PDB-4r34: X-ray structure of the tryptophan lyase NosL with Tryptophan, 5'-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r34

タイトル

X-ray structure of the tryptophan lyase NosL with Tryptophan, 5'-deoxyadenosine and methionine bound

要素

NosL

キーワード

LYASE / Radical SAM enzyme/beta-alpha barrel / tryptophan lyase / Fe4S4 cluster and S-adenosyl-L-methionine

機能・相同性

機能・相同性情報

4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces actuosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nicolet, Y. / Zeppieri, L. / Amara, P. / Fontecilla-Camps, J.-C.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Tryptophan Lyase (NosL): Evidence for Radical Formation at the Amino Group of Tryptophan.
著者: Nicolet, Y. / Zeppieri, L. / Amara, P. / Fontecilla-Camps, J.C.

履歴

登録	2014年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月12日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r34.cif.gz	342.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r34.ent.gz	277.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4r34_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r34_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4r34_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	4r34_validation.cif.gz	56.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/4r34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/4r34	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4r33C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r33-1 6htm-1 6htm-2 6htk-1 6mm8-d 4r33-2 5oth-d 6hto-d 1mze-1 5cu2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NosL

B: NosL

ヘテロ分子

97.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: NosL

ヘテロ分子

A: NosL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: NosL

ヘテロ分子

B: NosL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.150, 47.070, 113.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.99, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-831- HOH
2	1	B-917- HOH
3	1	B-918- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	NosL 分子量: 46833.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces actuosus (バクテリア) 株: Streptomyces actuosus / 遺伝子: nosL / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Plasmide / 参照: UniProt: C6FX51

-
非ポリマー , 10種, 720分子

#2: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#3: 化合物	ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₃
#4: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#5: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#6: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#9: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 14-20% PEG 3350; 200 mM KBr; 1 mM Tryptophan; 15 mg/mL protein, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月13日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→41 Å / Num. all: 151894 / Num. obs: 151873 / % possible obs: 0.885 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1678)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→40.967 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1989	7571	4.99 %
R_work	0.1722	-	-
obs	0.1736	151873	88.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.967 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5968	0	186	696	6850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.872	8726
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.02	2406
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	959
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1142

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7999-1.8204	0.3443	119	0.3781	2449	X-RAY DIFFRACTION	45
1.8204-1.8418	0.3914	146	0.3807	2802	X-RAY DIFFRACTION	51
1.8418-1.8643	0.3417	125	0.33	3001	X-RAY DIFFRACTION	55
1.8643-1.8879	0.3352	179	0.3184	3185	X-RAY DIFFRACTION	59
1.8879-1.9127	0.3894	187	0.3219	3456	X-RAY DIFFRACTION	64
1.9127-1.9389	0.3168	198	0.3002	3699	X-RAY DIFFRACTION	68
1.9389-1.9666	0.2802	201	0.2569	4084	X-RAY DIFFRACTION	74
1.9666-1.996	0.3033	234	0.234	4609	X-RAY DIFFRACTION	85
1.996-2.0272	0.2402	284	0.2318	5072	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0272-2.0604	0.2434	280	0.223	5271	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0604-2.0959	0.2454	268	0.219	5369	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0959-2.134	0.2328	285	0.2184	5290	X-RAY DIFFRACTION	97
2.134-2.1751	0.2246	282	0.2146	5309	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1751-2.2195	0.222	292	0.2071	5327	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2195-2.2677	0.2518	271	0.2071	5297	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2677-2.3205	0.2493	278	0.1868	5331	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3205-2.3785	0.238	292	0.1872	5320	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3785-2.4428	0.2311	289	0.1928	5356	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4428-2.5147	0.207	279	0.1911	5355	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5147-2.5958	0.2238	280	0.182	5343	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5958-2.6886	0.2196	275	0.1693	5308	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6886-2.7962	0.2129	287	0.1765	5362	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7962-2.9234	0.2128	279	0.1683	5443	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9234-3.0775	0.1776	283	0.1604	5338	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0775-3.2703	0.205	287	0.1513	5319	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2703-3.5226	0.1566	277	0.1404	5375	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5226-3.8769	0.1312	281	0.129	5344	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8769-4.4373	0.1553	275	0.1236	5346	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4373-5.5883	0.1504	282	0.1306	5292	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5883-40.9778	0.1678	276	0.1527	5250	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7087	-0.2216	-0.914	0.1315	0.0416	2.3596	0.3276	-0.5005	0.1628	0.2866	-0.1189	-0.3257	-0.2358	0.7895	-0.1887	0.478	-0.2569	-0.0021	0.7047	-0.1266	0.4678	69.9475	63.0609	39.0992
2	0.6977	0.4827	-0.0039	1.0128	0.0526	0.8841	0.2055	0.0111	0.0302	0.2574	0.0505	-0.2143	-0.3578	0.1507	-0.0809	0.4785	0.0114	0.101	0.2616	0.0155	0.1325	47.673	57.6041	36.0748
3	1.0432	0.041	-0.2105	1.5841	-0.3236	0.7778	0.1642	0.1333	0.1778	-0.0594	-0.0404	0.3569	-0.3266	-0.2842	-0.128	0.4735	0.0742	0.0768	0.2784	0.0414	0.1814	28.2779	54.6253	39.9531
4	1.2127	0.0005	-0.4992	0.714	0.3388	1.3878	0.2147	-0.1533	0.1267	0.2189	-0.034	-0.1032	-0.2591	0.1692	-0.1174	0.4874	-0.0244	0.0639	0.2423	0.0089	0.1362	40.7448	56.7716	48.6728
5	1.6418	0.0923	-0.7321	0.9863	0.369	1.5644	0.3001	-0.148	0.2403	0.0529	0.0043	-0.1501	-0.4853	0.2856	-0.2769	0.4608	-0.059	0.076	0.2762	-0.0283	0.2088	51.5889	61.7513	39.0383
6	1.1131	0.1609	0.0627	3.0259	0.5535	2.1324	0.1949	0.4103	0.2194	-0.406	-0.0111	0.2397	-0.3678	-0.3523	-0.1787	0.5038	0.116	0.0606	0.3113	0.0661	0.1761	31.1459	57.5445	30.4337
7	1.5945	-0.5747	-0.2772	1.953	0.6822	2.2432	0.1149	0.1551	-0.0997	0.0718	0.0255	0.0659	-0.1019	0.105	-0.1151	0.3269	0.0106	0.0171	0.2344	0.0331	0.1247	41.9146	48.906	30.6588
8	2.8162	0.133	1.2211	0.9953	-0.4131	1.8237	0.0225	-0.5345	-0.1418	0.3009	0.1206	0.3459	-0.0357	-0.5034	-0.1045	0.2	0.0221	0.0434	0.413	0.0859	0.3554	8.4754	38.5642	16.6466
9	1.6675	0.1987	-0.3775	0.9886	-0.2397	1.1711	-0.0617	0.1501	-0.2604	-0.2126	0.0486	0.0082	0.0823	0.0439	0.038	0.1107	-0.0218	-0.0436	0.1834	-0.0648	0.2261	30.6624	38.9967	-4.6009
10	1.8691	-0.1226	0.1832	1.3599	-0.3632	0.8515	-0.0452	-0.0404	0.0224	-0.0099	0.0091	-0.0431	-0.0161	0.0433	0.0469	0.0989	-0.0071	-0.022	0.1498	-0.0198	0.16	37.2796	48.5565	1.8017
11	2.1352	0.0937	0.144	1.2674	0.1668	1.8415	-0.0363	-0.1757	-0.4826	0.0668	0.0271	0.1363	0.1336	-0.0553	-0.0009	0.1019	0.0002	-0.0013	0.1475	0.0287	0.2401	25.0854	34.9035	9.1605
12	1.6527	-0.183	0.11	0.7711	-0.2049	0.8126	-0.0374	0.2273	-0.0665	-0.1228	0.0623	0.1927	0.0153	-0.1619	-0.01	0.1121	-0.0296	-0.0431	0.2001	-0.0199	0.2325	18.8125	44.527	-4.8028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 105 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 106 through 130 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 131 through 215 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 216 through 345 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 346 through 365 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 366 through 501 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 10 through 77 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 78 through 117 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 118 through 200 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 201 through 291 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 292 through 501 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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