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- PDB-4r7i: Crystal structure of FMS kinase domain with a small molecular inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r7i
タイトルCrystal structure of FMS kinase domain with a small molecular inhibitor, GLEEVEC
要素Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
キーワードtransferase/transferase inhibitor / CSF-1-R / FMS proto-oncogene / C-FMS / CD115 antigen / kinase / ATP-binding / GLEEVEC / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage colony-stimulating factor receptor activity / forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis ...macrophage colony-stimulating factor receptor activity / forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis / positive regulation by host of viral process / ruffle organization / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of bone resorption / positive regulation of cell motility / Other interleukin signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / cellular response to cytokine stimulus / regulation of MAPK cascade / cytokine binding / growth factor binding / monocyte differentiation / hemopoiesis / macrophage differentiation / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / Transcriptional Regulation by VENTX / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of chemokine production / osteoclast differentiation / axon guidance / response to ischemia / regulation of actin cytoskeleton organization / receptor protein-tyrosine kinase / cytokine-mediated signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / regulation of cell shape / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / protein autophosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of cell migration / inflammatory response / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-STI / Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Zhang, Y. / Zhang, C.
引用ジャーナル: N Engl J Med / 年: 2015
タイトル: Structure-Guided Blockade of CSF1R Kinase in Tenosynovial Giant-Cell Tumor.
著者: Tap, W.D. / Wainberg, Z.A. / Anthony, S.P. / Ibrahim, P.N. / Zhang, C. / Healey, J.H. / Chmielowski, B. / Staddon, A.P. / Cohn, A.L. / Shapiro, G.I. / Keedy, V.L. / Singh, A.S. / Puzanov, I. ...著者: Tap, W.D. / Wainberg, Z.A. / Anthony, S.P. / Ibrahim, P.N. / Zhang, C. / Healey, J.H. / Chmielowski, B. / Staddon, A.P. / Cohn, A.L. / Shapiro, G.I. / Keedy, V.L. / Singh, A.S. / Puzanov, I. / Kwak, E.L. / Wagner, A.J. / Von Hoff, D.D. / Weiss, G.J. / Ramanathan, R.K. / Zhang, J. / Habets, G. / Zhang, Y. / Burton, E.A. / Visor, G. / Sanftner, L. / Severson, P. / Nguyen, H. / Kim, M.J. / Marimuthu, A. / Tsang, G. / Shellooe, R. / Gee, C. / West, B.L. / Hirth, P. / Nolop, K. / van de Rijn, M. / Hsu, H.H. / Peterfy, C. / Lin, P.S. / Tong-Starksen, S. / Bollag, G.
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1342
ポリマ－38,6401
非ポリマー4941
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
ヘテロ分子

A: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2684
ポリマ－77,2802
非ポリマー9872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area4710 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.130, 63.130, 183.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / CSF-1 receptor / CSF-1-R / CSF-1R / M-CSF-R / Proto-oncogene c-Fms


分子量: 38640.176 Da / 分子数: 1 / 断片: FMS kinase domain with KID (UNP residues 538-919) / 変異: C667T, C830S, C907T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF1R, FMS
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07333, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-STI / 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE / STI-571 / IMATINIB / イマチニブ


分子量: 493.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N7O / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG8K, 0.2M MGCL AND 0.1M TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.18076 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日
放射モノクロメーター: double crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→52 Å / Num. obs: 17142

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HW7

4hw7


解像度: 2.75→44.64 Å / SU ML: 0.35 / 位相誤差: 19.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2359 495 4.84 %RANDOM
Rwork0.2006 ---
all0.2024 10299 --
obs0.2024 10217 99.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.413 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0146 Å20 Å2-0 Å2
2--4.0146 Å2-0 Å2
3----8.0292 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→44.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2269 0 37 55 2361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7463200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.179848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-3.02670.28511190.24842340X-RAY DIFFRACTION99
3.0267-3.46450.29291190.20652382X-RAY DIFFRACTION99
3.4645-4.36440.21931340.18132403X-RAY DIFFRACTION99
4.3644-44.64550.2121230.19832597X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6464-0.1709-0.44470.87880.20121.96480.0023-0.04690.01810.07420.0419-0.08430.11320.0458-0.03210.21520.026-0.02390.24840.00180.259636.283213.042182.9313
20.70720.16790.39330.02960.08360.21340.01080.1267-0.11310.0973-0.0578-0.04080.0445-0.0176-0.01210.57130.04150.14410.6750.13740.3838.872813.361275.6045
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 567:914
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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