PDB-4raq: Aza-acyclic nucleoside phosphonates containing a second phosphona...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4raq

タイトル

Aza-acyclic nucleoside phosphonates containing a second phosphonate group as inhibitors of the human, Plasmodium falciparum and vivax 6-oxopurine phosphoribosyltransferases and their pro-drugs as antimalarial agents

要素

Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / Acyclic nucleoside monophosphonates / Malaria / 6-oxopurine phosphoribosyltransferase / 9-[(N-Phosphonoethyl-N-phosphonomethoxyethyl)-2-aminoethyl]hypoxanthine / cytoplasmic / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

adenine metabolic process / Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / GMP catabolic process / guanine salvage / hypoxanthine salvage / hypoxanthine metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / positive regulation of dopamine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / lymphocyte proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Keough, D.T. / Hockova, D. / Janeba, Z. / Wang, T.-H. / Naesens, L. / Edstein, M.D. / Chavchich, M. / Guddat, L.W.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Aza-acyclic Nucleoside Phosphonates Containing a Second Phosphonate Group As Inhibitors of the Human, Plasmodium falciparum and vivax 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferases and Their ...
著者: Keough, D.T. / Hockova, D. / Janeba, Z. / Wang, T.H. / Naesens, L. / Edstein, M.D. / Chavchich, M. / Guddat, L.W.

履歴

登録	2014年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年12月23日	Group: Structure summary
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4raq.cif.gz	336.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4raq.ent.gz	277.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4raq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4raq_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4raq_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	4raq_validation.xml.gz	33.5 KB	表示
CIF形式データ	4raq_validation.cif.gz	44.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/4raq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/4raq	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	4rao-d 4rab-d 4rac-d 4ran-d 4rad-2 5w8v-d 4rad-1 6bnj-d 5n4e-2 5hia-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

99.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.328, 92.605, 115.013
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / HGPRT / HGPRTase 分子量: 24481.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPRT1, HPRT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00492, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-3L8 / [(2-{[2-(6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)ethyl](2-phosphonoethyl)amino}ethoxy)methyl]phosphonic acid 分子量: 425.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₁N₅O₈P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.74 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 20% PEG3000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95369 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.53→92.61 Å / Num. obs: 27294 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.53→58.9 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2691	1999	7.34 %	Random
R_work	0.1775	-	-	-
obs	0.1844	27220	97.34 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.53→58.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6295	0	116	123	6534

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6528
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.159	8833
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.132	2466
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	991
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1109

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.53-2.5912	0.3544	98	0.312	1244	X-RAY DIFFRACTION	68
2.5912-2.6613	0.3792	139	0.2653	1732	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6613-2.7396	0.3476	143	0.2569	1818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7396-2.828	0.3668	144	0.238	1833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.828-2.9291	0.3194	145	0.2202	1820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9291-3.0464	0.3292	144	0.2155	1814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0464-3.185	0.3395	146	0.2052	1844	X-RAY DIFFRACTION	100
3.185-3.3529	0.2973	145	0.1997	1832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3529-3.563	0.2556	146	0.1717	1835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.563-3.838	0.2368	147	0.1534	1857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.838-4.2242	0.2351	147	0.1376	1846	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2242-4.8352	0.2343	148	0.1219	1880	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8352-6.0908	0.1995	150	0.1549	1885	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0908-58.9155	0.2662	157	0.1858	1981	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2318	-3.4516	-0.8018	5.6049	-1.8566	7.5018	0.2258	-0.0023	0.5481	-0.6395	-0.0146	-0.7991	-0.9184	0.7812	-0.2571	0.4278	-0.1244	0.1072	0.4699	0.0139	0.7133	57.6819	7.8279	-12.253
2	1.8205	0.6669	-0.7251	4.1986	-1.7647	6.5374	0.072	0.1739	-0.3906	-0.0405	0.162	-0.274	0.5007	-0.3443	-0.2268	0.3465	0.0193	-0.0308	0.383	-0.0092	0.4898	46.4841	-12.4131	-3.3198
3	5.1166	2.4694	-2.3027	6.4988	-4.0599	4.1503	0.0291	-0.6896	0.1654	-0.0772	-0.2117	0.0244	0.3968	0.4412	0.2065	0.4294	0.0889	-0.0227	0.521	-0.069	0.3784	59.5003	-17.123	1.4764
4	7.2082	-3.7008	-0.5433	9.9417	-7.6349	8.0608	-0.5751	-0.6469	-0.1279	0.3425	-0.4334	-1.4357	0.3125	1.1594	1.0465	0.7939	0.2525	0.0793	0.6716	0.0324	0.7604	65.3451	-12.351	-9.464
5	1.4651	-2.3777	0.4064	4.6395	1.6534	7.7123	-0.1229	-0.2803	0.6257	0.3361	0.2116	-0.6566	-0.2365	0.8634	0.0222	0.4283	-0.1457	-0.0335	0.4623	-0.0688	0.6759	62.198	5.6419	-3.3119
6	4.4437	1.5227	-0.09	8.5891	1.1766	4.3791	0.1277	0.3791	0.0152	-0.5968	0.0074	-0.6447	-0.0741	0.3286	-0.1703	0.4415	0.0765	0.0841	0.4556	0.0452	0.4359	45.919	3.6098	-20.905
7	5.8122	1.1903	4.2557	0.7367	-0.3651	7.9265	0.1125	-0.0231	0.465	-0.0852	-0.1728	0.2	-0.7754	-0.4474	0.0568	0.6043	0.12	0.1287	0.4985	0.027	0.4344	32.2217	13.8531	-15.4197
8	5.8539	-3.0612	0.8234	5.9636	-5.1783	5.6337	-1.0113	0.0444	0.1669	0.5327	0.5542	-0.3168	-0.8355	-0.0592	0.5464	0.6669	-0.0531	0.0322	0.4652	0.0678	0.5439	29.5986	17.1361	-13.6613
9	9.3305	-3.3891	0.2954	8.6911	1.3669	3.6456	0.1845	0.2507	0.7303	-0.4221	-0.217	0.2923	-0.3231	0.0502	0.0318	0.6427	0.0623	0.1327	0.4223	0.0709	0.4664	31.3579	20.4964	-27.3103
10	4.0788	-1.6114	-3.9719	3.4458	1.9958	9.5905	0.3841	0.7273	-0.1067	-0.6198	-0.7861	-0.0139	-0.4878	0.0287	0.4398	0.668	0.0877	0.2125	0.5699	0.0806	0.6269	43.8017	17.8087	-31.1784
11	2.8121	3.5982	0.3041	9.2571	0.6338	3.7569	-0.104	0.7321	-0.3332	-1.0131	-0.0984	-0.1578	0.3021	-0.3357	0.1932	0.6379	0.143	0.0778	0.6448	-0.0158	0.418	39.323	-1.1109	-30.7928
12	2.9541	0.9911	0.4716	7.4609	2.0026	3.4252	-0.0402	-0.3206	0.2106	0.2158	0.0732	0.4264	-0.0817	-0.5408	-0.0086	0.312	0.076	0.0146	0.5175	0.0473	0.2915	30.2429	-3.2085	7.2877
13	5.9058	-0.2635	1.877	6.8117	-4.9993	7.5922	0.0319	-0.3929	0.6189	0.4833	-0.2486	-0.3975	-0.8311	0.0796	0.238	0.5299	0.0194	-0.0329	0.5122	-0.0999	0.4128	48.3219	5.6088	7.1283
14	6.7464	2.7543	0.7579	6.6647	0.0059	6.9824	0.0681	-0.5774	0.0534	0.7991	0.0476	-0.8513	-0.6124	0.533	-0.1257	0.5684	-0.0527	-0.1197	0.4673	-0.084	0.4314	49.2078	2.9405	20.2844
15	2.9066	0.1643	2.2488	7.1712	1.3164	6.0674	0.1023	-0.5836	-0.1485	0.4894	0.028	0.2101	0.0586	-0.1308	-0.0787	0.3936	0.0226	0.0284	0.4984	0.0171	0.3012	34.8016	-9.6069	15.0766
16	8.8001	1.1941	-1.496	4.2982	-1.1382	3.2948	0.2044	-0.8719	-0.0332	0.3702	-0.3883	0.0761	0.6489	-0.1403	0.2759	0.6611	-0.096	0.0181	0.627	0.0721	0.4461	16.2476	-0.7285	3.6573
17	6.7878	-0.8799	4.2228	7.0897	-3.1347	7.3041	-0.6842	-0.6392	0.6973	0.1829	0.3097	0.3137	-1.2101	-0.7919	0.3297	0.6049	0.1266	-0.0073	0.4757	-0.1294	0.4529	24.5518	14.0547	3.4234
18	3.5262	0.6952	2.5483	4.8353	4.7777	9.1964	0.3034	-0.4932	-0.3336	0.0374	-0.1511	-0.5222	0.3286	-0.7079	-0.0863	0.3694	-0.1053	0.0137	0.4576	0.0418	0.3667	25.5199	-7.8961	-8.4774
19	5.741	-3.671	0.4039	7.1721	-3.4821	2.1215	0.4101	0.0701	0.1738	-0.2278	-0.1278	-0.2021	-0.0274	0.0713	-0.2166	0.4521	0.0243	0.0131	0.5501	-0.006	0.3044	26.2739	-2.4049	-17.4511
20	7.774	-3.4686	0.0715	4.034	0.2257	5.9062	-0.0349	0.7881	-0.0805	-0.1516	0.005	0.1159	0.1956	0.0614	0.0139	0.4099	-0.0436	0.0537	0.6003	0.0326	0.3073	21.2416	-2.4145	-21.9939
21	2.5294	-0.9151	-2.6554	9.687	6.2101	9.174	0.1896	0.5122	0.2475	0.6754	0.0484	0.3682	1.7532	-0.7189	-0.3094	0.4611	0.0628	-0.0344	0.8707	0.1163	0.4481	9.0938	-0.9968	-23.7099
22	4.9966	1.7983	-0.6436	7.5742	5.0234	8.3831	0.1421	-0.4702	-0.1391	-0.1019	-0.2522	0.8136	-0.2036	-1.1904	0.1563	0.455	0.0376	-0.0564	0.7332	0.081	0.3962	11.5145	-4.0815	-12.5613
23	4.4792	1.1622	-1.1671	7.1302	1.1569	3.9171	-0.2682	0.64	0.3377	0.3059	0.4543	0.2037	-0.9446	-1.0305	-0.1849	0.6001	0.1592	0.0919	0.8547	0.0093	0.3575	16.0654	9.7779	-5.342
24	3.4551	3.2279	-0.1046	8.3797	2.5195	5.8856	0.491	-0.5334	0.8964	0.3645	-0.3191	-0.2493	-1.9949	-0.4914	-0.2403	0.7287	0.1019	0.0892	0.4525	-0.0702	0.4096	22.1132	12.6623	-3.3657
25	3.5407	4.9084	0.1132	9.7837	3.0718	2.8643	-1.1499	-2.4546	1.3473	1.4779	0.8335	1.8841	-0.7186	-2.9813	0.2663	1.0441	0.4459	0.2632	1.4659	0.0832	1.0962	13.5136	22.1843	-2.3955

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 100 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 101 through 165 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 166 through 179 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 180 through 217 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 4 through 56 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 57 through 85 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 86 through 102 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 113 through 165 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 166 through 179 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 180 through 217 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 5 through 55 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 56 through 100 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 101 through 165 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 166 through 217 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 3 through 17 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 18 through 37 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 38 through 56 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 57 through 85 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 86 through 139 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 140 through 152 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 153 through 179 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 180 through 197 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 198 through 208 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 209 through 217 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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