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万見
- PDB-4r1f: Re-refined Human DNA topoisomerase IIa (ATPase and transducer dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r1f
タイトルRe-refined Human DNA topoisomerase IIa (ATPase and transducer domains) in complex with ADP and SO4
要素DNA topoisomerase 2-alpha
キーワードISOMERASE / Human topoisomerase IIA
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic chromosome condensation / positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / female meiotic nuclear division / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / embryonic cleavage / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / DNA binding, bending ...apoptotic chromosome condensation / positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / female meiotic nuclear division / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / embryonic cleavage / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / DNA binding, bending / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / chromosome, centromeric region / ATP-dependent activity, acting on DNA / hematopoietic progenitor cell differentiation / condensed chromosome / protein kinase C binding / male germ cell nucleus / ubiquitin binding / chromosome segregation / regulation of circadian rhythm / rhythmic process / chromatin organization / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / ribonucleoprotein complex / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DTHCT / DTHCT (NUC029) region / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / : / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A ...DTHCT / DTHCT (NUC029) region / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / : / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA topoisomerase 2-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Stanger, F.V. / Schirmer, T.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structure of the N-Terminal Gyrase B Fragment in Complex with ADPPi Reveals Rigid-Body Motion Induced by ATP Hydrolysis
著者: Stanger, F.V. / Dehio, C. / Schirmer, T.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: NUCLEOTIDE-DEPENDENT DOMAIN MOVEMENT in THE ATPASE DOMAIN of A HUMAN TYPE IIA DNA TOPOISOMERASE
著者: Wei, H. / Ruthenburg, A.J. / Bechis, S.K. / Verdine, G.L.
履歴
登録2014年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Other
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 0THIS ENTRY 4R1F REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R1ZXNSF) ...THIS ENTRY 4R1F REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R1ZXNSF) DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 1ZXN: AUTHOR INITIALS, AUTHOR LAST NAME

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2-alpha
B: DNA topoisomerase 2-alpha
C: DNA topoisomerase 2-alpha
D: DNA topoisomerase 2-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,82816
ポリマ－182,6424
非ポリマー2,18612
水2,414134
1
A: DNA topoisomerase 2-alpha
B: DNA topoisomerase 2-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4128
ポリマ－91,3212
非ポリマー1,0916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area32870 Å2
手法PISA
2
C: DNA topoisomerase 2-alpha
D: DNA topoisomerase 2-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4168
ポリマ－91,3212
非ポリマー1,0956
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area33540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.015, 90.492, 148.293
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNAA29 - 4221 - 394
21GLNGLNBB29 - 4221 - 394
12GLNGLNAA29 - 4221 - 394
22GLNGLNCC29 - 4221 - 394
13GLNGLNAA29 - 4221 - 394
23GLNGLNDD29 - 4221 - 394
14ASNASNBB29 - 4241 - 396
24ASNASNCC29 - 4241 - 396
15ASNASNBB29 - 4241 - 396
25ASNASNDD29 - 4241 - 396
16LYSLYSCC29 - 4251 - 397
26LYSLYSDD29 - 4251 - 397

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
DNA topoisomerase 2-alpha / DNA topoisomerase II / alpha isozyme


分子量: 45660.535 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 29-428 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOP2, TOP2A / プラスミド: pSB23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P11388, EC: 5.99.1.3

-
非ポリマー , 5種, 146分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 % / 解説: AUTHORS USED SF DATA FROM THE ENTRY 1ZXN.

-
データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZXN

1zxn


解像度: 2.51→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 10.968 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.733 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2434 4648 7.6 %RANDOM
Rwork0.2081 ---
all0.2108 61079 --
obs0.2108 61079 94.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 186.07 Å2 / Biso mean: 64.255 Å2 / Biso min: 32.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å2-0.63 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----1.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12093 0 133 134 12360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01912484
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0212041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9616809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.223327734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13951488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.68524.991567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.78152329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7741552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8656.0995994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.8656.0995993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.8729.1457468
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A216380.12
12B216380.12
21A214590.12
22C214590.12
31A211410.12
32D211410.12
41B225800.11
42C225800.11
51B218270.12
52D218270.12
61C218040.12
62D218040.12
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.576 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 281 -
Rwork0.279 3512 -
all-3793 -
obs--80.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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