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- PDB-4r33: X-ray structure of the tryptophan lyase NosL with Tryptophan and ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4r33 | ||||||
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Title | X-ray structure of the tryptophan lyase NosL with Tryptophan and S-adenosyl-L-homocysteine bound | ||||||
![]() | NosL | ||||||
![]() | LYASE / Radical SAM enzyme/beta-alpha barrel / tryptophan lyase / Fe4S4 cluster and S-adenosyl-L-methionine | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nicolet, Y. / Zeppieri, L. / Amara, P. / Fontecilla-Camps, J.-C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Tryptophan Lyase (NosL): Evidence for Radical Formation at the Amino Group of Tryptophan. Authors: Nicolet, Y. / Zeppieri, L. / Amara, P. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 339.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 275.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 56 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 46833.590 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 8 types, 756 molecules ![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/TRP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/TRP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-NA / | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 14-20% PEG 3350; 200 mM KBr; 1 mM Tryptophan; 15 mg/mL protein, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 15, 2014 |
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→47.23 Å / Num. all: 180436 / Num. obs: 179387 / % possible obs: 0.996 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.89 Å / % possible all: 0.983 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→47.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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