PDB-4rao: Aza-acyclic nucleoside phosphonates containing a second phosphona...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rao

タイトル

Aza-acyclic nucleoside phosphonates containing a second phosphonate group as inhibitors of the human, Plasmodium falciparum and vivax 6-oxopurine phosphoribosyltransferases and their pro-drugs as antimalarial agents

要素

Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / 6-oxopurine phosphoribosyltransferase / 9-[(N-Phosphonoethyl-N-phosphonoethoxyethyl)-2-aminoethyl]hypoxanthine / cytoplasmic / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

adenine metabolic process / Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / GMP catabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / hypoxanthine salvage / positive regulation of dopamine metabolic process / lymphocyte proliferation / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.871 Å

データ登録者

Keough, D.T. / Hockova, D. / Janeba, Z. / Wang, T.-H. / Naesens, L. / Edstein, M.D. / Chavchich, M. / Guddat, L.W.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Aza-acyclic Nucleoside Phosphonates Containing a Second Phosphonate Group As Inhibitors of the Human, Plasmodium falciparum and vivax 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferases and Their ...
著者: Keough, D.T. / Hockova, D. / Janeba, Z. / Wang, T.H. / Naesens, L. / Edstein, M.D. / Chavchich, M. / Guddat, L.W.

履歴

登録	2014年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年12月23日	Group: Structure summary
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rao.cif.gz	346.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rao.ent.gz	286.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4rao_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rao_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	4rao_validation.xml.gz	34.5 KB	表示
CIF形式データ	4rao_validation.cif.gz	46.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/4rao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/4rao	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4rabC 4racC 4radC 4ranC 4raqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5w8v-d 5hia-d 6bnj-d 4ijq-d 4rac-d 4rad-2 4raq-d 4rab-d 4rad-1 1by5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

99.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.602, 92.853, 114.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / HGPRT / HGPRTase 分子量: 24481.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPRT1, HPRT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00492, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-3L7 / (2-{[2-(6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)ethyl](2-{[(E)-2-phosphonoethenyl]oxy}ethyl)amino}ethyl)phosphonic acid 分子量: 437.282 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₁N₅O₈P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.02 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95369 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→46.43 Å / Num. obs: 68208 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.871→35.407 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.44 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2302	2000	2.94 %	Random
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.2019	68117	99.78 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.871→35.407 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6361	0	120	201	6682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6832
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.222	9287
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.853	2652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1037
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1170

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.871-1.9176	0.281	140	0.2623	4631	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9176-1.9694	0.2575	141	0.236	4669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9694-2.0273	0.2647	141	0.2295	4654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0273-2.0928	0.2856	141	0.2352	4653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0928-2.1676	0.273	142	0.2168	4710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1676-2.2543	0.2826	142	0.2235	4694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2543-2.3569	0.2528	142	0.2253	4684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3569-2.4811	0.2645	143	0.2191	4713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4811-2.6365	0.228	142	0.2233	4727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6365-2.84	0.2502	143	0.2255	4706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.1257	0.2582	143	0.2116	4737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1257-3.5776	0.2231	145	0.1953	4767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5776-4.506	0.1763	146	0.1615	4836	X-RAY DIFFRACTION	100
4.506-35.4134	0.2057	149	0.1807	4936	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9643	-1.1905	1.0296	4.4104	-1.2136	1.8046	0.3593	0.5049	-0.0274	-0.229	-0.3701	-0.2974	0.0652	0.6322	-0.016	0.2761	-0.0331	0.0513	0.3888	-0.0546	0.1914	18.4722	2.5508	-3.4232
2	6.3478	-1.6751	-1.3368	9.3251	2.9191	5.4894	0.1374	0.4752	0.8809	-0.2252	0.0174	-0.9703	-1.4878	0.5679	-0.1024	0.5345	-0.1146	0.0131	0.339	0.0711	0.2732	15.574	15.0112	-2.1731
3	1.8229	1.0899	0.2587	3.0929	-0.0075	2.8758	0.1555	-0.0781	0.0165	0.1337	-0.1202	0.0458	0.0627	0.1012	-0.0399	0.1921	0.0057	0.0041	0.2423	-0.0143	0.1793	12.0299	-4.8692	13.7308
4	9.3739	6.7926	0.7814	4.972	0.4067	0.0627	-0.1087	0.0667	-0.3674	-0.4185	0.1934	-0.104	0.0179	0.2954	-0.0951	0.4573	-0.0363	0.0154	0.3327	-0.0229	0.2715	10.8742	-4.6966	22.3544
5	2.9774	0.2834	2.3189	3.5114	-2.3631	8.1942	-0.0385	0.0995	0.1632	0.0202	-0.0321	-0.3284	0.0388	0.4188	0.0812	0.2424	-0.0124	-0.0384	0.303	-0.0567	0.157	25.3619	-1.1903	21.8612
6	2.0134	-0.4347	0.0531	3.7565	-0.8514	3.6492	0.0897	0.0177	0.2839	0.0164	-0.1132	-0.6065	-0.3736	0.7221	0.0633	0.255	-0.0986	0.0189	0.4224	-0.0221	0.2827	23.1693	6.2682	7.3597
7	3.6287	1.0484	0.3472	3.1423	-1.0446	3.0007	0.096	0.3007	-0.3171	-0.1329	-0.0124	-0.3755	0.1412	0.4958	-0.0539	0.2025	0.0481	0.0364	0.3236	-0.0647	0.255	11.7905	-9.319	-7.9593
8	3.0545	-4.0601	2.7727	6.2816	-2.8739	7.7011	-0.0759	-0.0991	0.3418	-0.0425	0.28	0.2201	-0.6067	-0.3073	-0.1197	0.2348	-0.0059	-0.0091	0.2147	0.0469	0.2739	0.162	9.1215	-7.3183
9	2.2939	0.4367	-0.1908	3.1853	0.9722	4.5097	-0.0591	0.0989	0.3597	-0.1435	-0.0041	0.565	-0.4725	-0.0689	-0.0009	0.1976	0.0082	-0.0307	0.1806	0.0345	0.2866	-9.0721	5.0697	-6.7935
10	4.708	-0.2897	0.5454	6.5543	2.9229	9.0136	0.0167	0.1832	0.6399	0.1989	-0.1656	0.1336	-0.4471	-0.2982	0.0286	0.3285	0.0033	-0.0756	0.2809	0.0819	0.4418	-13.6201	5.4722	-8.73
11	5.6249	-2.4673	-1.0265	4.2114	-1.0321	4.7536	0.3066	0.149	-0.3129	0.3123	0.3331	1.8742	0.5098	-1.0567	-0.4721	0.4451	-0.0544	-0.1737	0.536	0.0758	0.702	-19.4581	1.0517	-17.8888
12	7.4033	-3.0711	-0.1955	3.3607	-0.2494	3.1928	0.0449	0.2226	-0.2503	-0.4713	0.0433	0.6805	-0.1652	0.0517	-0.0899	0.3105	-0.0078	-0.1292	0.2046	0.0576	0.2996	-8.0289	2.8212	-20.8366
13	1.8428	-2.1537	-1.8438	3.4867	1.4901	2.6575	-0.1121	0.2952	0.1938	-0.1234	0.1184	0.0988	-0.189	0.0746	0.0474	0.302	-0.0475	-0.028	0.2842	0.0484	0.2183	1.7217	3.5405	-22.9572
14	3.6259	1.745	0.3382	6.645	-0.8431	3.8025	-0.085	0.4215	-0.4131	-0.4885	0.1456	-0.0432	0.5445	0.0073	-0.0711	0.2674	0.0261	0.0026	0.286	-0.0712	0.2342	3.7454	-13.7514	-12.7741
15	2.4939	-0.7858	-1.2106	0.2716	0.1507	4.0367	0.2196	-0.1074	-0.3731	1.2339	-0.6445	1.0583	-0.1297	-0.6932	0.3067	0.4519	-0.1123	0.236	0.5025	-0.1521	0.5261	-14.8002	5.2641	25.7419
16	4.5958	1.454	1.9488	2.0855	0.0979	5.3145	0.4184	-0.3626	-0.522	0.4671	-0.1381	0.1603	0.6002	-0.2884	-0.2772	0.4199	-0.1174	0.0404	0.2999	0.0325	0.3372	-6.2078	-8.014	25.2309
17	5.7932	4.2064	0.0905	6.3044	-0.0663	3.8763	0.1031	0.0624	0.7132	-0.5421	0.0949	0.1644	-0.6505	-0.1254	-0.1066	0.34	-0.0001	0.1224	0.2063	-0.0235	0.3313	-4.5354	14.3474	13.8291
18	4.6491	-0.6665	1.3498	0.5365	0.8748	3.001	0.0577	0.0339	0.4225	0.0477	-0.1015	0.1085	-0.533	0.3055	0.0232	0.3351	-0.1063	0.0809	0.2157	-0.0342	0.264	6.0027	13.869	15.5492
19	3.7662	2.506	0.2796	3.8053	3.0611	3.8671	-0.3232	-0.0318	0.7002	-0.2447	0.1126	0.27	-1.6107	-0.1009	0.3292	0.5092	-0.0712	0.085	0.3385	-0.0447	0.4654	9.0002	17.3071	12.2154
20	5.1569	-2.9825	3.6773	3.0106	-4.696	9.6358	0.2981	-0.322	0.7213	0.1061	-0.8327	-1.2978	0.4972	1.0513	0.3472	0.5071	-0.0457	0.1161	0.4735	0.0398	0.5341	16.2858	21.2308	25.168
21	5.7029	2.4706	-2.0266	7.0638	-2.9262	8.3276	-0.0218	-0.4065	0.1586	0.2687	-0.3832	-0.2002	-0.0449	0.0873	0.3842	0.2659	-0.0345	0.0677	0.2222	-0.0594	0.2617	5.6286	19.9185	29.9169
22	7.2222	4.886	0.0328	7.6794	-0.2847	2.9007	0.0094	0.3612	0.2829	0.0456	0.0181	-0.0041	-0.3718	-0.1961	0.0242	0.3617	-0.0679	0.1359	0.2	-0.0704	0.3001	1.9947	20.8924	24.2281
23	0.2801	0.3319	-1.2257	0.4819	-1.6367	6.0005	0.3794	-0.5828	0.4005	0.605	-0.0997	0.3705	-1.4104	-0.1493	-0.3174	0.5744	-0.0777	0.2231	0.489	-0.1319	0.4615	-5.6439	17.6761	31.3303
24	6.1945	-2.5123	1.451	5.2026	-1.7782	2.8929	0.0302	-0.584	-0.0394	0.7396	-0.075	0.0436	-0.1888	0.2572	0.0432	0.3827	-0.1238	0.0693	0.3258	-0.0195	0.2227	-1.2843	2.6492	30.3826
25	6.5854	-0.9788	-0.0121	7.0219	-1.6477	3.8471	0.2853	-1.1363	-0.338	0.7591	-0.0161	-0.1311	-0.1604	0.0951	-0.2664	0.3256	-0.1166	0.0292	0.3494	0.0229	0.243	-0.2277	-4.9589	31.0597
26	2.0154	1.5759	0.6482	1.4706	1.6684	4.9327	0.2635	-0.1958	0.3666	0.2279	-0.2062	0.6715	-0.6958	-0.4394	-0.1152	0.2938	0.0628	0.1	0.3022	-0.0411	0.5025	-19.7687	7.9262	12.3306
27	2.6384	-0.4053	0.0498	0.7363	0.9104	3.004	0.0868	-0.0227	-0.2157	0.0834	0.0141	0.154	0.1725	0.173	-0.0901	0.2029	-0.0174	-0.0111	0.1682	0.0018	0.2818	-9.318	-11.119	4.896
28	5.8711	3.2149	3.3977	2.5353	1.6686	6.1068	0.0517	-0.1318	-0.3811	0.017	0.1104	0.0416	0.2354	-0.226	-0.2115	0.2033	-0.029	0.0366	0.2437	-0.0046	0.2731	-7.3858	-15.3306	-2.4011
29	5.8089	-4.9288	4.0693	4.6034	-4.6891	5.8075	0.1487	0.7254	0.6893	-1.1507	-0.5453	-0.6519	0.3356	0.0048	0.4885	0.405	-0.091	-0.0558	0.433	-0.0559	0.4386	-21.1679	-17.6624	-10.5807
30	3.1201	-2.9147	-2.0855	7.1702	4.8093	3.9062	0.0171	0.1705	0.021	0.1975	-0.1344	0.1069	0.1501	-0.2435	0.1238	0.1555	-0.0535	-0.0014	0.1799	0.0325	0.253	-22.0224	-16.9523	0.6254
31	1.1335	0.5127	-0.4859	3.0594	-0.346	3.5083	0.0416	0.1868	0.2085	0.0127	-0.0363	0.6115	-0.3381	-0.6544	-0.0106	0.2228	0.0658	0.0159	0.3741	-0.0067	0.4971	-24.6784	0.8813	5.0001

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 37 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 38 through 86 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 87 through 100 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 101 through 152 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 153 through 216 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 37 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 38 through 56 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 57 through 87 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 88 through 100 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 101 through 127 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 128 through 165 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 166 through 179 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 180 through 217 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 4 through 17 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 18 through 37 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 38 through 56 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 57 through 85 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 86 through 100 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 101 through 127 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 128 through 152 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 153 through 165 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 166 through 179 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 180 through 197 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 198 through 217 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 4 through 37 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 38 through 85 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 86 through 102 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 103 through 127 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 128 through 165 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 166 through 217 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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