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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r0p | ||||||
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タイトル | Ifqins, an amyloid forming segment from human lysozyme spanning residues 56-61 | ||||||
![]() | Lysozyme C | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / amyloid-like protofibril | ||||||
機能・相同性 | ![]() antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sievers, S. / Eisenberg, D.S. / Sawaya, M.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based design of functional amyloid materials. 著者: Li, D. / Jones, E.M. / Sawaya, M.R. / Furukawa, H. / Luo, F. / Ivanova, M. / Sievers, S.A. / Wang, W. / Yaghi, O.M. / Liu, C. / Eisenberg, D.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 5.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 10||||||||
単位格子 |
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詳細 | There are two choices of the biological unit (fibrils). The first choice is a pair of indefinitely long beta sheets constructed from chain A and unit cell translations along the b direction (the b direction corresponds to the fiber axis) (i.e. X,Y,Z; X,Y+1,Z; X,Y+2,Z; etc.) together with a symmetry related sheet formed from -X,1/2+Y,-1/2-Z and its unit cell translations along the b direction (i.e. -X,3/2+Y,-1/2-Z; -X,5/2+Y,-1/2-Z, etc.). The second choice of biological unit is a pair of beta sheets constructed from chain A and unit cell translations along the b direction (i.e. X,Y,Z; X,Y+1,Z; X,Y+2,Z; etc.) together with a symmetry related sheet formed from -1-X,1/2+Y,-1/2-Z and its unit cell translations along the b direction (i.e. -1-X,3/2+Y,-1/2-Z; -1-X,5/2+Y,-1/2-Z, etc.). REMARK 350 displays 5 strands from both sheets for the second choice. |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 720.814 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 74-79 / 由来タイプ: 合成 詳細: IFQINS hexapeptide (residues 56-61) from human lysozyme, synthesized 由来: (合成) ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 13.51 % / Mosaicity: 0.3 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: reservoir contained 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 3.0M Sodium Chloride, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9466 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→90 Å / Num. all: 753 / Num. obs: 753 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Χ2: 1.055 / Net I/σ(I): 5.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 20.85 Å2 / Biso mean: 4.924 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.52→21.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.524→1.564 Å / Total num. of bins used: 20
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