[日本語] English
万見
- PDB-4r2i: The Crystal Structure of STIV B204 complexed with AMP-PNP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r2i
タイトルThe Crystal Structure of STIV B204 complexed with AMP-PNP
要素STIV B204 ATPase
キーワードVIRAL PROTEIN / P-loop / Arginine finger / ATP binding / DNA-dependent ATPase / walker A motif / walker B motif / p-loop ATPase / AAA ATPase
機能・相同性Zonular occludens toxin (Zot) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus turreted icosahedral virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Dellas, N. / Nicolay, S.J. / Young, M.J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structure-Based Mutagenesis of Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus B204 Reveals Essential Residues in the Virion-Associated DNA-Packaging ATPase.
著者: Dellas, N. / Snyder, J.C. / Dills, M. / Nicolay, S.J. / Kerchner, K.M. / Brumfield, S.K. / Lawrence, C.M. / Young, M.J.
履歴
登録2014年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: STIV B204 ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3953
ポリマ－24,8241
非ポリマー5722
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.360, 58.320, 67.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 STIV B204 ATPase


分子量: 24823.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus turreted icosahedral virus 1 (ウイルス)
遺伝子: B164, B204 / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q6Q0J1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 1-204 CORRESPONDS TO UNP ENTRY Q6Q0J1, HOWEVER ONLY RESIDUES 1-157 IS PRESENT IN Q6Q0J1 AT ...RESIDUES 1-204 CORRESPONDS TO UNP ENTRY Q6Q0J1, HOWEVER ONLY RESIDUES 1-157 IS PRESENT IN Q6Q0J1 AT THE TIME OF PROCESSING THIS ENTRY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.5M ammonium phosphate dibasic, 0.1M TRIS-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月16日
詳細: Shutterless data collection; Fine phi slicing experiments
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→44.08 Å / Num. obs: 13092 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.05-2.163.50.4261.7666319170.42699.3
2.16-2.293.30.2712.7593417940.27198.1
2.29-2.453.30.2023.7545816430.20296
2.45-2.653.50.1534.9559315790.15398.5
2.65-2.93.40.1086.4492714600.10898.9
2.9-3.243.30.0749.7427912890.07495.6
3.24-3.743.50.05113.1421111920.05198.7
3.74-4.583.20.03916.631029690.03995.1
4.58-6.483.50.03717.128288020.03798
6.48-44.083.10.03115.314064470.03192.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.42 Å38.91 Å
Translation5.42 Å38.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→44.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.779 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 644 4.9 %RANDOM
Rwork0.1829 ---
obs0.1855 13056 96.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.04 Å2 / Biso mean: 31.137 Å2 / Biso min: 15.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å2-0 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→44.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1722 0 32 59 1813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191801
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.9642443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84233980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9175206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.97323.33381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.24515322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.788158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5952.772827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5962.77826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6384.1461032
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 59 -
Rwork0.227 918 -
all-977 -
obs--99.09 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る