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万見
- PDB-4r4e: Structure of GlnR-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r4e
タイトルStructure of GlnR-DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*A)-3')
  • HTH-type transcriptional regulator GlnR
キーワードTranscription regulator/DNA / TnrA/GlnR family / B. subtilis / nitrogen homeostasis / new member / TnrA/GlnR DNA-binding family of winged-HTH with c-terminal inducer/sensor domain / transcription / DNA / GS-Q / Nucleoid / Transcription regulator-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR-type HTH domain signature. / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily ...MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR-type HTH domain signature. / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / HTH-type transcriptional regulator GlnR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
synthetic DNA (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2015
タイトル: Structures of regulatory machinery reveal novel molecular mechanisms controlling B. subtilis nitrogen homeostasis.
著者: Schumacher, M.A. / Chinnam, N.B. / Cuthbert, B. / Tonthat, N.K. / Whitfill, T.
履歴
登録2014年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HTH-type transcriptional regulator GlnR
A: HTH-type transcriptional regulator GlnR
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7445
ポリマ－24,5234
非ポリマー2211
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.350, 103.300, 137.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator GlnR


分子量: 9683.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: glnR, BSU17450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37582
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 2714.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: cognate DNA / 由来: (合成) synthetic DNA (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*AP*GP*TP*A)-3')


分子量: 2441.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: cognate DNA (complement to 2) / 由来: (合成) synthetic DNA (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID


分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 40% PEG 400, 0.1 M CAPS, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9790, 0.97999, 0.9250
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月20日 / 詳細: Si(111)
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.979991
30.9251
反射解像度: 2.52→82.5 Å / Num. all: 17500 / Num. obs: 17350 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 18.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: Same crystal form but selenomet substituted. This starting model was used for final refinement with the 2.52 A native data

解像度: 2.57→82.5 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2746 2571 14.6 %random
Rwork0.2543 ---
all0.256 17350 --
obs0.2543 17019 96.4 %-
溶媒の処理Bsol: 93.0714 Å2
原子変位パラメータBiso max: 187.7 Å2 / Biso mean: 82.7887 Å2 / Biso min: 33.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-26.001 Å20 Å20 Å2
2---30.554 Å20 Å2
3---4.553 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→82.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1350 342 14 50 1756
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.069
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.2991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.2192
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.5962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.9182.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5caps.param.txtcaps.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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