PDB-4qyj: Structure of Phenylacetaldehyde Dehydrogenase from Pseudomonas pu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qyj

タイトル

Structure of Phenylacetaldehyde Dehydrogenase from Pseudomonas putida S12

要素

Aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Aldehyde Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.83 Å

データ登録者

Crabo, A.G. / Gassner, G.T. / Sazinsky, M.H.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2017
タイトル: Structure and biochemistry of phenylacetaldehyde dehydrogenase from the Pseudomonas putida S12 styrene catabolic pathway.
著者: Crabo, A.G. / Singh, B. / Nguyen, T. / Emami, S. / Gassner, G.T. / Sazinsky, M.H.

履歴

登録	2014年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月8日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qyj.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qyj.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qyj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qyj_validation.pdf.gz	527.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qyj_full_validation.pdf.gz	651 KB	表示
XML形式データ	4qyj_validation.xml.gz	138.2 KB	表示
CIF形式データ	4qyj_validation.cif.gz	184.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/4qyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/4qyj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ek1-1 5fhz-1 3jz4-d 5vbf-1 2w8p-2 3k2w-1 7jws-1 5kf0-d 5l13-2 4fr8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Aldehyde dehydrogenase

B: Aldehyde dehydrogenase

C: Aldehyde dehydrogenase

D: Aldehyde dehydrogenase

E: Aldehyde dehydrogenase

F: Aldehyde dehydrogenase

G: Aldehyde dehydrogenase

H: Aldehyde dehydrogenase

440 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aldehyde dehydrogenase

B: Aldehyde dehydrogenase

C: Aldehyde dehydrogenase

D: Aldehyde dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
220 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Aldehyde dehydrogenase

F: Aldehyde dehydrogenase

G: Aldehyde dehydrogenase

H: Aldehyde dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
220 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.090, 118.690, 304.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
1	2	C
2	2	A
1	3	D
2	3	A
1	4	E
2	4	A
1	5	F
2	5	A
1	6	G
2	6	A
1	7	H
2	7	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	B	1 - 481
2	1	1	4	A	1 - 481
1	1	2	4	C	1 - 481
2	1	2	4	A	1 - 481
1	1	3	4	D	1 - 481
2	1	3	4	A	1 - 481
1	1	4	4	E	1 - 481
2	1	4	4	A	1 - 481
1	1	5	4	F	1 - 481
2	1	5	4	A	1 - 481
1	1	6	4	G	1 - 481
2	1	6	4	A	1 - 481
1	1	7	4	H	1 - 481
2	1	7	4	A	1 - 481

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

詳細

Two copies of the full tetramer are observed in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Aldehyde dehydrogenase 分子量: 55046.570 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: S12 / 遺伝子: RPPX_12610, RPPX_34495 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V4GH04

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100-200 mM trisodium citrate, pH 8.5 and 12-16% PEG 3350 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月1日
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.83→50 Å / Num. all: 93501 / Num. obs: 89099 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.83→2.9 Å / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.83→49.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.886 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.81 / SU B: 41.769 / SU ML: 0.371 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.462 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2583	4677	5 %	RANDOM
R_work	0.254	-	-	-
all	0.22654	93501	-	-
obs	0.22386	89099	95.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.017 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.83→49.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27306	0	0	0	27306

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	27846
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.535	1.959	38204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.566	5	3840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.043	24.644	926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.954	15	3834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.929	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	4648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	21040
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.386	1.5	19064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.653	2	30226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.276	3	8782
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.946	4.5	7978
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.683	3	27846
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	B	3391	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
1	B	3391	MEDIUM THERMAL	0.4	2
2	C	3401	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
2	C	3401	MEDIUM THERMAL	0.38	2
3	D	3401	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
3	D	3401	MEDIUM THERMAL	0.38	2
4	E	3406	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
4	E	3406	MEDIUM THERMAL	0.39	2
5	F	3391	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
5	F	3391	MEDIUM THERMAL	0.39	2
6	G	3401	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
6	G	3401	MEDIUM THERMAL	0.38	2
7	H	3401	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
7	H	3401	MEDIUM THERMAL	0.38	2

LS精密化シェル

解像度: 2.827→2.9 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4	339	-
R_work	0.281	6614	-
obs	-	-	97.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6815	0.1566	-0.5588	0.443	-0.0424	0.5726	-0.0486	0.0338	0.0212	-0.1573	0.0421	-0.0268	-0.0507	0.0746	0.0065	0.1646	-0.0775	0.0076	0.1218	-0.0046	0.0582	49.54	31.1713	20.305
2	0.5858	0.0837	-0.1413	0.5219	0.3415	0.5439	-0.023	-0.078	0.0367	-0.0143	-0.0118	-0.0614	-0.0712	0.0575	0.0348	0.0949	-0.066	0.0275	0.0976	-0.0194	0.0839	56.8402	24.27	55.8689
3	0.9463	0.1	-0.3362	0.335	0.2642	0.802	-0.0086	-0.0554	0.0355	-0.0778	-0.0348	0.14	0.0842	-0.1327	0.0434	0.1403	-0.0857	-0.0099	0.0784	-0.0262	0.1069	13.3786	12.5205	38.1547
4	0.2151	0.1507	-0.155	0.9243	0.3393	0.8463	-0.0891	0.018	-0.1571	-0.1172	0.0158	-0.0157	0.1204	-0.0556	0.0733	0.0795	-0.0684	0.0507	0.1232	-0.0223	0.1454	40.4417	-12.9595	37.8373
5	0.6936	0.05	0.4547	0.4005	0.0272	0.7285	-0.0129	0.0035	-0.0433	0.0951	0.018	-0.076	0.0972	0.0502	-0.0051	0.1597	0.0927	0.0167	0.0987	0.0133	0.0636	29.0241	-0.2452	132.7526
6	0.4142	-0.0123	0.1755	0.791	0.5018	0.6329	-0.0481	0.0737	-0.0284	0.0221	0.0453	-0.0712	0.0438	0.0828	0.0028	0.0544	0.0525	0.0145	0.1392	0.0303	0.0934	29.0107	-0.0348	95.8322
7	0.833	0.0867	0.1836	0.4312	0.194	0.1529	-0.0522	-0.0004	0.0457	0.125	-0.0128	0.1767	-0.0237	-0.0207	0.0649	0.18	0.0643	0.0626	0.1094	0.0158	0.1124	-10.4011	15.2873	119.3407
8	0.4322	0.1057	0.1993	0.8569	0.3449	0.2111	-0.0982	0.0234	0.2234	0.0621	0	0.1066	-0.0363	-0.0319	0.0982	0.1077	0.056	-0.0083	0.1484	0.0502	0.1856	15.6075	40.0873	109.646

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 496
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	16 - 496
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	16 - 496
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	16 - 496
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	16 - 496
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	16 - 496
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	16 - 496
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	16 - 496

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