: RTOFab heavy chain

O: Platelet factor 4

P: RTOFab light chain

Q: RTOFab heavy chain

R: Platelet factor 4

S: RTOFab light chain

T: RTOFab heavy chain

U: Platelet factor 4

V: RTOFab light chain

W: RTOFab heavy chain

X: Platelet factor 4

概要:

• 439 kDa, 24 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	438,555	24
ポリマ－	438,555	24
非ポリマー	0	0
水	0	0

1

A: RTOFab light chain

B: RTOFab heavy chain

C: Platelet factor 4

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 54.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	54,819	3
ポリマ－	54,819	3
非ポリマー	0	0
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	12980 Å2
ΔGint	-80 kcal/mol
Surface area	45170 Å2

2

D: RTOFab light chain

E: RTOFab heavy chain

F: Platelet factor 4

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 54.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	54,819	3
ポリマ－	54,819	3
非ポリマー	0	0
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	12840 Å2
ΔGint	-79 kcal/mol
Surface area	45200 Å2

3

G: RTOFab light chain

H: RTOFab heavy chain

I: Platelet factor 4

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 54.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	54,819	3
ポリマ－	54,819	3
非ポリマー	0	0
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	12970 Å2
ΔGint	-79 kcal/mol
Surface area	45190 Å2

4

J: RTOFab light chain

K: RTOFab heavy chain

L: Platelet factor 4

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 54.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	54,819	3
ポリマ－	54,819	3
非ポリマー	0	0
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	12890 Å2
ΔGint	-78 kcal/mol
Surface area	45280 Å2

5

M: RTOFab light chain

N: RTOFab heavy chain

O: Platelet factor 4

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 54.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	54,819	3
ポリマ－	54,819	3
非ポリマー	0	0
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

6

P: RTOFab light chain

Q: RTOFab heavy chain

R: Platelet factor 4

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 54.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	54,819	3
ポリマ－	54,819	3
非ポリマー	0	0
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

7

S: RTOFab light chain

T: RTOFab heavy chain

U: Platelet factor 4

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 54.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	54,819	3
ポリマ－	54,819	3
非ポリマー	0	0
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

8

V: RTOFab light chain

W: RTOFab heavy chain

X: Platelet factor 4

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 54.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	54,819	3
ポリマ－	54,819	3
非ポリマー	0	0
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.424, 171.873, 208.159
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P21212

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
1	2	A
2	2	G
1	3	A
2	3	J
1	4	A
2	4	M
1	5	A
2	5	P
1	6	A
2	6	S
1	7	A
2	7	V
1	8	B
2	8	E
1	9	B
2	9	H
1	10	B
2	10	K
1	11	B
2	11	N
1	12	B
2	12	Q
1	13	B
2	13	T
1	14	B
2	14	W
1	15	C
2	15	F
1	16	C
2	16	I
1	17	C
2	17	L
1	18	C
2	18	O
1	19	C
2	19	R
1	20	C
2	20	U
1	21	C
2	21	X
1	22	D
2	22	G
1	23	D
2	23	J
1	24	D
2	24	M
1	25	D
2	25	P
1	26	D
2	26	S
1	27	D
2	27	V
1	28	E
2	28	H
1	29	E
2	29	K
1	30	E
2	30	N
1	31	E
2	31	Q
1	32	E
2	32	T
1	33	E
2	33	W
1	34	F
2	34	I
1	35	F
2	35	L
1	36	F
2	36	O
1	37	F
2	37	R
1	38	F
2	38	U
1	39	F
2	39	X
1	40	G
2	40	J
1	41	G
2	41	M
1	42	G
2	42	P
1	43	G
2	43	S
1	44	G
2	44	V
1	45	H
2	45	K
1	46	H
2	46	N
1	47	H
2	47	Q
1	48	H
2	48	T
1	49	H
2	49	W
1	50	I
2	50	L
1	51	I
2	51	O
1	52	I
2	52	R
1	53	I
2	53	U
1	54	I
2	54	X
1	55	J
2	55	M
1	56	J
2	56	P
1	57	J
2	57	S
1	58	J
2	58	V
1	59	K
2	59	N
1	60	K
2	60	Q
1	61	K
2	61	T
1	62	K
2	62	W
1	63	L
2	63	O
1	64	L
2	64	R
1	65	L
2	65	U
1	66	L
2	66	X
1	67	M
2	67	P
1	68	M
2	68	S
1	69	M
2	69	V
1	70	N
2	70	Q
1	71	N
2	71	T
1	72	N
2	72	W
1	73	O
2	73	R
1	74	O
2	74	U
1	75	O
2	75	X
1	76	P
2	76	S
1	77	P
2	77	V
1	78	Q
2	78	T
1	79	Q
2	79	W
1	80	R
2	80	U
1	81	R
2	81	X
1	82	S
2	82	V
1	83	T
2	83	W
1	84	U
2	84	X

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	ASN	ASN	A	A	3 - 214	1 - 212
2	1	ASP	ASP	ASN	ASN	D	D	3 - 214	1 - 212
1	2	ASP	ASP	ASN	ASN	A	A	3 - 214	1 - 212
2	2	ASP	ASP	ASN	ASN	G	G	3 - 214	1 - 212
1	3	ASP	ASP	ASN	ASN	A	A	3 - 214	1 - 212
2	3	ASP	ASP	ASN	ASN	J	J	3 - 214	1 - 212
1	4	ASP	ASP	ASN	ASN	A	A	3 - 214	1 - 212
2	4	ASP	ASP	ASN	ASN	M	M	3 - 214	1 - 212
1	5	ASP	ASP	ASN	ASN	A	A	3 - 214	1 - 212
2	5	ASP	ASP	ASN	ASN	P	P	3 - 214	1 - 212
1	6	ASP	ASP	ASN	ASN	A	A	3 - 214	1 - 212
2	6	ASP	ASP	ASN	ASN	S	S	3 - 214	1 - 212
1	7	ASP	ASP	ASN	ASN	A	A	3 - 214	1 - 212
2	7	ASP	ASP	ASN	ASN	V	V	3 - 214	1 - 212
1	8	GLU	GLU	SER	SER	B	B	3 - 221	1 - 219
2	8	GLU	GLU	SER	SER	E	E	3 - 221	1 - 219
1	9	GLU	GLU	SER	SER	B	B	3 - 221	1 - 219
2	9	GLU	GLU	SER	SER	H	H	3 - 221	1 - 219
1	10	GLU	GLU	SER	SER	B	B	3 - 221	1 - 219
2	10	GLU	GLU	SER	SER	K	K	3 - 221	1 - 219
1	11	GLU	GLU	SER	SER	B	B	3 - 221	1 - 219
2	11	GLU	GLU	SER	SER	N	N	3 - 221	1 - 219
1	12	GLU	GLU	SER	SER	B	B	3 - 221	1 - 219
2	12	GLU	GLU	SER	SER	Q	Q	3 - 221	1 - 219
1	13	GLU	GLU	SER	SER	B	B	3 - 221	1 - 219
2	13	GLU	GLU	SER	SER	T	T	3 - 221	1 - 219
1	14	GLU	GLU	SER	SER	B	B	3 - 221	1 - 219
2	14	GLU	GLU	SER	SER	W	W	3 - 221	1 - 219
1	15	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	4 - 68	4 - 68
2	15	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	4 - 68	4 - 68
1	16	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	4 - 67	4 - 67
2	16	GLU	GLU	LEU	LEU	I	I	4 - 67	4 - 67
1	17	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	4 - 68	4 - 68
2	17	GLU	GLU	LEU	LEU	L	L	4 - 68	4 - 68
1	18	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	4 - 68	4 - 68
2	18	GLU	GLU	LEU	LEU	O	O	4 - 68	4 - 68
1	19	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	4 - 68	4 - 68
2	19	GLU	GLU	LEU	LEU	R	R	4 - 68	4 - 68
1	20	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	4 - 68	4 - 68
2	20	GLU	GLU	LEU	LEU	U	U	4 - 68	4 - 68
1	21	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	4 - 67	4 - 67
2	21	GLU	GLU	LEU	LEU	X	X	4 - 67	4 - 67
1	22	ASP	ASP	ASN	ASN	D	D	3 - 214	1 - 212
2	22	ASP	ASP	ASN	ASN	G	G	3 - 214	1 - 212
1	23	ASP	ASP	ASN	ASN	D	D	3 - 214	1 - 212
2	23	ASP	ASP	ASN	ASN	J	J	3 - 214	1 - 212
1	24	ASP	ASP	ASN	ASN	D	D	3 - 214	1 - 212
2	24	ASP	ASP	ASN	ASN	M	M	3 - 214	1 - 212
1	25	ASP	ASP	ASN	ASN	D	D	3 - 214	1 - 212
2	25	ASP	ASP	ASN	ASN	P	P	3 - 214	1 - 212
1	26	ASP	ASP	ASN	ASN	D	D	3 - 214	1 - 212
2	26	ASP	ASP	ASN	ASN	S	S	3 - 214	1 - 212
1	27	ASP	ASP	ASN	ASN	D	D	3 - 214	1 - 212
2	27	ASP	ASP	ASN	ASN	V	V	3 - 214	1 - 212
1	28	GLU	GLU	SER	SER	E	E	3 - 221	1 - 219
2	28	GLU	GLU	SER	SER	H	H	3 - 221	1 - 219
1	29	GLU	GLU	SER	SER	E	E	3 - 221	1 - 219
2	29	GLU	GLU	SER	SER	K	K	3 - 221	1 - 219
1	30	GLU	GLU	SER	SER	E	E	3 - 221	1 - 219
2	30	GLU	GLU	SER	SER	N	N	3 - 221	1 - 219
1	31	GLU	GLU	SER	SER	E	E	3 - 221	1 - 219
2	31	GLU	GLU	SER	SER	Q	Q	3 - 221	1 - 219
1	32	GLU	GLU	SER	SER	E	E	3 - 221	1 - 219
2	32	GLU	GLU	SER	SER	T	T	3 - 221	1 - 219
1	33	GLU	GLU	SER	SER	E	E	3 - 221	1 - 219
2	33	GLU	GLU	SER	SER	W	W	3 - 221	1 - 219
1	34	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	4 - 67	4 - 67
2	34	GLU	GLU	LEU	LEU	I	I	4 - 67	4 - 67
1	35	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	4 - 68	4 - 68
2	35	GLU	GLU	LEU	LEU	L	L	4 - 68	4 - 68
1	36	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	4 - 68	4 - 68
2	36	GLU	GLU	LEU	LEU	O	O	4 - 68	4 - 68
1	37	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	4 - 68	4 - 68
2	37	GLU	GLU	LEU	LEU	R	R	4 - 68	4 - 68
1	38	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	4 - 68	4 - 68
2	38	GLU	GLU	LEU	LEU	U	U	4 - 68	4 - 68
1	39	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	4 - 67	4 - 67
2	39	GLU	GLU	LEU	LEU	X	X	4 - 67	4 - 67
1	40	ASP	ASP	ASN	ASN	G	G	3 - 214	1 - 212
2	40	ASP	ASP	ASN	ASN	J	J	3 - 214	1 - 212
1	41	ASP	ASP	ASN	ASN	G	G	3 - 214	1 - 212
2	41	ASP	ASP	ASN	ASN	M	M	3 - 214	1 - 212
1	42	ASP	ASP	ASN	ASN	G	G	3 - 214	1 - 212
2	42	ASP	ASP	ASN	ASN	P	P	3 - 214	1 - 212
1	43	ASP	ASP	ASN	ASN	G	G	3 - 214	1 - 212
2	43	ASP	ASP	ASN	ASN	S	S	3 - 214	1 - 212
1	44	ASP	ASP	ASN	ASN	G	G	3 - 214	1 - 212
2	44	ASP	ASP	ASN	ASN	V	V	3 - 214	1 - 212
1	45	GLU	GLU	SER	SER	H	H	3 - 221	1 - 219
2	45	GLU	GLU	SER	SER	K	K	3 - 221	1 - 219
1	46	GLU	GLU	SER	SER	H	H	3 - 221	1 - 219
2	46	GLU	GLU	SER	SER	N	N	3 - 221	1 - 219
1	47	GLU	GLU	SER	SER	H	H	3 - 221	1 - 219
2	47	GLU	GLU	SER	SER	Q	Q	3 - 221	1 - 219
1	48	GLU	GLU	SER	SER	H	H	3 - 221	1 - 219
2	48	GLU	GLU	SER	SER	T	T	3 - 221	1 - 219
1	49	GLU	GLU	SER	SER	H	H	3 - 221	1 - 219
2	49	GLU	GLU	SER	SER	W	W	3 - 221	1 - 219
1	50	GLU	GLU	LEU	LEU	I	I	4 - 67	4 - 67
2	50	GLU	GLU	LEU	LEU	L	L	4 - 67	4 - 67
1	51	GLU	GLU	LEU	LEU	I	I	4 - 67	4 - 67
2	51	GLU	GLU	LEU	LEU	O	O	4 - 67	4 - 67
1	52	GLU	GLU	LEU	LEU	I	I	4 - 67	4 - 67
2	52	GLU	GLU	LEU	LEU	R	R	4 - 67	4 - 67
1	53	GLU	GLU	LEU	LEU	I	I	4 - 67	4 - 67
2	53	GLU	GLU	LEU	LEU	U	U	4 - 67	4 - 67
1	54	GLU	GLU	GLU	GLU	I	I	4 - 69	4 - 69
2	54	GLU	GLU	GLU	GLU	X	X	4 - 69	4 - 69
1	55	ASP	ASP	ASN	ASN	J	J	3 - 214	1 - 212
2	55	ASP	ASP	ASN	ASN	M	M	3 - 214	1 - 212
1	56	ASP	ASP	ASN	ASN	J	J	3 - 214	1 - 212
2	56	ASP	ASP	ASN	ASN	P	P	3 - 214	1 - 212
1	57	ASP	ASP	ASN	ASN	J	J	3 - 214	1 - 212
2	57	ASP	ASP	ASN	ASN	S	S	3 - 214	1 - 212
1	58	ASP	ASP	ASN	ASN	J	J	3 - 214	1 - 212
2	58	ASP	ASP	ASN	ASN	V	V	3 - 214	1 - 212
1	59	GLU	GLU	SER	SER	K	K	3 - 221	1 - 219
2	59	GLU	GLU	SER	SER	N	N	3 - 221	1 - 219
1	60	GLU	GLU	SER	SER	K	K	3 - 221	1 - 219
2	60	GLU	GLU	SER	SER	Q	Q	3 - 221	1 - 219
1	61	GLU	GLU	SER	SER	K	K	3 - 221	1 - 219
2	61	GLU	GLU	SER	SER	T	T	3 - 221	1 - 219
1	62	GLU	GLU	SER	SER	K	K	3 - 221	1 - 219
2	62	GLU	GLU	SER	SER	W	W	3 - 221	1 - 219
1	63	GLU	GLU	LEU	LEU	L	L	4 - 68	4 - 68
2	63	GLU	GLU	LEU	LEU	O	O	4 - 68	4 - 68
1	64	GLU	GLU	LEU	LEU	L	L	4 - 68	4 - 68
2	64	GLU	GLU	LEU	LEU	R	R	4 - 68	4 - 68
1	65	GLU	GLU	LEU	LEU	L	L	4 - 68	4 - 68
2	65	GLU	GLU	LEU	LEU	U	U	4 - 68	4 - 68
1	66	GLU	GLU	LEU	LEU	L	L	4 - 67	4 - 67
2	66	GLU	GLU	LEU	LEU	X	X	4 - 67	4 - 67
1	67	ASP	ASP	ASN	ASN	M	M	3 - 214	1 - 212
2	67	ASP	ASP	ASN	ASN	P	P	3 - 214	1 - 212
1	68	ASP	ASP	ASN	ASN	M	M	3 - 214	1 - 212
2	68	ASP	ASP	ASN	ASN	S	S	3 - 214	1 - 212
1	69	ASP	ASP	ASN	ASN	M	M	3 - 214	1 - 212
2	69	ASP	ASP	ASN	ASN	V	V	3 - 214	1 - 212
1	70	GLU	GLU	SER	SER	N	N	3 - 221	1 - 219
2	70	GLU	GLU	SER	SER	Q	Q	3 - 221	1 - 219
1	71	GLU	GLU	SER	SER	N	N	3 - 221	1 - 219
2	71	GLU	GLU	SER	SER	T	T	3 - 221	1 - 219
1	72	GLU	GLU	SER	SER	N	N	3 - 221	1 - 219
2	72	GLU	GLU	SER	SER	W	W	3 - 221	1 - 219
1	73	GLU	GLU	LEU	LEU	O	O	4 - 68	4 - 68
2	73	GLU	GLU	LEU	LEU	R	R	4 - 68	4 - 68
1	74	GLU	GLU	LEU	LEU	O	O	4 - 68	4 - 68
2	74	GLU	GLU	LEU	LEU	U	U	4 - 68	4 - 68
1	75	GLU	GLU	LEU	LEU	O	O	4 - 67	4 - 67
2	75	GLU	GLU	LEU	LEU	X	X	4 - 67	4 - 67
1	76	ASP	ASP	ASN	ASN	P	P	3 - 214	1 - 212
2	76	ASP	ASP	ASN	ASN	S	S	3 - 214	1 - 212
1	77	ASP	ASP	ASN	ASN	P	P	3 - 214	1 - 212
2	77	ASP	ASP	ASN	ASN	V	V	3 - 214	1 - 212
1	78	GLU	GLU	SER	SER	Q	Q	3 - 221	1 - 219
2	78	GLU	GLU	SER	SER	T	T	3 - 221	1 - 219
1	79	GLU	GLU	SER	SER	Q	Q	3 - 221	1 - 219
2	79	GLU	GLU	SER	SER	W	W	3 - 221	1 - 219
1	80	GLU	GLU	LEU	LEU	R	R	4 - 68	4 - 68
2	80	GLU	GLU	LEU	LEU	U	U	4 - 68	4 - 68
1	81	GLU	GLU	LEU	LEU	R	R	4 - 67	4 - 67
2	81	GLU	GLU	LEU	LEU	X	X	4 - 67	4 - 67
1	82	ASP	ASP	ASN	ASN	S	S	3 - 214	1 - 212
2	82	ASP	ASP	ASN	ASN	V	V	3 - 214	1 - 212
1	83	GLU	GLU	SER	SER	T	T	3 - 221	1 - 219
2	83	GLU	GLU	SER	SER	W	W	3 - 221	1 - 219
1	84	GLU	GLU	LEU	LEU	U	U	4 - 67	4 - 67
2	84	GLU	GLU	LEU	LEU	X	X	4 - 67	4 - 67

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
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59
60
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68
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76
77
78
79
80
81
82
83
84

要素

#1: 抗体

A D G J M P S V
RTOFab light chain

詳細:

分子量: 23383.781 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 32-101 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

#2: 抗体

B E H K N Q T W
RTOFab heavy chain

詳細:

分子量: 23653.461 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

#3: タンパク質

C F I L O R U X
Platelet factor 4 / PF-4 / C-X-C motif chemokine 4 / Iroplact / Oncostatin-A / Platelet factor 4 / short form

詳細:

分子量: 7782.195 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PF4, CXCL4, SCYB4
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P02776

• Has protein modification: Y

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 3.24 ų/Da / 溶媒含有率: 61.99 %
• 結晶化: 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 ; 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS, pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 2.07 Å
• 検出器: タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月23日
• 放射: モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator; プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 2.07 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 3.74→50 Å / Num. all: 60619 / Num. obs: 60223 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

反射 シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Rmerge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3.75-3.81	25.6	0	2.9	1	98.9
3.81-3.88	25.6	0	4.2	1	98.6
3.88-3.96	25.5	0.965	5.6	1	98.6
3.96-4.04	25.9	0	4.6	1	99.1
4.04-4.13	26.2	0.765	7.1	1	99.3
4.13-4.22	26.5	0.589	9	1	99.1

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.74→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.902 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 38.049 / SU ML: 0.511 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.792 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.28444	3011	5 %	RANDOM
Rwork	0.24326	-	-	-
obs	0.24533	56670	98.51 %	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 136.355 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	-2.43 Å2	0 Å2	0 Å2
2-	-	8.55 Å2	0 Å2
3-	-	-	-6.11 Å2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.74→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30074	0	0	0	30074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	30794
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	28145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.278	1.96	41909
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.081	3	65115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.304	5	3946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.67	23.738	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.259	15	4920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.297	15	144
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	4784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	34666
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	6786
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.095	13.814	15856
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.093	13.814	15855
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.054	20.715	19778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.492	20.227	19779
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.378	14.028	14938
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.988	13.843	14939
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.233	20.562	22139
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	15.678		33077
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	15.677		33076
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11640	0.05
1	2	D	11640	0.05
2	1	A	11566	0.06
2	2	G	11566	0.06
3	1	A	11476	0.07
3	2	J	11476	0.07
4	1	A	11523	0.07
4	2	M	11523	0.07
5	1	A	11590	0.07
5	2	P	11590	0.07
6	1	A	11479	0.07
6	2	S	11479	0.07
7	1	A	11489	0.07
7	2	V	11489	0.07
8	1	B	11276	0.04
8	2	E	11276	0.04
9	1	B	11342	0.03
9	2	H	11342	0.03
10	1	B	11251	0.04
10	2	K	11251	0.04
11	1	B	11262	0.04
11	2	N	11262	0.04
12	1	B	11269	0.04
12	2	Q	11269	0.04
13	1	B	11303	0.04
13	2	T	11303	0.04
14	1	B	11325	0.03
14	2	W	11325	0.03
15	1	C	3959	0.03
15	2	F	3959	0.03
16	1	C	3733	0.05
16	2	I	3733	0.05
17	1	C	3752	0.08
17	2	L	3752	0.08
18	1	C	3941	0.05
18	2	O	3941	0.05
19	1	C	3955	0.03
19	2	R	3955	0.03
20	1	C	3840	0.06
20	2	U	3840	0.06
21	1	C	3783	0.06
21	2	X	3783	0.06
22	1	D	11420	0.08
22	2	G	11420	0.08
23	1	D	11434	0.07
23	2	J	11434	0.07
24	1	D	11409	0.07
24	2	M	11409	0.07
25	1	D	11421	0.07
25	2	P	11421	0.07
26	1	D	11324	0.08
26	2	S	11324	0.08
27	1	D	11529	0.07
27	2	V	11529	0.07
28	1	E	11316	0.05
28	2	H	11316	0.05
29	1	E	11269	0.03
29	2	K	11269	0.03
30	1	E	11253	0.05
30	2	N	11253	0.05
31	1	E	11254	0.05
31	2	Q	11254	0.05
32	1	E	11291	0.04
32	2	T	11291	0.04
33	1	E	11317	0.04
33	2	W	11317	0.04
34	1	F	3740	0.05
34	2	I	3740	0.05
35	1	F	3748	0.08
35	2	L	3748	0.08
36	1	F	3939	0.06
36	2	O	3939	0.06
37	1	F	3960	0.03
37	2	R	3960	0.03
38	1	F	3831	0.07
38	2	U	3831	0.07
39	1	F	3781	0.06
39	2	X	3781	0.06
40	1	G	11486	0.07
40	2	J	11486	0.07
41	1	G	11425	0.07
41	2	M	11425	0.07
42	1	G	11429	0.07
42	2	P	11429	0.07
43	1	G	11465	0.07
43	2	S	11465	0.07
44	1	G	11544	0.07
44	2	V	11544	0.07
45	1	H	11297	0.04
45	2	K	11297	0.04
46	1	H	11295	0.04
46	2	N	11295	0.04
47	1	H	11288	0.04
47	2	Q	11288	0.04
48	1	H	11336	0.04
48	2	T	11336	0.04
49	1	H	11360	0.03
49	2	W	11360	0.03
50	1	I	3585	0.08
50	2	L	3585	0.08
51	1	I	3712	0.07
51	2	O	3712	0.07
52	1	I	3736	0.05
52	2	R	3736	0.05
53	1	I	3677	0.07
53	2	U	3677	0.07
54	1	I	3786	0.08
54	2	X	3786	0.08
55	1	J	11352	0.08
55	2	M	11352	0.08
56	1	J	11412	0.07
56	2	P	11412	0.07
57	1	J	11429	0.07
57	2	S	11429	0.07
58	1	J	11446	0.07
58	2	V	11446	0.07
59	1	K	11229	0.05
59	2	N	11229	0.05
60	1	K	11230	0.05
60	2	Q	11230	0.05
61	1	K	11290	0.04
61	2	T	11290	0.04
62	1	K	11317	0.03
62	2	W	11317	0.03
63	1	L	3738	0.09
63	2	O	3738	0.09
64	1	L	3746	0.08
64	2	R	3746	0.08
65	1	L	3698	0.09
65	2	U	3698	0.09
66	1	L	3645	0.08
66	2	X	3645	0.08
67	1	M	11449	0.07
67	2	P	11449	0.07
68	1	M	11441	0.07
68	2	S	11441	0.07
69	1	M	11471	0.07
69	2	V	11471	0.07
70	1	N	11266	0.05
70	2	Q	11266	0.05
71	1	N	11262	0.04
71	2	T	11262	0.04
72	1	N	11292	0.04
72	2	W	11292	0.04
73	1	O	3934	0.06
73	2	R	3934	0.06
74	1	O	3814	0.08
74	2	U	3814	0.08
75	1	O	3772	0.07
75	2	X	3772	0.07
76	1	P	11421	0.07
76	2	S	11421	0.07
77	1	P	11401	0.08
77	2	V	11401	0.08
78	1	Q	11273	0.05
78	2	T	11273	0.05
79	1	Q	11301	0.04
79	2	W	11301	0.04
80	1	R	3829	0.07
80	2	U	3829	0.07
81	1	R	3780	0.06
81	2	X	3780	0.06
82	1	S	11485	0.07
82	2	V	11485	0.07
83	1	T	11390	0.02
83	2	W	11390	0.02
84	1	U	3704	0.08
84	2	X	3704	0.08

LS精密化 シェル

解像度: 3.739→3.836 Å / Total num. of bins used: 20

	Rfactor	反射数	%反射
Rfree	0.38	223	-
Rwork	0.356	4097	-
obs	-	-	97.98 %