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万見
- PDB-4r9u: Structure of vitamin B12 transporter BtuCD in a nucleotide-bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r9u
タイトルStructure of vitamin B12 transporter BtuCD in a nucleotide-bound outward facing state
要素
  • Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD
  • Vitamin B12 import system permease protein BtuC
キーワードHYDROLASE / nucleotide / AMPPNP / ATP binding cassette / membrane protein / ABC transporter / BtuF / inner membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type vitamin B12 transporter / BtuCD complex / cobalamin transport complex / ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / extrinsic component of membrane / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity ...ABC-type vitamin B12 transporter / BtuCD complex / cobalamin transport complex / ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / extrinsic component of membrane / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, vitamin B12 import, permease protein BtuC / ABC transporter, vitamin B12, BtuD / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter, permease protein, BtuC-like / FecCD transport family / ABC transporter, BtuC-like / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ABC transporter, vitamin B12 import, permease protein BtuC / ABC transporter, vitamin B12, BtuD / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC / ABC transporter, permease protein, BtuC-like / FecCD transport family / ABC transporter, BtuC-like / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Vitamin B12 import system permease protein BtuC / Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.785 Å
データ登録者Korkhov, V.M. / Mireku, S.A. / Veprintsev, D.B. / Locher, K.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure of AMP-PNP-bound BtuCD and mechanism of ATP-powered vitamin B12 transport by BtuCD-F.
著者: Korkhov, V.M. / Mireku, S.A. / Veprintsev, D.B. / Locher, K.P.
履歴
登録2014年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin B12 import system permease protein BtuC
B: Vitamin B12 import system permease protein BtuC
C: Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD
D: Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,12012
ポリマ－125,1414
非ポリマー1,9798
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13620 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area47310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)372.850, 113.210, 69.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Vitamin B12 import system permease protein BtuC


分子量: 35484.273 Da / 分子数: 2 / 変異: C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: btuC, b1711, JW1701 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06609, EC: 3.6.3.33
#2: タンパク質 Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD / Vitamin B12-transporting ATPase


分子量: 27086.176 Da / 分子数: 2 / 変異: C180S, E159Q, N162C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: btuD, b1709, JW1699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06611, EC: 3.6.3.33
#3: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.91 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: PEG2000MME (14-18%), NaCl (1.2 M), ADA (100 mM, pH 6.9), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月1日
放射モノクロメーター: double crystal fixed-exit, Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.785→30 Å / Num. all: 64150 / Num. obs: 49823 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.4 %
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.8-2.85141.5
2.85-2.91153.5
2.91-2.98161.9
2.98-3.04170.8
3.04-3.12179.9
3.12-3.2190.2
3.2-3.3196.3
3.3-3.41199.4
3.41-3.53199.9
3.53-3.671100
3.67-3.831100
3.83-4.041100
4.04-4.291100
4.29-4.621100
4.62-5.081100
5.08-5.811100
5.81-7.31100
7.3-301100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FI3

4fi3


解像度: 2.785→29.514 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2465 1972 3.96 %random
Rwork0.2169 ---
obs0.2181 49823 69.22 %-
all-64150 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.785→29.514 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8664 0 128 0 8792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5112208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.833222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7854-2.8550.591990.5579220X-RAY DIFFRACTION5
2.855-2.93220.5414210.4516610X-RAY DIFFRACTION12
2.9322-3.01840.4109510.3551177X-RAY DIFFRACTION24
3.0184-3.11570.4045720.36171995X-RAY DIFFRACTION41
3.1157-3.22690.38711240.35152621X-RAY DIFFRACTION54
3.2269-3.35590.39651140.32173255X-RAY DIFFRACTION66
3.3559-3.50840.28581700.29053763X-RAY DIFFRACTION77
3.5084-3.69310.29611730.25984451X-RAY DIFFRACTION90
3.6931-3.9240.26332040.23884885X-RAY DIFFRACTION99
3.924-4.22620.2412130.20454938X-RAY DIFFRACTION100
4.2262-4.650.19431990.17554964X-RAY DIFFRACTION100
4.65-5.31940.21442110.18184949X-RAY DIFFRACTION100
5.3194-6.6890.252030.22894968X-RAY DIFFRACTION100
6.689-29.51530.19342080.16235055X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71360.0841-0.23620.3740.48730.8033-0.0445-0.21350.22920.02260.11390.01190.06020.00340.13950.44060.12210.03950.2388-0.03370.5483-69.324750.640815.0983
20.62160.0242-0.15560.56450.13380.8291-0.03820.3266-0.3294-0.04870.16050.05340.08940.19830.28360.3387-0.3388-0.1258-0.482-0.05040.4769-67.796728.4525-9.1524
30.92740.4451-0.05950.28390.0060.51390.0099-1.10890.05790.2856-0.0764-0.1290.02910.373-0.01790.46220.1377-0.03051.1282-0.05980.3068-26.400638.027921.6596
40.8783-0.28140.03070.2132-0.00890.3879-0.07380.5315-0.2133-0.0755-0.0446-0.01560.13730.2271-0.03590.38180.0321-0.00240.8124-0.13990.3047-23.260635.7189-4.9742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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