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- PDB-4r74: Structure of the periplasmic binding protein AfuA from Actinobaci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r74
タイトルStructure of the periplasmic binding protein AfuA from Actinobacillus pleuropneumoniae (exogenous fructose-6-phosphate bound)
要素ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / sugar transporter / glucose-6-phosphate / fructose-6-phosphate / sedoheptulose-7-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine binding / thiamine transport / thiamine pyrophosphate binding / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein / Ferric binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
類似検索 - 構成要素
生物種Actinobacillus pleuropneumoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Sit, B. / Calmettes, C. / Moraes, T.F.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Active Transport of Phosphorylated Carbohydrates Promotes Intestinal Colonization and Transmission of a Bacterial Pathogen.
著者: Sit, B. / Crowley, S.M. / Bhullar, K. / Lai, C.C. / Tang, C. / Hooda, Y. / Calmettes, C. / Khambati, H. / Ma, C. / Brumell, J.H. / Schryvers, A.B. / Vallance, B.A. / Moraes, T.F.
履歴
登録2014年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
B: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
C: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
D: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,70632
ポリマ－141,5684
非ポリマー3,13828
水17,276959
1
A: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0206
ポリマ－35,3921
非ポリマー6295
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3199
ポリマ－35,3921
非ポリマー9278
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2979
ポリマ－35,3921
非ポリマー9058
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0698
ポリマ－35,3921
非ポリマー6777
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.202, 96.988, 145.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component / AfuA


分子量: 35391.980 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 28-346 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacillus pleuropneumoniae (バクテリア)
遺伝子: afuA, APL_1446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3N294
#2: 糖
ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 983分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 959 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 6.5, 25% PEG3350, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→48.494 Å / Num. all: 89478 / Num. obs: 89478 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 18.89 Å2 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.93-2.037.50.8170.90.817199.9
2.03-2.167.60.5131.50.5131100
2.16-2.317.60.3432.20.3431100
2.31-2.497.60.2530.251100
2.49-2.737.60.1844.10.1841100
2.73-3.057.60.1216.30.1211100
3.05-3.527.60.07310.20.0731100
3.52-4.317.40.04715.30.0471100
4.31-6.17.40.03917.40.0391100
6.1-48.4947.50.03320.40.033199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→48.494 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2018 4485 5.01 %
Rwork0.1514 --
obs0.154 89444 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.9459 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→48.494 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9919 0 199 959 11077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810447
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12514121
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1843928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051793
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.95150.25571720.21582801X-RAY DIFFRACTION100
1.9515-1.97450.25531430.21812864X-RAY DIFFRACTION100
1.9745-1.99860.27651420.20532805X-RAY DIFFRACTION100
1.9986-2.02390.25661720.19742786X-RAY DIFFRACTION100
2.0239-2.05050.24981590.19122833X-RAY DIFFRACTION100
2.0505-2.07860.23551540.18382816X-RAY DIFFRACTION100
2.0786-2.10830.2461480.17772783X-RAY DIFFRACTION100
2.1083-2.13980.24741470.17152817X-RAY DIFFRACTION100
2.1398-2.17320.25641410.17152874X-RAY DIFFRACTION100
2.1732-2.20880.22611370.17252811X-RAY DIFFRACTION100
2.2088-2.24690.22451200.16372837X-RAY DIFFRACTION100
2.2469-2.28780.22661400.1642873X-RAY DIFFRACTION100
2.2878-2.33180.23151550.16062771X-RAY DIFFRACTION100
2.3318-2.37940.2261600.16212830X-RAY DIFFRACTION100
2.3794-2.43110.21661350.1592836X-RAY DIFFRACTION100
2.4311-2.48760.19851480.15752820X-RAY DIFFRACTION100
2.4876-2.54990.22431360.15712879X-RAY DIFFRACTION100
2.5499-2.61880.21231350.15112791X-RAY DIFFRACTION100
2.6188-2.69580.22821510.15082861X-RAY DIFFRACTION100
2.6958-2.78290.19431310.15022828X-RAY DIFFRACTION100
2.7829-2.88230.22591550.15182870X-RAY DIFFRACTION100
2.8823-2.99770.2241300.15032797X-RAY DIFFRACTION100
2.9977-3.13410.20011570.15022842X-RAY DIFFRACTION100
3.1341-3.29930.19311600.14422839X-RAY DIFFRACTION100
3.2993-3.5060.17531590.13772802X-RAY DIFFRACTION100
3.506-3.77660.17731610.1262829X-RAY DIFFRACTION100
3.7766-4.15640.16571520.11712848X-RAY DIFFRACTION100
4.1564-4.75740.14281530.12382880X-RAY DIFFRACTION100
4.7574-5.99210.17251820.13832808X-RAY DIFFRACTION100
5.9921-48.50930.17041500.14542928X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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