ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show REFMAC5.8.0073精密化 Show PDB_EXTRACT3.14 データ抽出 Show SBC-Collectデータ収集 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング SHELXCD位相決定 SHELXD位相決定 MLPHARE位相決定 直接法位相決定 ARP/wARPモデル構築 HKL-3000位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.76→31.7 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.967 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.953 / SU B : 4.175 / SU ML : 0.067 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / ESU R : 0.098 / ESU R Free : 0.101 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2088 1541 4.9 % RANDOM Rwork 0.17 - - - obs 0.172 31447 99.85 % - all - 31447 - -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 112.45 Å2 / Biso mean : 35.67 Å2 / Biso min : 16.71 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.47 Å2 -0 Å2 0 Å2 2- - 1.09 Å2 0 Å2 3- - - -0.62 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.76→31.7 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1880 0 8 201 2089
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.019 0.019 2024 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.02 2035 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.765 1.98 2750 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.857 3 4716 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.081 5 260 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg40.486 24.898 98 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg14.333 15 414 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg13.669 15 14 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.111 0.2 322 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.008 0.02 2242 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 428 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it2.368 2.431 952 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_other2.332 2.422 949 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it3.489 3.612 1192
LS精密化 シェル 解像度 : 1.762→1.807 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.27 113 - Rwork 0.25 2190 - all - 2303 - obs - 2303 99.57 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.9638 -0.0258 -2.5832 0.1406 0.0939 3.5321 -0.0636 -0.0664 -0.099 -0.0557 0.0037 0.0267 0.0755 0.1294 0.0599 0.0371 -0.0142 -0.0229 0.064 -0.0193 0.0702 34.29 12.0309 23.7057 2 2.9627 1.6201 -0.2867 1.0108 -0.0063 0.2795 -0.0609 0.0996 -0.1958 -0.0493 0.0358 -0.074 0.0181 -0.0145 0.0251 0.0282 0.0158 0.0078 0.0158 -0.0023 0.0897 12.9062 1.6839 39.3574
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A3 - 118 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B3 - 116