PDB-4r9n: DeoR family transcriptional regulator from Listeria monocytogenes.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r9n

タイトル

DeoR family transcriptional regulator from Listeria monocytogenes.

要素

Lmo0547 protein

キーワード

TRANSCRIPTION / structural genomics / APC106822 / DeoR family / transcriptional regulator / sugar-binding / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Sugar-binding domain, putative / Putative sugar-binding domain / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / carbohydrate binding / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Lmo0547 protein

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.869 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: DeoR family transcriptional regulator from Listeria monocytogenes.
著者: Osipiuk, J. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2014年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r9n.cif.gz	113.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r9n.ent.gz	93.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r9n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/4r9n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/4r9n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3rl3-d 1z3c-d 3nze-2 1lqp-d 1xed-9 5eiw-1 6e5g-2 2q9r-d 6uaw-d 2ovh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC106822

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lmo0547 protein

28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.818, 52.818, 172.283
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Lmo0547 protein 分子量: 28608.670 Da / 分子数: 1 / 断片: Putative sugar-binding domain / 変異: 61..311 protein fragment / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo0547 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8Y9I1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Lmo0547 protein

分子量: 28608.670 Da / 分子数: 1 / 断片: Putative sugar-binding domain / 変異: 61..311 protein fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo0547 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8Y9I1

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.43 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate buffer, 20% PEG-8000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月20日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.869→39 Å / Num. all: 21169 / Num. obs: 21169 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / B_iso Wilson estimate: 33.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / Χ²: 1.493 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.869-1.9	7.3	0.886	2.33	1021	0.833	100
1.9-1.94	8.2	0.734		1028	0.858	100
1.94-1.97	9.1	0.676		1020	0.869	100
1.97-2.01	9.6	0.613		1034	0.925	100
2.01-2.06	9.5	0.481		1029	0.961	100
2.06-2.11	9.5	0.393		1060	1.024	100
2.11-2.16	9.5	0.361		1015	1.027	100
2.16-2.22	9.5	0.296		1047	1.111	100
2.22-2.28	9.6	0.251		1039	1.141	100
2.28-2.36	9.4	0.21		1047	1.226	100
2.36-2.44	9.5	0.184		1035	1.236	100
2.44-2.54	9.5	0.163		1073	1.39	100
2.54-2.65	9.4	0.138		1050	1.511	100
2.65-2.79	9.4	0.129		1057	1.658	100
2.79-2.97	9.3	0.108		1055	1.818	100
2.97-3.2	9.2	0.095		1062	1.95	100
3.2-3.52	8.8	0.081		1094	1.998	100
3.52-4.03	8.3	0.073		1081	2.285	99.7
4.03-5.07	8.1	0.057		1114	2.647	99.5
5.07-50	7.5	0.063		1208	3.539	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.869→39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 6.714 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2312	1061	5 %	RANDOM
R_work	0.1815	-	-	-
all	0.1839	20024	-	-
obs	0.1839	20024	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.77 Å² / B_iso mean: 31.016 Å² / B_iso min: 13.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.869→39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1937	0	0	140	2077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2073
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.831	1.988	2871
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.902	3	4824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.101	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.449	25.938	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.578	15	395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.987	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.044	2.091	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.041	2.089	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.034	3.115	1291

LS精密化シェル

解像度: 1.869→1.917 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	79	-
R_work	0.229	1423	-
all	-	1502	-
obs	-	1502	99.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 1.2996 Å / Origin y: 23.3118 Å / Origin z: 11.2123 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0306 Å²	-0.0106 Å²	0.0151 Å²	-	0.0224 Å²	-0.0096 Å²	-	-	0.0169 Å²
L	0.5899 °²	-0.3977 °²	0.2326 °²	-	0.5438 °²	-0.1129 °²	-	-	2.1447 °²
S	-0.0032 Å °	0.0483 Å °	0.0361 Å °	-0.014 Å °	0.0296 Å °	-0.0728 Å °	-0.1626 Å °	0.1109 Å °	-0.0264 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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