PDB-4r9o: Crystal Structure of Putative Aldo/Keto Reductase from Salmonella...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r9o

タイトル

Crystal Structure of Putative Aldo/Keto Reductase from Salmonella enterica

要素

Putative aldo/keto reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta-fold / TIM-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.949 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Aldo/Keto Reductase from Salmonella enterica
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2014年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r9o.cif.gz	367.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r9o.ent.gz	304.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r9o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4r9o_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r9o_full_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示
XML形式データ	4r9o_validation.xml.gz	32.9 KB	表示
CIF形式データ	4r9o_validation.cif.gz	46.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/4r9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/4r9o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1og6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4udk-d 3cdx-d 4udi-d 4e7b-d 5l6v-1 4udj-d 21586 8356 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP00964

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putative aldo/keto reductase

B: Putative aldo/keto reductase

C: Putative aldo/keto reductase

102 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Putative aldo/keto reductase

B: Putative aldo/keto reductase

C: Putative aldo/keto reductase

A: Putative aldo/keto reductase

B: Putative aldo/keto reductase

C: Putative aldo/keto reductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
204 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	150.692, 86.868, 74.162
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.77, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative aldo/keto reductase 分子量: 33990.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: STM1439, ydhF / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: Q8ZPN5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative aldo/keto reductase

分子量: 33990.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: STM1439, ydhF / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: Q8ZPN5

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20 %(w/v) PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 65800 / Num. obs: 65800 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.2 Å² / R_sym value: 0.118 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique all: 3151 / R_sym value: 0.734 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1745)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBID 1OG6

1og6

解像度: 1.949→37.391 Å / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	3331	5.07 %	random
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.188	65745	96.53 %	-
all	-	65745	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.949→37.391 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7021	0	0	243	7264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7419
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.061	10093
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.158	2768
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1126
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1318

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.9487-1.9765	0.3015	123	0.2644	2296	2419	85
1.9765-2.006	0.2909	154	0.2627	2517	2671	95
2.006-2.0373	0.3342	132	0.2549	2599	2731	97
2.0373-2.0707	0.2959	130	0.2447	2660	2790	98
2.0707-2.1064	0.2642	140	0.2326	2580	2720	98
2.1064-2.1447	0.2568	131	0.226	2636	2767	98
2.1447-2.186	0.2951	143	0.2264	2632	2775	98
2.186-2.2306	0.3118	130	0.2276	2643	2773	98
2.2306-2.2791	0.2862	152	0.2142	2605	2757	98
2.2791-2.3321	0.2677	144	0.2074	2623	2767	98
2.3321-2.3904	0.2637	141	0.2019	2630	2771	98
2.3904-2.455	0.2513	143	0.2034	2614	2757	98
2.455-2.5273	0.2577	149	0.2104	2607	2756	98
2.5273-2.6088	0.254	141	0.2115	2621	2862	98
2.6088-2.702	0.2852	136	0.2134	2659	2795	98
2.702-2.8102	0.2709	161	0.214	2607	2768	98
2.8102-2.938	0.2415	140	0.1935	2627	2767	98
2.938-3.0929	0.2159	141	0.1973	2649	2790	98
3.0929-3.2865	0.2867	125	0.2022	2621	2746	97
3.2865-3.5401	0.2158	141	0.1821	2657	2790	98
3.5401-3.896	0.1951	119	0.1565	2629	2748	96
3.896-4.459	0.1705	133	0.15	2606	2739	96
4.459-5.6148	0.1744	130	0.1429	2573	2703	94
5.6148-37.3974	0.1842	152	0.1609	2523	2775	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.843	0.4694	0.2674	1.7331	0.4279	1.0364	-0.0585	0.0472	-0.0681	-0.0356	0.0186	0.1342	0.1266	-0.2521	0.0312	0.2368	-0.0459	-0.0022	0.3331	-0.0351	0.2677	-32.2606	-46.0531	19.2154
2	1.7639	1.2579	-0.299	2.9196	-0.835	2.2008	0.0204	-0.1861	0.2213	-0.0195	-0.0273	0.1611	-0.0656	-0.2495	-0.0089	0.1892	0.0434	0.0041	0.262	-0.0235	0.1978	-27.7559	-28.1443	18.8509
3	5.188	0.4683	-2.2738	2.2394	-0.3463	2.6613	-0.0251	-0.3685	0.4473	0.2356	0.0874	0.0565	-0.0085	-0.1319	-0.0319	0.2546	0.0178	-0.0348	0.3216	-0.0232	0.2118	-22.5241	-30.6967	28.713
4	0.3896	-0.3263	-0.064	1.8124	0.8456	0.7757	0.0354	-0.0028	-0.0237	-0.165	-0.0315	-0.0978	-0.07	-0.1297	-0.002	0.218	-0.0101	-0.0138	0.246	0.018	0.2895	-12.7306	-41.1527	17.1942
5	4.7902	0.8305	1.8098	2.7538	2.6038	6.7217	0.1663	0.342	-0.6724	-0.2856	0.0839	-0.2203	0.1241	-0.0807	-0.2509	0.3484	0.0029	0.0448	0.2635	-0.0375	0.3291	-14.5763	-57.9379	3.142
6	5.2938	-1.348	-0.0432	3.1052	-0.7466	1.7382	-0.2795	0.3351	-0.6729	-0.3436	0.1664	0.4678	0.4467	-0.3125	0.0574	0.4036	-0.1131	0.0525	0.3395	-0.0363	0.3727	-21.6732	-55.167	14.8829
7	6.4447	-2.7458	1.4078	1.17	-0.7662	8.3526	-0.2026	0.3595	-0.2454	0.1422	-0.3078	-0.2315	0.3661	0.3404	0.4497	0.339	-0.0048	-0.0001	0.2244	-0.06	0.3685	-5.5614	-57.6804	8.8431
8	2.8893	0.5009	0.0343	2.47	-0.8294	1.7452	-0.0121	0.051	-0.1568	-0.1795	0.1464	0.2751	0.2405	-0.2955	-0.1397	0.297	-0.092	-0.0095	0.3401	-0.0045	0.3322	-26.9986	-53.6437	-20.0496
9	3.2093	-0.0697	0.47	1.6199	-0.3611	2.3683	-0.0534	0.1416	-0.3675	-0.2143	0.027	0.0039	0.3546	0.025	0.0281	0.3491	-0.0253	0.0134	0.2006	-0.0176	0.3245	-9.5655	-59.0106	-19.3433
10	3.9864	1.1093	0.9686	4.013	0.7086	3.9176	-0.0422	0.521	-0.2206	-0.4542	0.0448	-0.4036	0.4659	0.0441	-0.0358	0.353	-0.0048	0.0518	0.2558	0.006	0.1815	-9.0228	-53.1501	-29.1332
11	1.5405	-0.5174	-0.6704	0.3867	0.4314	1.7376	-0.0846	-0.1092	0.1303	0.1284	0.1153	0.0335	0.2149	-0.0824	-0.0592	0.2629	-0.0097	0.0082	0.2416	0.021	0.3216	-13.389	-39.5127	-17.441
12	2.7404	-1.4796	0.9781	4.1515	-1.1013	4.4499	0.0132	-0.2874	1.0723	0.5063	0.033	0.3648	-0.0776	-0.4243	-0.0593	0.302	0.0149	0.0112	0.342	-0.0818	0.5788	-27.8938	-32.2501	0.9851
13	4.3875	-1.3642	-1.711	5.4816	1.4	4.8756	-0.0303	-0.1687	-0.565	-0.3963	-0.0336	0.9785	-0.1131	-0.3891	0.0066	0.2365	-0.0002	-0.0422	0.3547	0.0677	0.4158	-30.726	-33.9588	-10.296
14	1.5553	-0.3788	0.3544	5.3156	0.5711	1.5318	0.0632	-0.2529	-0.127	0.3338	-0.1769	0.6495	-0.1106	-0.4054	0.0821	0.2661	-0.0166	0.01	0.4339	-0.0438	0.3725	-30.0528	-40.3773	-15.3656
15	0.6452	-0.4743	-1.4995	7.7397	-0.7055	6.118	0.0229	-0.0503	0.2325	0.3483	-0.2537	0.1796	-0.5733	0.0455	0.1362	0.2287	0.0126	0.0344	0.3307	0.0251	0.3476	-24.3897	-25.219	-9.458
16	1.5926	1.5493	0.1728	2.2514	0.3996	0.4175	0.1269	0.7645	0.0446	-0.5433	0.5372	-0.5558	-0.2449	0.3983	-0.5438	0.4109	-0.0088	0.0429	0.3641	-0.0285	0.4817	4.05	-7.2893	-29.6662
17	2.3144	-0.5385	0.1255	3.2015	0.0399	1.4412	0.0528	0.0166	0.3562	0.1516	-0.0401	-0.186	-0.38	0.0122	-0.0154	0.3872	0.0152	-0.0189	0.235	0.0001	0.3759	-3.4627	3.646	-15.5683
18	2.8415	0.3064	-0.2226	3.3098	-0.361	1.369	0.0144	0.1836	0.4856	-0.2479	-0.0057	0.1417	-0.3074	-0.271	-0.0347	0.3979	0.0654	-0.0232	0.2689	0.0232	0.4042	-10.3077	2.6294	-20.8447
19	1.532	0.8617	-1.4438	2.4534	0.2823	2.8041	0.002	0.0989	0.2261	-0.1117	-0.0073	0.3719	-0.0437	-0.3659	-0.014	0.2523	0.0988	-0.0194	0.3257	0.0183	0.3915	-21.0859	-10.8983	-17.2796
20	2.7281	1.9088	-1.1086	5.7251	-0.7419	1.8509	-0.0924	-0.0176	0.1672	-0.4455	0.1176	-0.0108	0.0033	-0.1367	-0.0327	0.2288	0.0364	-0.0059	0.2554	0.0005	0.2916	-12.2901	-11.6216	-22.6102
21	3.4229	-0.0696	-0.7536	5.0917	-0.9908	3.4013	-0.0554	0.3886	0.0038	-0.3548	0.184	0.3411	-0.2942	-0.3861	-0.1685	0.2682	0.0249	-0.0048	0.2843	0.0035	0.2255	-12.8349	-14.4977	-29.0596
22	1.7806	1.0248	0.5171	1.2585	0.4647	1.6364	0.0672	-0.0595	0.1363	0.135	-0.0186	-0.2049	-0.0976	0.0178	-0.0245	0.2649	0.021	0.0035	0.2103	-0.0267	0.3507	0.6094	-19.1628	-20.2836
23	2.9957	0.9073	0.1707	1.8499	0.1772	3.6187	0.3082	-0.2218	-0.489	0.3314	-0.0935	-0.5335	-0.1699	-0.122	-0.1771	0.3568	-0.0193	-0.0602	0.3459	0.025	0.4282	12.2065	-8.5916	0.8216
24	3.3569	-0.6221	0.675	1.5672	-0.2862	2.6575	0.0676	-0.1695	0.697	-0.0804	-0.1158	-0.0704	-0.4373	-0.0002	0.0457	0.3249	-0.0192	0.0153	0.2382	-0.0262	0.4127	10.5336	-6.7614	-12.9502
25	5.8269	-2.361	0.2078	2.2965	-1.2573	2.5148	0.1692	0.3269	1.2377	-0.0101	0.08	-0.6857	-0.674	0.1842	-0.2249	0.584	-0.1362	-0.0557	0.3816	0.0785	0.7741	12.942	-0.0967	-13.5609
26	3.1383	-0.8545	-5.313	0.7507	0.8612	9.7617	-0.322	-0.3665	-1.5252	0.0242	-0.4005	-0.4294	-0.0222	0.2456	0.6018	0.2827	-0.0323	-0.0136	0.327	0.0211	0.5074	18.0525	-18.3103	-6.5892

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 84 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 85 through 135 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 136 through 161 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 162 through 220 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 221 through 251 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 252 through 277 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 278 through 293 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 84 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 85 through 135 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 136 through 161 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 162 through 220 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 221 through 236 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 237 through 251 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 252 through 277 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 278 through 293 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1 through 15 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 16 through 54 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 55 through 84 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 85 through 116 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 117 through 135 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 136 through 161 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 162 through 212 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 213 through 237 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 238 through 265 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 266 through 281 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 282 through 295 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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