PDB-4r1s: Crystal structure of Petunia hydrida cinnamoyl-CoA reductase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r1s

タイトル

Crystal structure of Petunia hydrida cinnamoyl-CoA reductase

要素

cinnamoyl CoA reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cinnamoyl-CoA reductase / short-chain dehydrogenase/reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

cinnamoyl-CoA reductase activity / cinnamoyl-CoA reductase / green leaf volatile biosynthetic process / lignin biosynthetic process / phenylpropanoid biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / circadian rhythm / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Petunia x hybrida (ナス科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Noel, J.P. / Louie, G.V. / Bowman, M.E. / Bomati, E.K.

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2014
タイトル: Structural Studies of Cinnamoyl-CoA Reductase and Cinnamyl-Alcohol Dehydrogenase, Key Enzymes of Monolignol Biosynthesis.
著者: Pan, H. / Zhou, R. / Louie, G.V. / Muhlemann, J.K. / Bomati, E.K. / Bowman, M.E. / Dudareva, N. / Dixon, R.A. / Noel, J.P. / Wang, X.

履歴

登録	2014年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r1s.cif.gz	383.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r1s.ent.gz	318.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r1s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4r1s_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r1s_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4r1s_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	4r1s_validation.cif.gz	49.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/4r1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/4r1s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qtzC 4qukC 4r1tC 4r1uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xvf-d 3c0h-2 2vz6-1 5t0n-1 3hy5-d 5tqm-1 5ved-d 6ayw-1 6h76-d 4c0t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: cinnamoyl CoA reductase

B: cinnamoyl CoA reductase

ヘテロ分子

76 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cinnamoyl CoA reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cinnamoyl CoA reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.177, 61.232, 222.239
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cinnamoyl CoA reductase 分子量: 37269.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Petunia x hybrida (ナス科) / 遺伝子: PhCCR1 / プラスミド: pHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A059TC02*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 21% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.3 M calcium acetate, 100 mM sodium succinate, 5 mM NADP+, 0.2 M sodium iodide, and 2 mM DTT, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月8日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→44.448 Å / Num. all: 98640 / Num. obs: 98640 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 12.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.6-1.69	1.5	0.278	2.7	13986	9196	0.278	58.2
1.69-1.79	2.8	0.276	2.6	36548	13036	0.276	87.6
1.79-1.91	3	0.172	4.3	37702	12666	0.172	90.5
1.91-2.07	3.4	0.126	5.6	41964	12250	0.126	93.9
2.07-2.26	4	0.105	6.7	48629	12142	0.105	100
2.26-2.53	5.1	0.092	7.3	55798	11000	0.092	100
2.53-2.92	5.3	0.073	8	51214	9754	0.073	100
2.92-3.58	5.1	0.062	8.9	42796	8322	0.062	100
3.58-5.06	4.9	0.053	10.7	31699	6519	0.053	99.9
5.06-44.448	5.1	0.035	16.2	19158	3755	0.035	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 0.377 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.651

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	42.14 Å
Translation	3 Å	42.14 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.21	データスケーリング
MOLREP	5	位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
BOS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→42.141 Å / FOM work R set: 0.8654 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1919	4909	4.98 %	random
R_work	0.1691	-	-	-
obs	0.1702	98499	90.09 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.93 Å² / B_iso mean: 28.51 Å² / B_iso min: 9.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.141 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4941	0	96	708	5745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5157
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.381	7042
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	812
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	890
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.59	1910

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.2746	94	0.2396	1871	1965	55
1.6182-1.6372	0.2642	95	0.2299	1933	2028	57
1.6372-1.6572	0.283	105	0.23	2006	2111	58
1.6572-1.6782	0.204	116	0.2263	2099	2215	62
1.6782-1.7003	0.2426	118	0.222	2181	2299	64
1.7003-1.7236	0.2926	184	0.2331	3130	3314	92
1.7236-1.7482	0.2528	174	0.2263	3088	3262	90
1.7482-1.7743	0.2756	140	0.2203	3151	3291	91
1.7743-1.802	0.2597	168	0.212	3055	3223	90
1.802-1.8315	0.2315	169	0.1957	3122	3291	91
1.8315-1.8631	0.2443	164	0.191	3057	3221	90
1.8631-1.897	0.1974	190	0.1847	3055	3245	90
1.897-1.9335	0.2069	140	0.1876	3092	3232	89
1.9335-1.973	0.1966	166	0.1749	3032	3198	89
1.973-2.0159	0.2192	183	0.1777	3206	3389	94
2.0159-2.0627	0.1988	196	0.1726	3414	3610	100
2.0627-2.1143	0.1862	194	0.1669	3435	3629	100
2.1143-2.1715	0.1771	147	0.1573	3470	3617	100
2.1715-2.2354	0.189	207	0.1559	3437	3644	100
2.2354-2.3075	0.2082	180	0.1588	3452	3632	100
2.3075-2.39	0.1841	178	0.1563	3462	3640	100
2.39-2.4857	0.1795	173	0.1565	3464	3637	100
2.4857-2.5988	0.176	183	0.1601	3486	3669	100
2.5988-2.7358	0.1963	163	0.1578	3507	3670	100
2.7358-2.9072	0.1859	174	0.1617	3482	3656	100
2.9072-3.1316	0.233	179	0.1659	3498	3677	100
3.1316-3.4466	0.1805	186	0.1649	3524	3710	100
3.4466-3.945	0.1528	180	0.1563	3532	3712	100
3.945-4.969	0.1473	192	0.144	3579	3771	100
4.969-42.1555	0.1949	171	0.1778	3770	3941	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3187	-0.4059	0.4262	0.6151	-0.175	1.7425	-0.0538	0.3063	0.1648	-0.0515	-0.0753	-0.1275	-0.0249	0.3847	0.0734	0.0879	0.0078	0.0098	0.2337	0.0373	0.1526	18.1684	14.6458	9.5575
2	1.1382	-1.3812	0.6517	1.9712	-0.1049	1.2374	-0.0819	0.164	-0.339	0.0811	0.062	0.4003	0.4096	-0.409	0.019	0.2085	-0.0733	0.043	0.177	-0.0344	0.2296	1.9676	1.4808	13.554
3	1.0898	-0.0474	-0.0568	-0.037	-0.2266	2.0518	-0.0822	-0.0791	-0.147	0.0111	-0.023	-0.0072	0.4607	0.231	0.0511	0.2131	0.0488	0.0451	0.083	0.0142	0.1596	13.2205	2.2128	28.9882
4	3.0281	0.3812	0.0179	2.9827	-0.0635	2.9318	-0.079	-0.1996	0.1699	0.1229	0.2126	0.1159	-0.0911	0.6466	-0.056	0.174	-0.0062	0.0241	0.2361	-0.0088	0.188	20.8708	13.904	35.5446
5	1.1294	-0.2577	-0.0569	1.0215	0.0457	1.2018	0.0383	0.0089	0.2357	-0.0786	-0.0025	-0.0942	-0.5488	-0.0267	-0.0213	0.3338	0.0496	0.0337	0.1231	0.0009	0.1874	-2.2633	34.0884	45.9074
6	1.9291	-0.6223	0.3511	0.854	-0.2319	1.0008	0.0683	0.0027	-0.2828	0.0426	-0.1024	0.2337	0.1136	-0.5303	0.0632	0.1441	-0.0214	0.0238	0.2763	-0.0376	0.2003	-13.993	16.6269	42.5048
7	0.3016	-0.0526	-0.2861	0.7746	1.0626	1.7702	0.0981	0.181	0.1128	-0.1876	-0.1668	0.1128	-0.6409	-0.6842	0.0223	0.2817	0.1673	-0.0051	0.3317	0.0045	0.1921	-13.1729	28.9232	25.9451
8	0.0571	0.0154	-0.0599	0.008	-0.0441	0.1796	-0.1148	0.1285	0.0627	0.1618	-0.008	-0.08	-0.0235	-0.0741	-0.0034	0.1088	0.011	-0.0163	0.1206	0.0153	0.1385	10.0364	12.9773	17.3787
9	0.0211	-0.0107	-0.0225	0.2307	-0.2007	0.2459	0.0262	0.0132	0.0033	-0.0939	-0.0706	-0.0589	-0.2475	-0.0935	-0.0208	0.2025	0.0766	-0.0033	0.186	-0.004	0.1406	-3.3287	25.6909	38.3352

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 91 )	A	0
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 92 through 175 )	A	0
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 176 through 300 )	A	0
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 301 through 322 )	A	0
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 6 through 91 )	B	0
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 92 through 175 )	B	0
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 176 through 321 )	B	0
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 401 through 401 )	A	401
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 401 through 401 )	B	401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)