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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r22 | ||||||
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タイトル | TnrA-DNA complex | ||||||
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![]() | transcription/DNA / New family of transcription regulators / Transcription / GS / transcription-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrogen catabolite activation of transcription / cellular response to nitrogen levels / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() Synthetic DNA (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schumacher, M.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of regulatory machinery reveal novel molecular mechanisms controlling B. subtilis nitrogen homeostasis. 著者: Schumacher, M.A. / Chinnam, N.B. / Cuthbert, B. / Tonthat, N.K. / Whitfill, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9708.124 Da / 分子数: 1 / 断片: TnrA / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: WSH-002 / 遺伝子: tnrA, BMWSH_3277 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6487.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 21-mer cognate DNA site / 由来: (合成) Synthetic DNA (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.11 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 1500, 0.1M MMT buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月23日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→54.6 Å / Num. all: 3799 / Num. obs: 3759 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 22.2 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | Bsol: 62.9258 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.8 Å2 / Biso mean: 59.3982 Å2 / Biso min: 23.06 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→54.6 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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