PDB-4qxv: CRYSTAL STRUCTURE of HUMAN TRANSTHYRETIN IN COMPLEX WITH LUTEOLIN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qxv

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE of HUMAN TRANSTHYRETIN IN COMPLEX WITH LUTEOLIN AT 1.1 A RESOLUTION

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / beta barrel / Wild type TTR / Transthyretin

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.12 Å

データ登録者

Begum, A. / Olofsson, A. / Sauer-Eriksson, A.E.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: The flavonoid luteolin, but not luteolin-7-o-glucoside, prevents a transthyretin mediated toxic response.
著者: Iakovleva, I. / Begum, A. / Pokrzywa, M. / Walfridsson, M. / Sauer-Eriksson, A.E. / Olofsson, A.

履歴

登録	2014年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月17日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qxv.cif.gz	171.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qxv.ent.gz	141.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qxv_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qxv_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4qxv_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	4qxv_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/4qxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/4qxv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qyaC 1f41S 1g1o 1sok 1zd6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qgd-1 4pwj-1 4his-1 5cn3-1 4ydm-1 3p3u-1 5boj-1 3cn2-1 6grp-1 1e5a-1 3cn0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

28.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.694, 85.914, 63.994
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- LU2
2	1	B-201- LU2
3	1	A-447- HOH
4	1	B-381- HOH

#1: タンパク質	Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PALB, TTR, TTR PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-LU2 / 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4H-chromen-4-one / Luteolin / ルテオリン分子量: 286.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₆
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 5.5 詳細: WT-TTR CONCENTRATION WAS 5 MG/ML IN 10 MM SODIUMPHOSPHATE PH 7.6, 100 MM POTASSIUMCLORIDE. WT-TTR WAS CO-CRYSTALLIZED AT ROOM TEMPERATURE WITH 5 MOLAR EXCESS OF LUTEOLIN IN 3.5% V/V GLYCEROL ...詳細: WT-TTR CONCENTRATION WAS 5 MG/ML IN 10 MM SODIUMPHOSPHATE PH 7.6, 100 MM POTASSIUMCLORIDE. WT-TTR WAS CO-CRYSTALLIZED AT ROOM TEMPERATURE WITH 5 MOLAR EXCESS OF LUTEOLIN IN 3.5% V/V GLYCEROL AND 1.3-1.6 M SODIUM CITRATE AT PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.24 %

結晶化

温度: 291 K / pH: 5.5
詳細: WT-TTR CONCENTRATION WAS 5 MG/ML IN 10 MM SODIUMPHOSPHATE PH 7.6, 100 MM POTASSIUMCLORIDE. WT-TTR WAS CO-CRYSTALLIZED AT ROOM TEMPERATURE WITH 5 MOLAR EXCESS OF LUTEOLIN IN 3.5% V/V GLYCEROL ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.984
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月11日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.12→38.2 Å / Num. obs: 91106 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.12→1.16 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.49 / R_sym value: 0.58 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F41

1f41

解像度: 1.12→35.52 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.152	4564	5.01 %
R_work	0.133	-	-
obs	0.134	91041	99.9 %
all	-	91106	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.12→35.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1785	0	61	271	2117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2242
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.432	3110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.178	842
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	337
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	402

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.12-1.1327	0.1898	152	0.1871	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1327-1.1461	0.1634	139	0.1647	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1461-1.16	0.1767	144	0.1591	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.16-1.1747	0.1759	147	0.1555	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1747-1.1902	0.1858	131	0.1525	2856	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1902-1.2065	0.1727	155	0.1436	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2065-1.2237	0.166	155	0.1408	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2237-1.242	0.1568	133	0.1295	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
1.242-1.2614	0.1655	167	0.1282	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2614-1.2821	0.1598	136	0.1206	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2821-1.3042	0.1604	173	0.1197	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3042-1.3279	0.1233	133	0.1168	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3279-1.3534	0.1389	138	0.1195	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3534-1.3811	0.1408	135	0.1084	2858	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3811-1.4111	0.1343	166	0.1122	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4111-1.4439	0.1324	154	0.1041	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4439-1.48	0.1199	151	0.1038	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.52	0.1305	140	0.1062	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.5648	0.1179	162	0.1059	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5648-1.6153	0.1205	170	0.1028	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6153-1.673	0.1224	149	0.1052	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.673-1.74	0.1509	167	0.1119	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.8192	0.1402	164	0.1104	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8192-1.9151	0.119	154	0.105	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9151-2.0351	0.1111	162	0.1094	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0351-2.1922	0.1304	145	0.1122	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1922-2.4127	0.1399	124	0.1332	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4127-2.7618	0.1649	166	0.1479	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7618-3.479	0.1691	179	0.1448	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
3.479-35.5334	0.1815	173	0.1669	3103	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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