PDB-4r86: Crystal Structure of Aminoglycoside/Multidrug Efflux System AcrD ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r86

タイトル

Crystal Structure of Aminoglycoside/Multidrug Efflux System AcrD from Salmonella typhimurium

要素

RND family aminoglycoside/multidrug efflux pump

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold

機能・相同性

機能・相同性情報

xenobiotic transport / efflux transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.001 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Aminoglycoside/Multidrug Efflux System AcrD from Salmonella typhimurium
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2014年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月12日	Group: Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r86.cif.gz	230.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r86.ent.gz	195.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r86.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/4r86	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6rwv-d 4nkt-2 5oue-2 1fch-2 4v3k-2 5cvf-d 4rlk-d 5x5w-2 3owl-d 3oj4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP04529

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (4) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RND family aminoglycoside/multidrug efflux pump

B: RND family aminoglycoside/multidrug efflux pump

ヘテロ分子

66.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RND family aminoglycoside/multidrug efflux pump

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RND family aminoglycoside/multidrug efflux pump

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.167, 91.167, 147.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	RND family aminoglycoside/multidrug efflux pump 分子量: 33111.418 Da / 分子数: 2 / 断片: AcrD domain of UNP residues 35-334 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: acrD, STM2481 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)gold / 参照: UniProt: Q8ZN77
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 47.1 % w/v PEG 1000, 150 mM Tris pH 8.0, 30 mM Potassium Bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. all: 14557 / Num. obs: 14557 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 52 Å² / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 3→3.07 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 875 / R_sym value: 0.775 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1745)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.001→45.584 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: throughoout / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.68 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	731	5.06 %	ramdom
R_work	0.186	-	-	-
all	0.188	14446	-	-
obs	0.188	14446	98.11 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.001→45.584 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4391	0	20	6	4417

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4462
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.784	6051
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.977	1640
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	707
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	805

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
3.005-3.2365	0.243	143	0.2145	2611	2754	91
3.2365-3.5612	0.2573	140	0.1907	2724	2864	95
3.5612-4.0742	0.2378	135	0.1759	2728	2863	95
4.0742-5.1245	0.1733	156	0.158	2751	2907	94
5.1245-23.6214	0.2422	152	0.2019	2843	2995	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.519	1.1856	1.2857	3.9777	0.5378	3.5245	0.2286	-0.8534	0.139	0.4709	-0.0751	-0.4176	0.2578	0.5432	-0.1261	0.3014	0.0684	0.0139	0.5528	0.0135	0.3153	-26.512	-30.2034	-45.5821
2	1.512	1.5011	-0.0277	1.7566	0.8133	2.416	0.2208	-0.3496	-0.1144	0.4811	-0.0269	-0.2962	0.3177	0.7363	-0.1211	0.3072	0.0839	-0.0539	0.6106	0.0081	0.4426	-20.6943	-30.1615	-47.5783
3	1.9707	-1.2912	-0.1862	2.4561	1.0929	1.2698	0.0469	0.1952	0.2731	-0.1134	-0.0175	-0.2948	-0.2715	0.4637	-0.0206	0.2352	-0.0669	0.0472	0.3872	0.0594	0.3685	-26.3871	-17.0207	-65.4255
4	2.5266	0.3063	0.0435	0.8857	0.4379	1.995	-0.0778	-0.8006	0.3312	0.2951	0.4126	-0.5811	-0.2091	0.6228	-0.3117	0.2948	0.0939	-0.0035	0.7662	-0.1336	0.5947	-7.6975	-25.0318	-57.4001
5	4.2063	-0.9039	1.6901	0.3939	-0.3481	0.3019	0.1917	-0.0137	0.0399	-0.1345	-0.019	-0.7148	0.0721	0.2518	0.0191	0.3762	0.0358	0.0485	0.7573	-0.0894	0.3907	1.5084	-25.2989	-62.4484
6	2.474	-0.3224	-0.3067	-0.0193	0.9285	0.8988	0.1725	-0.0021	0.0507	-0.2053	-0.1737	-0.4054	-0.1683	0.1806	-0.0152	0.4676	-0.0283	-0.0101	0.2697	0.0879	0.4308	-32.065	-14.9237	-61.2688
7	2.6443	-0.01	-1.0447	4.0411	-2.3502	7.5085	-0.6747	-0.1971	0.411	0.6492	-0.431	-0.7796	-0.772	-0.8612	0.4792	0.4151	-0.0681	0.048	0.2519	-0.0027	0.3643	-36.9484	-16.0493	-57.6059
8	1.8442	2.2296	-1.8645	2.7688	-1.5206	4.6992	0.0259	-0.6191	-0.4637	-0.4923	-0.0434	-0.1792	-0.0232	1.0466	0.0288	0.3499	-0.0703	0.0043	0.2481	0.0311	0.457	-39.7225	-10.0876	-22.8625
9	6.1878	-2.0342	-3.0012	1.2519	1.8975	2.8023	-0.0446	0.8305	0.4406	-0.6748	0.7044	-0.7246	-0.3852	0.4617	-0.0723	0.7484	-0.1457	-0.0008	0.696	-0.0743	0.3395	-38.4253	-5.9535	-33.8642
10	2.701	1.2052	-1.5064	0.9435	0.9037	1.9244	0.1674	-0.08	0.5519	-0.4775	0.134	-0.0256	-0.7145	0.4231	-0.1775	0.7463	-0.1573	0.0367	0.4214	-0.0005	0.3258	-36.5957	-2.9561	-26.1812
11	0.3749	0.573	0.2642	2.3868	-0.1817	1.0333	-0.069	-0.0488	0.0924	0.2508	0.1675	-0.181	-0.3597	0.2375	-0.1759	0.3196	-0.0546	0.003	0.3844	-0.0191	0.3844	-27.0242	-6.8496	-11.4795
12	3.055	2.7241	-0.4925	2.7459	0.6834	4.0529	-0.5666	0.2932	-0.1055	-1.8414	0.9166	-0.6164	0.05	0.0452	-0.043	0.595	-0.1489	0.0543	0.3593	-0.0721	0.4629	-28.578	1.0133	-15.6465
13	0.9588	1.6396	0.1425	2.36	1.2366	0.5376	0.0799	0.2075	0.0726	-0.0051	0.1502	-0.1017	-0.2813	0.2115	-0.2184	0.3949	-0.0523	0.0037	0.4489	0.0319	0.3146	-25.8863	-7.3624	-11.6698
14	2.9919	0.5712	1.785	3.6494	0.3841	3.7663	-0.2356	0.2373	-0.1727	0.3662	0.3033	0.6913	-0.4033	0.6387	0.1559	0.3496	0.0744	0.0603	0.294	-0.0419	0.3829	-31.1496	-23.9332	-16.112

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 100 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 101 through 155 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 156 through 208 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 209 through 234 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 235 through 282 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 283 through 300 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 26 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 27 through 43 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 44 through 100 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 101 through 176 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 177 through 200 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 201 through 281 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 282 through 301 )

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