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- PDB-4r8f: Crystal structure of yeast aminopeptidase 1 (Ape1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r8f
タイトルCrystal structure of yeast aminopeptidase 1 (Ape1)
要素Vacuolar aminopeptidase 1
キーワードHYDROLASE / peptidase / Cvt pathway / Autophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


aminopeptidase I / Cvt complex / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / fungal-type vacuole / metalloaminopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase i, Domain 2 / Aminopeptidase i, Domain 2 / Peptidase M18 / Peptidase M18, domain 2 / Aminopeptidase I zinc metalloprotease (M18) / Zn peptidases / Aminopeptidase / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar aminopeptidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Su, M.-Y. / Chang, C.-I.
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2015
タイトル: Structure of yeast Ape1 and its role in autophagic vesicle formation.
著者: Ming-Yuan Su / Wen-Hsin Peng / Meng-Ru Ho / Shih-Chieh Su / Yuan-Chih Chang / Guang-Chao Chen / Chung-I Chang /
要旨: In Saccharomyces cerevisiae, a constitutive biosynthetic transport pathway, termed the cytoplasm-to-vacuole targeting (Cvt) pathway, sequesters precursor aminopeptidase I (prApe1) dodecamers in the ...In Saccharomyces cerevisiae, a constitutive biosynthetic transport pathway, termed the cytoplasm-to-vacuole targeting (Cvt) pathway, sequesters precursor aminopeptidase I (prApe1) dodecamers in the form of a large complex into a Cvt vesicle using autophagic machinery, targeting it into the vacuole (the yeast lysosome) where it is proteolytically processed into its mature form, Ape1, by removal of an amino-terminal 45-amino acid propeptide. prApe1 is thought to serve as a scaffolding cargo critical for the assembly of the Cvt vesicle by presenting the propeptide to mediate higher-ordered complex formation and autophagic receptor recognition. Here we report the X-ray crystal structure of Ape1 at 2.5 Å resolution and reveal its dodecameric architecture consisting of dimeric and trimeric units, which associate to form a large tetrahedron. The propeptide of prApe1 exhibits concentration-dependent oligomerization and forms a stable tetramer. Structure-based mutagenesis demonstrates that disruption of the inter-subunit interface prevents dodecameric assembly and vacuolar targeting in vivo despite the presence of the propeptide. Furthermore, by examining the vacuolar import of propeptide-fused exogenous protein assemblies with different quaternary structures, we found that 3-dimensional spatial distribution of propeptides presented by a scaffolding cargo is essential for the assembly of the Cvt vesicle for vacuolar delivery. This study describes a molecular framework for understanding the mechanism of Cvt or autophagosomal biogenesis in selective macroautophagy.
履歴
登録2014年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年8月24日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar aminopeptidase 1
B: Vacuolar aminopeptidase 1
C: Vacuolar aminopeptidase 1
D: Vacuolar aminopeptidase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,5464
ポリマ－207,5464
非ポリマー00
水1,63991
1
A: Vacuolar aminopeptidase 1
B: Vacuolar aminopeptidase 1
C: Vacuolar aminopeptidase 1
D: Vacuolar aminopeptidase 1

A: Vacuolar aminopeptidase 1
B: Vacuolar aminopeptidase 1
C: Vacuolar aminopeptidase 1
D: Vacuolar aminopeptidase 1

A: Vacuolar aminopeptidase 1
B: Vacuolar aminopeptidase 1
C: Vacuolar aminopeptidase 1
D: Vacuolar aminopeptidase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)622,63812
ポリマ－622,63812
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area71010 Å2
ΔGint-239 kcal/mol
Surface area160200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.171, 140.171, 348.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Vacuolar aminopeptidase 1 / Aminopeptidase III / Aminopeptidase yscI / Leucine aminopeptidase IV / LAPIV / Polypeptidase / ...Aminopeptidase III / Aminopeptidase yscI / Leucine aminopeptidase IV / LAPIV / Polypeptidase / Vacuolar aminopeptidase I


分子量: 51886.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
遺伝子: LAP4, APE1, API, YSC1, YKL103C, YKL455 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P14904, aminopeptidase I
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M Tris-HCl pH7.2, 1.1M NaCl, 42.5% PEG 400, 0.1M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月19日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→116.23 Å / Num. all: 87912 / Num. obs: 84889 / % possible obs: 96.56 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DYO

4dyo


解像度: 2.5→116.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 9.891 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24637 4222 5 %RANDOM
Rwork0.21532 ---
obs0.2169 80667 95.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.309 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20.05 Å2-0 Å2
2--0.09 Å2-0 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→116.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13544 0 0 91 13635
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01913839
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0213214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0921.95718723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.726330428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24551714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.78524.295617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.056152329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9961564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.22092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02115566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023170
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2954.1656919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2954.1656918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3596.2288612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3596.2288613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0184.3826920
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0184.3826921
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8866.51510112
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.19933.00315203
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.19933.00415204
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.497→2.562 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 189 -
Rwork0.285 4007 -
obs--63.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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