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- PDB-4r0c: Crystal structure of the Alcanivorax borkumensis YdaH transporter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r0c
タイトルCrystal structure of the Alcanivorax borkumensis YdaH transporter reveals an unusual topology
要素AbgT putative transporter family
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transmembrane protein
機能・相同性secondary active p-aminobenzoyl-glutamate transmembrane transporter activity / p-aminobenzoyl-glutamate transmembrane transport / p-Aminobenzoyl-glutamate transport protein AbgT / AbgT putative transporter family / membrane => GO:0016020 / AbgT putative transporter family
機能・相同性情報
生物種Alcanivorax borkumensis SK2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.963 Å
データ登録者Su, C.-C. / Bolla, J.R. / Yu, E.W.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the Alcanivorax borkumensis YdaH transporter reveals an unusual topology.
著者: Bolla, J.R. / Su, C.C. / Delmar, J.A. / Radhakrishnan, A. / Kumar, N. / Chou, T.H. / Long, F. / Rajashankar, K.R. / Yu, E.W.
履歴
登録2014年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AbgT putative transporter family
B: AbgT putative transporter family
C: AbgT putative transporter family
D: AbgT putative transporter family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,73618
ポリマ－206,4114
非ポリマー4,32514
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15510 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area72200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.145, 200.984, 101.493
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
AbgT putative transporter family


分子量: 51602.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcanivorax borkumensis SK2 (バクテリア)
株: SK2 / 遺伝子: ABO_0881, ydaH / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0VR69
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG400, 0.05M Mg(Ac)2, 0.1M NaAc(5.0), and 3% glycerol, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ACSD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月26日
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→50 Å / Num. obs: 74781 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 76.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.96-3.091.80.543192.1
3.09-3.261.90.426196.6
3.26-3.461.90.282197.5
3.46-3.731.90.162196.5
3.73-4.120.109198.5
4.1-4.71.90.076196.9
4.7-5.9220.064198.5
5.92-501.90.04197

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.963→48.434 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 3766 5.04 %
Rwork0.2065 --
obs0.2086 74728 95.7 %
all-74728 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.963→48.434 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14023 0 192 58 14273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914568
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35119950
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9214936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0882532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.963-3.00060.32631080.28411973X-RAY DIFFRACTION72
3.0006-3.040.32211420.29442530X-RAY DIFFRACTION93
3.04-3.08170.34391410.2922558X-RAY DIFFRACTION94
3.0817-3.12570.38071150.29072680X-RAY DIFFRACTION95
3.1257-3.17230.32571450.27892625X-RAY DIFFRACTION97
3.1723-3.22190.33391370.26712614X-RAY DIFFRACTION96
3.2219-3.27470.30681340.25842682X-RAY DIFFRACTION97
3.2747-3.33120.29361370.2512636X-RAY DIFFRACTION97
3.3312-3.39170.29131270.23412694X-RAY DIFFRACTION97
3.3917-3.45690.24161340.21992628X-RAY DIFFRACTION97
3.4569-3.52750.27661470.22372592X-RAY DIFFRACTION95
3.5275-3.60420.25291380.21942620X-RAY DIFFRACTION95
3.6042-3.6880.26431390.20492650X-RAY DIFFRACTION98
3.688-3.78020.25191390.19892717X-RAY DIFFRACTION98
3.7802-3.88230.2451360.19982679X-RAY DIFFRACTION98
3.8823-3.99650.23481490.20412679X-RAY DIFFRACTION99
3.9965-4.12540.28871390.19962708X-RAY DIFFRACTION98
4.1254-4.27280.24281490.19952697X-RAY DIFFRACTION97
4.2728-4.44380.22031460.18842607X-RAY DIFFRACTION96
4.4438-4.64590.20581480.17952594X-RAY DIFFRACTION95
4.6459-4.89060.22251520.17592650X-RAY DIFFRACTION96
4.8906-5.19670.2281380.16782730X-RAY DIFFRACTION98
5.1967-5.59740.23411610.1772685X-RAY DIFFRACTION98
5.5974-6.15960.27271310.19252703X-RAY DIFFRACTION98
6.1596-7.04860.24421510.18552645X-RAY DIFFRACTION96
7.0486-8.87160.20181530.17182725X-RAY DIFFRACTION99
8.8716-48.44080.24951300.23072661X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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