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万見
- PDB-4r7j: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r7j
タイトルCrystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase with the Internal Deletion Containing CBS Domain from Campylobacter jejuni
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel / alpha-beta structure / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSINIC ACID / : / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1172 Å
データ登録者Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase with the Internal Deletion Containing CBS Domain from Campylobacter jejuni
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9749
ポリマ－41,0531
非ポリマー9218
水2,126118
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,89836
ポリマ－164,2134
非ポリマー3,68532
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area25900 Å2
ΔGint-281 kcal/mol
Surface area50560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.413, 119.413, 69.394
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

CL

21A-659-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase


分子量: 41053.176 Da / 分子数: 1 / 断片: IMPDH-delta-S-CBS / 変異: CBS domain (residues 92-195) is replaced with G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: guaB, Cj1058c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 gold / 参照: UniProt: Q0P9J4, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 126分子

#2: 化合物 ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP


分子量: 348.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.18 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate,0.1 M MES pH 6.0, 35 %(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.117→50 Å / Num. all: 29178 / Num. obs: 29178 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 38.68 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 2.117→2.16 Å / 冗長度: 12.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1434 / Rsym value: 0.746 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1745)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 4FO4

4fo4


解像度: 2.1172→42.219 Å / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2047 1480 5.08 %random
Rwork0.173 ---
all0.174 29178 --
obs0.174 29145 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1172→42.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2661 0 54 118 2833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7023732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6511035
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002472
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1172-2.18550.21831410.192424592600100
2.1855-2.26360.23461210.191724872608100
2.2636-2.35430.21361180.184724682586100
2.3543-2.46140.20791500.192424702620100
2.4614-2.59120.21071250.192524942619100
2.5912-2.75350.23991310.189324832614100
2.7535-2.9660.20811460.197524832629100
2.966-3.26440.23141510.186124992650100
3.2644-3.73650.2071400.169825422682100
3.7365-4.70660.161270.142425722699100
4.7066-42.22720.20881300.16832708283899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.31370.2176-0.43430.84750.30730.6811-0.0142-0.03980.0491-0.03530.03780.0723-0.0084-0.026900.22730.0026-0.02140.25550.02910.304939.792714.491126.4285
20.1586-0.1876-0.2560.61060.43550.7293-0.0570.5317-0.0078-0.60690.10540.2329-0.023-0.28290.00180.4490.0432-0.09430.42160.13820.32636.452833.24449.5443
30.1938-0.148-0.21630.18890.18350.58180.01420.10460.2656-0.250.00340.1862-0.2748-0.1099-00.39730.0698-0.03930.37740.0920.423736.327537.910717.6586
40.8354-0.19090.14960.77730.26420.25020.01220.01390.0286-0.00550.03060.01590.0076-0.050700.29350.01520.00280.2780.03980.302147.995826.548725.5572
50.08790.0654-0.03610.1197-0.08320.05970.09240.5668-0.4978-0.64940.0274-0.0096-0.16160.09910.00020.72330.0305-0.03220.663-0.02840.313745.767720.3265-1.7697
60.4026-0.56410.1790.93620.05320.82730.09290.1153-0.0289-0.3641-0.13920.0826-0.09280.10230.00220.4080.0154-0.06980.34070.03020.283444.866919.240510.7234
70.67680.35560.21690.4804-0.25870.36180.06830.3617-0.0159-0.2629-0.0266-0.11740.1858-0.0265-00.45440.0029-0.04450.47390.0380.437740.90493.992219.7692
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 45 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 204 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 205 through 235 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 236 through 361 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 362 through 382 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 383 through 441 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 442 through 481 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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