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- PDB-4r9h: Crystal structure of dimeric S33C beta-2 microglobulin mutant at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r9h
タイトルCrystal structure of dimeric S33C beta-2 microglobulin mutant at 1.9 Angstrom resolution
要素Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / amyloidosis / protein aggregation / covalent dimer / oligomerization / beta sandwich / inclusion bodies
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Halabelian, L. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: A covalent homodimer probing early oligomers along amyloid aggregation.
著者: Halabelian, L. / Relini, A. / Barbiroli, A. / Penco, A. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.
履歴
登録2014年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22015年11月4日Group: Database references
改定 1.32018年6月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2-microglobulin
B: Beta-2-microglobulin
C: Beta-2-microglobulin
D: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5824
ポリマ－47,5824
非ポリマー00
水3,027168
1
A: Beta-2-microglobulin
D: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7912
ポリマ－23,7912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12120 Å2
手法PISA
2
B: Beta-2-microglobulin
C: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7912
ポリマ－23,7912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.840, 68.840, 200.039
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-122-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11895.422 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-119 / 変異: S33C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P, NM_004048 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% PEG4000, 0.2 M imidazole-malate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月16日 / 詳細: bent cylindrical mirror
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→68.84 Å / Num. all: 39024 / Num. obs: 38985 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5533 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OV6

3ov6


解像度: 1.9→68.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.457 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24736 1965 5.1 %RANDOM
Rwork0.21179 ---
all0.21353 39024 --
obs0.21353 36945 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.779 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20 Å20 Å2
2--1.18 Å20 Å2
3----2.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→68.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3297 0 0 168 3465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193410
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4021.9394624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.15737197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5645394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.53524180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67215590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0371520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.142.8491582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.142.8471581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5994.2421974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5994.2451975
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1983.4091828
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1973.4111829
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3574.8992651
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.47523.823643
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.49523.6993603
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 140 -
Rwork0.329 2640 -
obs--98.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24820.8820.10580.98590.2440.52160.0926-0.0249-0.08960.0993-0.0888-0.12840.0975-0.0501-0.00390.04610.0018-0.01870.10410.02650.07036.9631.043515.8611
23.28460.088-2.10010.5589-0.07491.419-0.04040.2273-0.01350.07510.06640.00840.0428-0.1278-0.0260.03570.0546-0.00190.12620.00720.0673-23.863410.923512.9647
31.0881-0.10571.56220.88640.68433.3365-0.1548-0.0675-0.0354-0.27970.1536-0.1117-0.4693-0.01570.00120.20410.00280.04660.0695-0.05840.1056-36.24111.09841.294
41.213-0.43350.38670.70530.91992.4742-0.04780.0324-0.0461-0.1154-0.11790.1943-0.1955-0.2160.16570.12090.0204-0.05710.0331-0.02470.147214.81527.99327.59
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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