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- PDB-4r86: Crystal Structure of Aminoglycoside/Multidrug Efflux System AcrD ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r86
タイトルCrystal Structure of Aminoglycoside/Multidrug Efflux System AcrD from Salmonella typhimurium
要素RND family aminoglycoside/multidrug efflux pump
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Efflux pump membrane transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Aminoglycoside/Multidrug Efflux System AcrD from Salmonella typhimurium
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2014年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Structure summary
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RND family aminoglycoside/multidrug efflux pump
B: RND family aminoglycoside/multidrug efflux pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6577
ポリマ－66,2232
非ポリマー4345
水1086
1
A: RND family aminoglycoside/multidrug efflux pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2973
ポリマ－33,1111
非ポリマー1862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RND family aminoglycoside/multidrug efflux pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3604
ポリマ－33,1111
非ポリマー2483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.167, 91.167, 147.402
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 RND family aminoglycoside/multidrug efflux pump


分子量: 33111.418 Da / 分子数: 2 / 断片: AcrD domain of UNP residues 35-334 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: acrD, STM2481 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)gold / 参照: UniProt: Q8ZN77
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 47.1 % w/v PEG 1000, 150 mM Tris pH 8.0, 30 mM Potassium Bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 14557 / Num. obs: 14557 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3→3.07 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 875 / Rsym value: 0.775 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1745)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.001→45.584 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: throughoout / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.68 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 731 5.06 %ramdom
Rwork0.186 ---
all0.188 14446 --
obs0.188 14446 98.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.001→45.584 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4391 0 20 6 4417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7846051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9771640
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028707
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004805
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.005-3.23650.2431430.21452611275491
3.2365-3.56120.25731400.19072724286495
3.5612-4.07420.23781350.17592728286395
4.0742-5.12450.17331560.1582751290794
5.1245-23.62140.24221520.20192843299592
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5191.18561.28573.97770.53783.52450.2286-0.85340.1390.4709-0.0751-0.41760.25780.5432-0.12610.30140.06840.01390.55280.01350.3153-26.512-30.2034-45.5821
21.5121.5011-0.02771.75660.81332.4160.2208-0.3496-0.11440.4811-0.0269-0.29620.31770.7363-0.12110.30720.0839-0.05390.61060.00810.4426-20.6943-30.1615-47.5783
31.9707-1.2912-0.18622.45611.09291.26980.04690.19520.2731-0.1134-0.0175-0.2948-0.27150.4637-0.02060.2352-0.06690.04720.38720.05940.3685-26.3871-17.0207-65.4255
42.52660.30630.04350.88570.43791.995-0.0778-0.80060.33120.29510.4126-0.5811-0.20910.6228-0.31170.29480.0939-0.00350.7662-0.13360.5947-7.6975-25.0318-57.4001
54.2063-0.90391.69010.3939-0.34810.30190.1917-0.01370.0399-0.1345-0.019-0.71480.07210.25180.01910.37620.03580.04850.7573-0.08940.39071.5084-25.2989-62.4484
62.474-0.3224-0.3067-0.01930.92850.89880.1725-0.00210.0507-0.2053-0.1737-0.4054-0.16830.1806-0.01520.4676-0.0283-0.01010.26970.08790.4308-32.065-14.9237-61.2688
72.6443-0.01-1.04474.0411-2.35027.5085-0.6747-0.19710.4110.6492-0.431-0.7796-0.772-0.86120.47920.4151-0.06810.0480.2519-0.00270.3643-36.9484-16.0493-57.6059
81.84422.2296-1.86452.7688-1.52064.69920.0259-0.6191-0.4637-0.4923-0.0434-0.1792-0.02321.04660.02880.3499-0.07030.00430.24810.03110.457-39.7225-10.0876-22.8625
96.1878-2.0342-3.00121.25191.89752.8023-0.04460.83050.4406-0.67480.7044-0.7246-0.38520.4617-0.07230.7484-0.1457-0.00080.696-0.07430.3395-38.4253-5.9535-33.8642
102.7011.2052-1.50640.94350.90371.92440.1674-0.080.5519-0.47750.134-0.0256-0.71450.4231-0.17750.7463-0.15730.03670.4214-0.00050.3258-36.5957-2.9561-26.1812
110.37490.5730.26422.3868-0.18171.0333-0.069-0.04880.09240.25080.1675-0.181-0.35970.2375-0.17590.3196-0.05460.0030.3844-0.01910.3844-27.0242-6.8496-11.4795
123.0552.7241-0.49252.74590.68344.0529-0.56660.2932-0.1055-1.84140.9166-0.61640.050.0452-0.0430.595-0.14890.05430.3593-0.07210.4629-28.5781.0133-15.6465
130.95881.63960.14252.361.23660.53760.07990.20750.0726-0.00510.1502-0.1017-0.28130.2115-0.21840.3949-0.05230.00370.44890.03190.3146-25.8863-7.3624-11.6698
142.99190.57121.7853.64940.38413.7663-0.23560.2373-0.17270.36620.30330.6913-0.40330.63870.15590.34960.07440.06030.294-0.04190.3829-31.1496-23.9332-16.112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 100 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 101 through 155 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 156 through 208 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 209 through 234 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 235 through 282 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 283 through 300 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 5 through 26 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 27 through 43 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 44 through 100 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 101 through 176 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 177 through 200 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 201 through 281 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 282 through 301 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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