PDB-4r77: Crystal structure of choline kinase LicA from Streptococcus pneumoniae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r77

タイトル

Crystal structure of choline kinase LicA from Streptococcus pneumoniae

要素

Choline kinase

キーワード

TRANSFERASE / a protein kinase-like fold / choline/ethanolamine kinase / ATP/choline binding

機能・相同性

機能・相同性情報

choline kinase activity / kinase activity / phosphorylation / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Wang, L. / Jiang, Y.L. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.X.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structural and enzymatic characterization of the choline kinase LicA from Streptococcus pneumoniae
著者: Wang, L. / Jiang, Y.L. / Zhang, J.R. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.X.

履歴

登録	2014年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r77.cif.gz	130 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r77.ent.gz	100.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r77.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4r77_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r77_full_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示
XML形式データ	4r77_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	4r77_validation.cif.gz	34.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/4r77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/4r77	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r78C 4r7bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hrr-d 3hrq-d 5kbz-d 4d7s-d 4ora-d 4orc-d 4rt7-1 2v2q-d 4r7b-d 3etq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Choline kinase

A: Choline kinase

71.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

B: Choline kinase

ソフトウェアが定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Choline kinase

ソフトウェアが定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.347, 96.466, 97.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Choline kinase 分子量: 35610.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: licA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q93MI3, UniProt: Q8DPI4*PLUS, choline kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 1.2M sodium citrate, 4% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月15日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 47710 / Num. obs: 47710 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / R_sym value: 0.529 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.94→36.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 4.121 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25452	2395	5 %	RANDOM
R_work	0.20805	-	-	-
obs	0.2104	45131	96.97 %	-
all	-	46551	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.183 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→36.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4591	0	0	284	4875

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4683
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.104	1.965	6320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.347	5	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.775	25.451	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.982	15	876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.603	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	693
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.605	1.5	2789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.175	2	4512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.717	3	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.895	4.5	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.942→1.992 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	162	-
R_work	0.284	3325	-
obs	-	-	97.35 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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