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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qzu | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of wild type Human Cellular Retinol Binding Protein II (hCRBPII) bound to retinol at 11 KeV beam energy | ||||||
要素 | Retinol-binding protein 2 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / Retinol / Human Cellular Retinol Binding Protein II / intracellular lipid binding protein / X-ray flux / X-ray damage / Retinal / Retinoid Chaperones | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Assar, Z. / Geiger, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014 タイトル: Structures of holo wild-type human cellular retinol-binding protein II (hCRBPII) bound to retinol and retinal. 著者: Nossoni, Z. / Assar, Z. / Yapici, I. / Nosrati, M. / Wang, W. / Berbasova, T. / Vasileiou, C. / Borhan, B. / Geiger, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qzu.cif.gz | 249.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qzu.ent.gz | 202.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qzu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/4qzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/4qzu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15597.452 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP2, CRBP2 / プラスミド: Pet17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50120 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.17 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 4.5 詳細: 25% PEG 4000 (40%), 0.1M Sodium Acetate pH 4.5, Ammonium Acetate 0.1M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.978 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.496→34.66 Å / Num. obs: 76284 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 26.45 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / % possible all: 88 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2RCT 解像度: 1.5→34.66 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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